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文献阅读 · 变异分析流程--肿瘤基因组测序数据分析专栏

call 突变的工具推荐使用GATK HaplotypeCaller 和 Platypus。也有基于贝叶斯统计方法的 Samtools/BCFtools 和 ...

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【生信文献200篇】65 狼疮性肾炎患者肾脏免疫细胞图谱

英文标题 The immune cell landscape in kidneys of patients with lupus nephritis

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【生信文献200篇】66 小鼠模型跟人类癌症差太大了

英文标题:Genomic variants in mouse model induced by azoxymethane and dextran sodium ...

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读《R语言面向对象编程》

R主要面向统计计算,为数据科学家青睐,代码量一般不会很大,使用面向过程的编程方式就可以很好的完成编程任务。而且还是有RStudio这样的交互操作集成开发环境,所...

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生信小白系列:在线运行Github上的jupyter notebook的代码

你有没有试过在Github上看到一些不错的Python教程,然后是存储于Jupter notebook(.ipynb)中,然后你点开他们的Github后会有想直...

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R tips:EBImage用于定量分析细胞荧光图

EBImage是一个用于图形处理的R包,简洁优雅功能强大,可以完成很多计算机图形处理算法。

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【生信文献200篇】59 利用DNA甲基化和RNA-seq分析获得乳腺癌DNA甲基化调控基因

英文标题 Identification of epigenetic modulators in human breast cancer by integrate...

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关于 16s 序列的注释算法

16S rRNA 扩增子测序已被广泛应用于微生物组研究,其中一个至关重要的步骤就是对相应序列(OTU 或者 ASV)进行分类学注释。虽然已经有大量的注释算法被开...

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与师兄因生信菜鸟团相识,一起做科研的故事

和师兄合作的关于鸡的泛基因组的文章,于昨天正式被告知被Molecular Biology and Evolution正式接受,其中经历了不少酸甜苦辣,此时此刻感...

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python:手动比对序列并绘制测序饱和度图片

最近因为工作需要,有一组RNA探针测序数据要求检查其测序饱和度的情况,来评估测序的冗余度。

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KGCN:使用 TensorFlow 对知识图谱进行机器学习

知识图谱卷积网络 (Knowledge Graph Convolutional Network KGCN) 框架旨在提供一种通用的方法以基于 Grakn 知识图...

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【生信文献200篇】51 探索PDAC癌前病变

「英文标题:」 Precancerous neoplastic cells can move through the pancreatic ductal sys...

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【生信文献200篇】52 TCGA-atac-seq

英文标题:The chromatin accessibility landscape of primary human cancers

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没想到自己会放弃conda(docker镜像的pyscenic做单细胞转录因子分析)

不过,我使用了docker镜像的pyscenic,所以绕过了这个报错!那,我们现在演练一下如何使用docker镜像的pyscenic吧!

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如果你觉得相关性热图不好看,或者太简陋

就有粉丝提问,把单细胞亚群使用 AverageExpression 函数做成为了亚群矩阵,是不是忽略了单细胞亚群的异质性呢?毕竟每个单细胞亚群背后都是成百上...

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混合到同一个10X样品里面的多个细胞系如何注释

可以看到,不同细胞系,降维聚类分群后,泾渭分明。但是没办法从单个或者多个标记基因的角度来对细胞系进行命名:

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使用SingleR构建自定义细胞亚群数据库

如何很多朋友留言问,为什么不使用现成的工具呢,比如SingleR就构建自定义细胞亚群数据库。我们当然知道这样的工具很好用,但是我们要分享的是技术细节,如果一切都...

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Python 做 Nature 级的单细胞分析(图文详解)

如果 conda 不熟悉的小伙伴,可以参考:https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/88828229

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胞间互作工具——Cellchat(一)

最初接触这个R包是去年年中,想做细胞间相互作用,又不会python,正好看到周老师的推文,就跟着学了学,CellChat:细胞间相互作用分析利器,当时CellC...

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RNA-seq数据分析完全指北-10:gatk找突变

如果有读者仔细看过RNA-seq结题报告,就会发现在定量分析以外通常还会有SNP和INDEL分析。目前,对人类测序数据找突变最常用的软件是GATK,除了速度慢以...

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