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转录组数据的时间序列分析,你学会了吗

上周的公众号处理了不同时间序列的数据集,但因为是内置的数据集,很多分析流程都已经被pipeline函数包装了,那如果是自己的时间序列数据集该怎么分析呢?

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探索TCGA的临床特征分组——做差异分析前你有没有忘记它

上次我们说到把代谢基因做差异分析,由于TCGA中上传整理的并不是严格的tumor-normal实验设计,我们前期一直探索的LAML数据,就是没有normal样本...

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数据分析
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读《糖生物学基础》

我们应该还记得高中生物课文中,科学家如何确定遗传物质是DNA而不是其他分子的著名生物学实验:肺炎双球菌转化实验。那个时候,糖,作为一类生物大分子也曾参与过“遗传...

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信息流https网络安全
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肝癌患者 snRNA-seq 和 scRNA-seq 测序数据是否有区别?

文章:Comparison of single‑nucleus and single‑cell transcriptomes in hepatocellular...

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三种转录组差异分析方法及区别你会了吗?

在做项目时,曾有小伙伴对我用edgeR进行差异分析筛选出的具体显著差异基因表示质疑,因为发表的文章清楚的说明某个基因是差异基因,但是我edgeR的分析结果并没有...

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腾讯云开发者社区
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乳腺癌数据集系列R包:Fletcher2013

芯片数据集是一片广袤的海洋,大多数时候我们做数据挖掘,相当于大海捞针。于是一些学者合并同类项,将相同芯片平台或是类似设计的数据集进行了包装,开发成为new pa...

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数据挖掘https数据分析网络安全
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基因集的生存分组差异检查

之前的推文中我们介绍了如何缩小基因集范围,拿到表达矩阵,这时想要初步查看所挑选基因集在分组中是否有差异,我们用箱线图和热图尝试一下。

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CellChat细胞通讯(二)可视化篇

书接上文。我在 CellChat细胞通讯分析(一)一文中简单介绍了CellChat,以及其进行细胞间通讯的推断与分析的代码实现。简言之,上文主要是得到一个细胞间...

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模式识别
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人肺内皮细胞整合单细胞图谱

文献:Integrated Single-Cell Atlas of Endothelial Cells of the Human Lung. Circulat...

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文献数据复现——原发性和转移性肝细胞癌多细胞生态系统的单细胞图谱

文献:A single-cell atlas of the multicellular ecosystem of primary and metastatic ...

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转录组差异分析这样做能行吗?

前段时间,我们分享了转录组三种常见差异分析的推文以及单样本1V1进行差异分析的推文。对单个样本进行差异分析时,我们能获得相应的差异基因。在转录组三种常见差异分析...

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Rtips:RBioFormats包读取和处理ome-tiff图片

使用显微镜对大样本进行全片扫描并导出图片是一个很常见的需求,但是导出的图片往往会非常大,动辄是几个Gb的大小,常规的看图软件根本无法打开,更别提对它进行后续的编...

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https网络安全HTMLGitHubGit
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浅谈 Neighbor-joining

在生物信息学中,邻连法(Neighbor-joining)是由 Naruya saiitou 和 Masatoshi Nei 于1987年提出的一种自下而上(聚...

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编程算法
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试一试这个R包做单细胞分析-scMetablism

它的github地址为:https://github.com/wu-yc/scMetabolism

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GitHubhttpsGit开源网络安全
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10X空间转录组之免疫组库分析

疫情即将过去,大家期间过的怎么样?无论疫情如何,科研一直在路上,并且在不断的推陈出新,而我们今天要分享的就是10X空间转录组的免疫组库分析。

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SSL 证书
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提升幸福度的 VSCode 插件推荐(2022版)

支持 MySQL/MariaDB, Microsoft SQL Server, PostgreSQL, Redis, and ElasticSearch

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编程算法GitGitHub开源数据库
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从代谢的角度谈衰老和肿瘤的关系

前一段时间在Bioart论坛上听了林圣彩院士的一个有关代谢研究的报告,感悟很多。特别是林老师提出的要想从代谢的角度控制肿瘤生长,不应该是去研究肿瘤细胞的代谢,而...

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用 Python 做单细胞分析 01 | 详解 AnnData 数据结构

可以看到 AnnData 具有和 dataframe 或 Array 相似的长相,同样具备相似的特性,比如切片:

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Numpy存储
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如何快速重命名Gff3文件中的基因ID名称

在使用EVM或者maker进行基因注释后,通常的下一个需求就是对注释的gff的ID进行重命名,一般我们会按照物种的名称,按照基因在染色体的位置进行命名。这个该如...

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Python
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单细胞测序揭示肝移植术后细胞图谱

近日肝移植领域发表一篇单细胞测序文章,题目为Landscape of Immune Cells Heterogeneity in Liver Transplan...

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