因为基因组不同区域的不同组蛋白修饰的生物学意义不一样,所以研究它就不得在不每个项目里面做很多数据,很烧钱,比如 Roadmap 表观计划,通常是:6种 chromatin marks H3K4me3, H3K4me1, H3K36me3, H3K27me3, H3K9me3 and H3K27ac)
我看到一个软件的参数是;-R Genomic *regions* to plot: tss, tes, genebody, exon, cgi, enhancer, dhs or bed
,就是设计好了可以针对基因组的任意功能区域进行探索。
那么,基因组不同区域的不同组蛋白修饰的生物学意义到底该如何理解呢?
建议大家参考2013年npg的一篇review:《Histone modifications for human epigenome analysis》,它介绍了如下所示的不同组蛋白修饰:
不同组蛋白修饰对应的生物学功能
H3K4me3, H3K4me1, H3K36me3, H3K27me3, H3K9me3 and H3K27ac)
可以看到:
确实背诵下来有点难哦,大家一起加油哦,选择了生命科学这样的“文科”就不得不熬夜背诵。
通常组蛋白修饰得到的是Chipseq数据,如果要分析: