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NC发布猕猴大脑皮层多组学细胞图谱,助力神经系统疾病研究 | 时空专辑数据库

近日,杭州华大生命科学研究院(以下简称杭州华大)联合昆明理工大学灵长类转化医学研究院、美国艾伦脑科学研究所等国内外多家单位在国际学术期刊《自然·通讯》(Natu...

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单细胞数据库推荐 | TEDD:人和模式动物组织器官发育单细胞转录组与染色质可及性数据库

近日,香港中文大学和深圳华大生命科学研究院团队合作在Nucleic Acids Research杂志发表了一个全新的人和模式动物组织器官发育单细胞转录组与染色质...

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数据库SQL
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EmAtlas:探索哺乳动物胚胎发育时空动态的综合图谱

胚胎发育研究的重要性日益显现,这迅速增加了与多组学数据相关专业资源的数量。然而,缺乏全球胚胎发育库和系统分析工具,限制了干细胞研究、人类先天性疾病和辅助生殖领域...

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BT × IT | DeepST:通过深度学习识别空间转录组学中的空间域

识别空间域(即在基因表达和组织学上具有空间相关性的区域)是空间转录组学中最重要的课题之一。近日,《Nucleic Acids Research》发表了一个准确且...

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编程算法神经网络深度学习
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重磅发布 | 时空组学数据库STOmicsDB,“一站式”赋能时空组学研究!

2022年10月29日,由深圳国家基因库和深圳华大生命科学研究院共同研发的时空组学数据库V1.0版本(STOmicsDB)在国家基因库生命大数据平台(CNGBd...

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大数据数据库SQL数据分析
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RISynG:用于癌症亚型识别的新型多组学聚类算法

癌症亚型识别是推进个性化抗癌治疗的关键步骤之一。然而目前从多组学数据中识别最相关的特征并系统地整合它们仍然存在局限性。近日,《Scientific Report...

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编程算法数据分析其他性能测试
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Hist2ST:联合Transformer和图神经网络从组织学图像中进行空间转录组学预测

近日《Briefings in Bioinformatics》发表了一种空间信息引导的深度学习方法:Hist2ST,用于从全载玻片图像(WSIs)进行空间转录组...

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Python
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国产空转工具推荐 | STRIDE:使用scRNA-seq对空间转录组进行精准的整合分析

2022年3月,来自同济大学的科研团队在《Nucleic acids research》发表了一种基于主题模型的空间转录组学去卷积方法:STRIDE,通过机器学...

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IDE
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热点综述 | 单细胞测序的扩展、整合与转化

近年来单细胞测序得到了飞跃式的发展,其横向上扩展到其他层面,如用于表观基因组分析的单细胞亚硫酸盐测序,纵向上扩展到多个组学数据整合和其他信息的整合,如空间转录组...

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Science Advances:利用iSpatial对全基因组空间表达进行精确推断

空间分辨转录组分析可以揭示组织结构和环境依赖性细胞-细胞或细胞-环境相互作用的分子机制。由于目前的技术限制,以单细胞分辨率获得全基因组空间转录组是一项挑战。近日...

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SVG
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Nature子刊:高通量蛋白质组学方法学综述

在后基因组时代,蛋白质组学在生物医学研究中发挥着重要作用。近日,Nature子刊《Laboratory Investigation》发表了一篇高通量蛋白组的mi...

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大数据数据分析编程算法对象存储
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癌症研究资源推荐 | Nature子刊:基础和转化癌症研究中的大数据

近日,《Nature Reviews Cancer》发表了一篇综述文章,全面回顾了利用大数据推进癌症研究和治疗的技术现状和未来挑战,其中包含超实用的癌症研究数据...

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数据库SQL大数据神经网络深度学习
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生化小课 | 酶促进了化学反应通路

所有生物大分子的热力学稳定性远低于其单体亚基,但它们在动力学上是稳定的:它们的非催化分解发生得很慢(几年而不是几秒钟),以至于在对生物体至关重要的时间尺度上,这...

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生化小课 | Keq 和 ΔG° 是反应自发进行趋势的量度

化学反应完成的趋势可以用平衡常数表示。对于a摩尔的A与b摩尔的B反应,得到c摩尔的C和d摩尔的D的反应,

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React
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Nature子刊发布蚂蚁大脑单细胞图谱,揭示蚂蚁帝国社会分工中的“脑特化”现象

近日,深圳华大生命科学研究院联合中国科学院昆明动物研究所、丹麦哥本哈根大学等单位首次使用单细胞测序技术,构建了蚂蚁四种不同品级的大脑细胞图谱,揭示了蚂蚁伴随着社...

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生化小课 | 生物学中的能量偶联反应

生物能量学(研究生命系统中的能量转换)的核心问题是如何将来自燃料代谢或光捕获的能量与细胞需要能量的反应相耦合。关于能量耦合,可以考虑一个简单的机械示例,如图1-...

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『热门研究与论文发表系列研讨会』<第七期>回顾:牛津大学出版社 + 科研数据管理&发表策略

A:目前牛津旗下大部分期刊在level 1~3,level 4 共享水平的期刊不是很多,包括GigaScience等2~3本期刊。

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前沿综述 | 机器学习在医学中的应用

此前,小编为大家整理过一篇BT与IT融合的综述文章 ? 深度学习在生物科学领域的应用,这次姐妹篇来咯!《Computers in Biology and Med...

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机器学习神经网络深度学习AI 人工智能
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生化小课 | 创造和维持秩序需要运转和能量

正如我们所注意到的,DNA、RNA和蛋白质是信息大分子;它们的单体亚基的精确序列包含了信息,就像这句话中的字母一样。 除了利用化学能在这些亚基之间形成共价键外,...

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『热门研究与论文发表系列研讨会』<第六期>回顾:Genome Biology + 微生物组学研究

A:首先需要评估一下研究的新颖性,对于创新性较高的研究建议选择领域内顶尖期刊;另外也建议大家了解研究领域内大家较为关注的期刊及其读者群,相比影响因子选择与研究内...

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