CIBERSORT零代码分析免疫细胞浸润

CIBERSORT采用去卷积的算法，基于转录组数据，在混合的细胞中估算出免疫细胞的组成和丰度。

我们先来膜拜一下由斯坦福大学团队开发的在线工具CIBERSORT，这篇文章于2015年发表在Nature Methods上，至今已被引用了700+次，网址为：https://cibersort.stanford.edu/。小编为大家整理了具体的使用方法和注意事项。

Step1. 注册与登陆

进入到网页后，需要注册或登陆。CIBERSORT致力于为科研事业提供免费服务，仅支持持有校园邮箱的用户。

注意：必须使用教育邮箱来注册和登陆。

Step2. 数据准备

需要准备一个表达谱文件，行为基因ID，列为样本名。如下所示：

注意：文件中不可有缺失值；不可有双引号；不要经过log转化。

Step3. 上传数据

点击菜单栏中的Menu，选择Upload Files。

之后跳转到如下界面，首先点击“Add files”，选择表达谱矩阵；再点击“Start Upload”开始上传文件。

注意：CIBERSORT为每名注册用户提供了500Mb的空间来存储数据和结果，若超过这个限制，数据则无法上传至服务器进行分析。

Step4.运行CIRBERSORT

数据上传完毕后，点击Menu→Run CIEBERSORT。

跳到最关键的一步，配置一下CIBERSORT的运行参数，配置完毕后点击最下面的“run”开始运行。

运行的时候需要一段时间，可以将网页关闭，过段时间来收获结果。

Step5. 查询结果

结果在这里等待大家。Menu→Job Results.

所有运行过的结果都在这里，快打开看看吧。

CIBERSORT的使用学习完了，再来看看你那些压箱底的转录组数据、还有数据库中的转录组数据，有没有觉得遍地都是宝藏，还不快拿出来遛一遛？

Ref: Newman A M, Liu C L, Green M R, et al. Robust enumeration of cell subsets from tissue expression profiles[J]. Nature methods, 2015, 12(5): 453.