Perl 版Circos -绘图篇-link绘图

上期和大家分享了highlight高亮基因组区段的block，我们对于绘图也有了基本的理解。今天和大家分享link block。link是对于有某种关联的区段进行绘图的一种形式，比如基因复制事件、SV以及QTL关联区域等。

link 用法是”<links> </links>”,也是可以有很多个link,具体示意如下：

在这个block中会有一个或多个”<link> </link>”来声明每个link的位置、填充颜色以及边框粗细、颜色的信息。

1、全局：图中（1）~（5）为”<links> </links>”设置的全局变量。

（1）代表link线z-depth的优先级，值越大表示优先级越高。

（2）代表link两端的所在的位置。

示意图如下：

（3）、（4）和（5）是调节link曲线曲度的三个参数。

bezier_radius： 是调节贝塞尔曲线的控制点的位置，具体见图：

crest是增加2个控制位点来控制曲度，具体示意如下：

bezier_radius_purity控制P2轨迹来控制，具体如示意图：

2、局部： (6)、(7)和(8)分别是填充颜色、边框粗细和绘图文件局部变量。

link曲线还有还有ribbon这种类型，设置如下：

<link>
...
ribbon =yes
...
</links>

即在block中加入"ribbon =yes"能改变link的连接类型，link ribbon 类型示意如下：

以上就是link的基本用法，常调整的参数为颜色、双端位置和link的连接类型（normal和ribbon）。normal类型适合link区段数目较多，且区域较小的情况，而ribbon适合区段少，且区段较大的数据类型，因此选择合适的连接类型也是美观作图的关键。