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生信小白系列:在线运行Github上的jupyter notebook的代码


你有没有试过在Github上看到一些不错的Python教程,然后是存储于Jupter notebook(.ipynb)中,然后你点开他们的Github后会有想直接运行的冲动。今天的推文就给大家介绍一个简单的办法去解决这个问题。就是通过使用Colab来加载Github的代码。

什么是Colab?

Colaboratory,简称“Colab”,允许你在浏览器中编写和执行Python代码。可以通过以下链接去登录:https://colab.research.google.com/notebooks/

改平台具有以下的优点:

  1. 提供免费的电脑配置,运行代码
  2. 甚至可以让你使用 GPU
  3. 便于分享

无论您是学生、数据科学家还是AI 研究人员,Colab 都可以让你的工作更轻松。

如何使用Colab链接Github上的jupyter notebook?

简单介绍完之后,就正式进入今天的主题。最近再Github上看到一个很不错的关于生物信息的Python教程,于是想跟着代码操作一遍。GIthub的链接是:https://github.com/vappiah/Python-for-Bioinformatics

感觉这个教程还挺适合初学者的,囊括到了Python的各种基础知识,和一些简单的生物信息的知识。关于学习改教程的方法,传统的方式就是把Github上的内容下载下来,然后在本地上安装好Jupiter notebook,然后使用本地的方式去运行这些改代码。如果你有Python基础这一切都好办,但是如果你没有的话,今天介绍的方法就很适合你。

首先通过上面的链接打开Colab,点开open file,然后再选择Open notebook的选项。

这时候会弹出一个新的窗口,在点开Github的选项:

接着我们把其中一个教程的链接输入进去,然后点击搜索按钮:

该ipynb文件就会自动读到colab中,我们就可开始运行每个代码,学习其中含义,也可以自己尝试修改其中的代码,举一反三:

使用Colab的另一个优势就是,它可以和你的Google account相关联,然后你所有的代码都可以云存储,云分享。这非常有助于对代码数据分析的重复实现。

本文分享自微信公众号 - 生信菜鸟团(bio_123456789),作者:lakeseafly

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2021-09-08

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