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肺癌是全球癌症死亡率最高的类型,与吸烟有强烈的相关性。香烟中的化学致癌物如多环芳烃(PAHs)能够引起DNA损伤,从而导致癌变。尽管已有研究评估了吸烟总量、持续...
CellRanger ARC 是10x Genomics 专为单细胞多组学数据分析设计,同时分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(sc...
书接上回,一步步尝试代码复现,然后,我们就来到了Figure 2.I,乍看只是平平无奇的堆叠图嘛,殊不知这是多个外部数据集整理后的对比~
上次讲到的使用cellphonedb进行细胞通讯分析,其中的网络图的效果不是特别好,本文会就网络图进行两个优化:
研究团队通过两个队列的血浆 ctDNA 的 KRAS 突变检测,发现基线 ctDNA KRAS与生存率之间的变异特异性关系,且 ctDNA KRAS G12V ...
分组和聚类是两件独立的事情,聚类是以样本为单位,而不是以分组为单位。每个样本属于那个分组的信息是已知的。
https://mp.weixin.qq.com/s/_DtkxSfLGQHcRju66J4yTQ
今天跟大家分享的是新鲜出炉的一篇骨髓单细胞测序文章【Mapping the cellular biogeography of human bone marrow...
pyGenomeTracks 是一款功能强大且灵活的基因组数据可视化工具,用于展示各种类型的基因组数据,如基因注释、信号强度和覆盖度等。从而使研究人员更好地理解...
首先转录组数据分析流程如下,之前的课程中已经介绍过文件夹的建立和原始数据的过滤,接下来要进行基因比对——将测序数据与基因文件进行匹配。
(3) 去除含有N(无法确定碱基信息)的比例大于5%的reads;(可以根据实际情况)
FastQC软件可以对fastq格式的原始数据进行质量统计,评估测序结果,为下一步修剪过滤提供参考。
## 1.建立数据库目录:在数据库下建立参考基因组数据库,注意命名习惯:参考基因组版本信息
• A comprehensive evaluation of normalization methods for illuminating high-thou...
subread 官网:http://subread.sourceforge.net/
定义三个文件夹:index索引、inputdir输入文件夹、out输出文件夹。这一步需要激活conda环境。
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