百万新冠序列分析报告 | CNGBdb & GISAID | 20210507

GISAID-新冠病毒序列最新分析报告

2021-05-07

#全基因组进化树

显著变化：1,231,748全基因组 (+ 27,343)

(从1,354,238条序列中排除了低覆盖度序列)

更新分支

RBDx:受体和抗体结合位点附近的相关突变

S分支 10,962 [#RBDx 1,623] (+59 [+47])

L分支 5,237 [#RBDx 48] (+0 [+0])

V分支 6,330 [#RBDx 18] (+1 [+0])

G分支 129,148 [#RBDx 37,845] (+2,152 [+1,284])

GR分支 216,502 [#RBDx 52,043] (+3,114 [+1,703])

GRY分支 437,524 [#RBDx 9,569] (+13,935 [+192])

GH分支 271,117 [#RBDx 95,601] (+7,565 [+5,784])

GV分支 145,400 [#RBDx 1,393] (+490 [+1])

其他分支 9,528 [#RBDx 1,606] (+27 [+17])

#收集序列中分支分布随时间演化过程

鉴于B.1.1.7基因组在全球范围内广泛出现且数量超过其它现有分支，为了简化报告，我们将B.1.1.7谱系(GR/501Y.V1)提升为GRY分支， 衍生自添加了包括N501Y在内的S蛋白标记的GR分支。

RBDx：受体和抗体结合位点附近的相关突变（相对于参考分支）

#新增序列区域分支分布

#高质量基因组受体结合监测

新发现受体结合突变有：瑞典2,529个N501Y,挪威1,451个N501Y,美国/加利福尼亚州890个N501Y等。

请访问gisaid.org/spike （“所有RBS突变列表”）以获取所有受体结合位点突变列表。

已针对MERS（DOI: 10.1128/JVI.01381-18）中V483A和V483I和SARS（DOI: 10.1074/jbc.M111.325803 DOI: 10.1086/651022 DOI:10.1186/1743-422X-2-73 和DOI:10.1093/molbev/msq056 ）中G476S, L455I, F456L, F456V, S494P, A475V, N439K, K444R和 V503F等效位置进行了研究，这些位置上它们可微弱降低宿主受体结合力并改变抗原性。

* 相对于hCoV-19/中国武汉/威斯康星州V04/2019毒株21563起始密码子进行编号

#高质量基因组通用引物检查

为了减少随机突变干扰，将过去180天内提交的约654,522中约654,431条高质量全基因组全部考虑在内。每个柱状图都标注了自上次更新后百分比变化。

这是高质量基因组（定义为含有<1％Ns且<0.05％唯一非同义突变）百分比简化总结视图，在正向、探针或反向引物区域具有一个或多个突变。这不一定表明引物将不起作用，但可作为目标区域多变性指南。第二张图显示了相似内容，但是引物区域（定义为引物序列的最后5个核苷酸）3’端发生了突变，这可能会影响部分灵敏度。

引物序列来源（可能已同时更新）：

https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/protocol-v2-1.pdf

https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/peiris-protocol-16-1-20.pdf

http://ivdc.chinacdc.cn/kyjz/202001/t20200121_ 211337.html

https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/uscdcrt-pcr-panel-primer-probes.pdf

本次分析以递交到本平台的序列数据为基础。对于产生和递交这些序列数据的实验室人员，我们表示衷心感谢！

*该报告由新加坡科技研究局生物信息学研究所、基因组研究所提供，由国家基因库生命大数据平台（CNGBdb）团队翻译

点击链接（https://db.cngb.org/gisaid/）

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