生信菜鸟团

文章/答案/技术大牛

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LV0

发表了文章 6小时前2025-04-28 13:31:23

超过10,000名中国患者的泛癌ctDNA检测

背景：尽管近年来发表了许多与ctDNA相关的研究，但仍然缺乏对不同癌症类型的ctDNA的大规模分析。

生信菜鸟团 6小时前2025-04-28 13:31:23

量化、数据、程序、队列、开发

发表了文章 1天前2025-04-27 13:15:18

GSE75421芯片数据分析-1

想着去年学习的时候，也是学到芯片数据分析处理，然后说要去学习一下TCGA数据分析，然后就没有然后了

生信菜鸟团 1天前2025-04-27 13:15:18

数据、芯片、异常、数据分析、表格

发表了文章 1天前2025-04-27 13:14:39

tinyarray简化GSE75421芯片分析流程

在推文GSE75421芯片数据分析-1中，是使用之前的分析流程，一步步的实现芯片数据的下载以及差异富集分析流程

生信菜鸟团 1天前2025-04-27 13:14:40

数据分析、函数、可视化、数据、芯片

发表了文章 1天前2025-04-27 13:08:33

tinyarray简化多分组芯片数据分析

前两天尝试了从头开始分析GSE75421芯片数据集——GSE75421芯片数据分析-1，也基于tinyarray简化GSE75421芯片分析流程，用几行代码就完...

生信菜鸟团 1天前2025-04-27 13:08:33

工作、可视化、数据、芯片、数据分析

发表了文章 1天前2025-04-26 20:51:25

你真的会管理R包吗

对于共享服务器，用户安装的R包会默认保存在 ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4/，最后的 4.4 根据R语言的版本不同而不同...

生信菜鸟团 1天前2025-04-26 20:51:25

系统、服务器、管理、兼容性、开发

发表了文章 1天前2025-04-26 20:50:45

提供数据代码，基于空间信息的基因表达用于预测疾病结果

◉ 我们对AS、IF和TC区室进行了空间分析（10x Visium和DSP）。◉ 人工智能（AI）分析确定了五种与复发相关的基因，并通过LC–MS/MS蛋白质组...

生信菜鸟团 1天前2025-04-26 20:50:46

系统、迁移、队列、模型、数据

发表了文章 1天前2025-04-26 20:50:41

感觉简单 | NatMed | 92名医生与GPT-4在多种临床场景下的表现对比

◉ 这项研究包括92名正在执业的主治医师和住院医师，他们接受过内科、家庭医学或急诊医学的培训。◉ 提出了五个由专家开发的病例，并使用德尔菲法创建了评分标准。◉ ...

生信菜鸟团 1天前2025-04-26 20:50:41

管理、模型、设计、数据、gpt

发表了文章 1天前2025-04-26 20:50:37

GenePT：用ChatGPT辅助基因功能分析/细胞状态与表型分析/基因程序探索

◉ 对于每个基因，我们从NCBI提取其相应的文本摘要，并使用GPT-3.5文本嵌入作为其表示。◉ 在GenePT-w细胞嵌入框架中，我们对步骤a中的基因嵌入进行...

生信菜鸟团 1天前2025-04-26 20:50:37

性能、chatgpt、程序、模型、数据

发表了文章 1天前2025-04-26 20:50:31

Nature | 从 ecDNA 层面研究肿瘤异质性与可塑性问题

◉ a，基于AmpliconArchitect的PDO分类。每个样本的扩增子数量已标明。患者切除时的病理阶段和随访时的生存状态以颜色编码表示。◉ b，基因组视图...

生信菜鸟团 1天前2025-04-26 20:50:32

量化、数据、系统、协议、pdo

发表了文章 1天前2025-04-26 20:50:24

空间组学 | NG | 人前列腺的空间转录组分析

◉ 队列1包括7名因膀胱癌接受根治性膀胱切除术患者的前列腺，每个前列腺根据解剖位置取样。所有样本均进行了BD Rhapsody单细胞核RNA测序。◉ 队列2由4...

生信菜鸟团 1天前2025-04-26 20:50:24

算法、队列、函数、可视化、数据

发表了文章 1天前2025-04-26 20:50:20

生信程序 | NG | 空间解析组学数据中细胞微环境的定量表征

◉ NicheCompass 接受单样本或多样本空间组学数据作为输入，这些数据带有细胞水平或斑点水平的观察。◉ 利用二维坐标，它构建了一个空间邻域图（表示为二进...

生信菜鸟团 1天前2025-04-26 20:50:20

编码、程序、模型、数据、变量

发表了文章 1天前2025-04-26 20:50:07

综述 | Cancer.Cell | 人工智能与转化癌症研究交叉领域的新视野

错误！！！ cannot unpack non-iterable NoneType object 错误！！！ cannot unpack non-iterabl...

生信菜鸟团 1天前2025-04-26 20:50:08

人工智能、cell、工具、模型、数据

发表了文章 5天前2025-04-23 09:34:40

玩转服务器-还有谁不知道微信的这个坑？

用户反馈了一些奇奇怪怪，都是按照正常理解本不应该出现的报错。追问一下，甚至代码还是参考的我们往期的教程。比如：玩转服务器—从卡顿到秒装，Conda焕新极速体验

生信菜鸟团 5天前2025-04-23 09:34:40

服务器、教程、浏览器、微信、编辑器

发表了文章 6天前2025-04-22 09:57:37

玩转 ENSEMBL 数据库（一）

生物信息学离不开数据库的使用，一般情况下，我们似乎能难使用一个数据库的全部功能，但不可否认的是，一个数据库往往隐藏着我们不知道的使用技巧，也可能我们使用过这些功...

生信菜鸟团 6天前2025-04-22 09:57:38

对象、函数、连接、数据、数据库

发表了文章 7天前2025-04-21 00:45:48

一文打通10X HD Visium上游：从软件部署到上游分析

熟悉我的朋友应该知道，学习一个组学，我一般会从学起，从上游分析到下游，例如为了学习Bulk RNA-seq分析，我会从芯片数据学起，例如：

生信菜鸟团 7天前2025-04-21 00:45:48

部署、可视化、软件、数据、芯片

发表了文章 8天前2025-04-19 23:57:02

玩崩服务器-你真的会修改shell配置文件吗

服务器上的shell配置文件，分系统级和用户级。对于普通用户来说，系统级通常是没有权限修改的。普通用户仅可修改用户级的 shell 配置文件。用户级配置文件位于...

生信菜鸟团 8天前2025-04-19 23:57:03

shell、profile、登录、服务器、权限

发表了文章 10天前2025-04-18 13:10:28

单细胞不同基因集选择方法会怎样影响下游结果？

◉ a, 指标选择工作流程图。◉ b, 指标选择步骤的结果。显示了每个指标在观测范围内和跨数据集及整合的数据与特征数量之间的相关性密度。◉ 颜色表示平均值，垂直...

生信菜鸟团 10天前2025-04-18 13:10:28

排序、数据、性能、测试、模型

发表了文章 10天前2025-04-18 13:09:18

生信程序 | Cell2fate 推断 RNA速度模块以改进细胞命运预测

◉ Cell2fate 允许推断复杂的和微妙的转录动力学（a）◉ 通过建模基因特异性的转录率（b）◉ 使用更少数量的独立模块，这些模块具有简单的动态特性，同时也...

生信菜鸟团 10天前2025-04-18 13:09:18

程序、函数、模型、数据、测试

发表了文章 10天前2025-04-18 13:08:35

视角 | Nature | 迈向分子细胞生物学中的多模态基础模型

◉ 各种分析技术在单细胞分辨率和空间分布上提供了丰富多样的数据。◉ 分析方法的数据可以揭示中心法则中的多个步骤。◉ 内嵌文本列出了用于多组学分析的常见测序方法。...

生信菜鸟团 10天前2025-04-18 13:08:36

开发、模型、数据、网络、基础

发表了文章 10天前2025-04-18 13:07:30

综述 | 肿瘤缺氧促进基因组不稳定性和肿瘤进化

◉ 缺氧条件会导致细胞代谢的改变，从氧化磷酸化转向糖酵解（方框 1）。肿瘤内的缺氧亚区域也引发了一系列对基因组完整性的细胞内效应（左侧）。这包括减少 DNA 修...

生信菜鸟团 10天前2025-04-18 13:07:31

基础、模型、数据、系统、异常

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