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DSTG:基于图形的卷积网络对空间转录组数据进行去卷积

之前小编已经给大家介绍了三个利用神经网络进行空间转录组分析的方法,今天再追加一个基于图形的卷积网络对空间转录组数据进行去卷积的新方法:DSTG。

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BT × IT | 如何利用神经网络做空间转录组分析?

随着生物与信息融合(BT与IT融合)发展,越来越多的IT技术已实际应用于BT问题,例如今天小编介绍的这三个利用神经网络进行空间转录组分析的方法...

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Baysor:在基于成像的空间转录组学中实现细胞分割

基于原位测序或多重RNA荧光杂交的单分子空间转录组学方案可以揭示详细的组织结构。然而,在这些数据中区分单个细胞的边界是具有挑战性的,并可能会阻碍下游分析。目前的...

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前沿Perspective | 空间转录组数据分析方法最新进展

空间转录组学是一个迅速发展的领域,有望以单细胞或亚细胞分辨率全面表征组织结构。计算方法的发展对从原始数据中提取生物信号起着重要作用;下游分析工具将空间组织和细胞...

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节后找状态,从梳理空间转录组学的基础知识点开始...

节后收心小秘方:和小编一起梳理空间转录组学的基础知识点,快速进入学习状态!这次的参考文献来自《Emerging Topics in Life Sciences》...

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CoSTA:用于空间转录组分析的无监督卷积神经网络学习方法

2021年8月,来自美国研究人员在《BMC Bioinformatics》杂志发表了题为“CoSTA: unsupervised convolutional n...

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盘点 | 空间转录组下游分析工具大PK,你在用哪个?

自2016年第一项名为 "空间转录组学 "的技术发表以来,关于空间转录组学的论文数量大幅增加。

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scRNA-seq+ST又“画”了个图谱!Cell发布单细胞分辨率下人体肠道发育的时空图谱

单细胞转录组(scRNA-seq)结合空间转录组(ST)技术已绘制了多个组织/器官图谱(空间转录组都绘制了哪些图谱?)。近日,来自英国的科学家利用scRNA-s...

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空间转录组都绘制了哪些图谱?

之前我们通过一篇综述(?  空间转录组是一种怎样的转录组?),了解了空间转录组各种方法的技术原理/优缺点,空间转录组的应用等信息,其中空间转录组的应用范围覆盖构...

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热点综述 | Nature Methods:利用空间组学和多路成像技术探索癌症生物学

了解肿瘤异质性——肿瘤内细胞间的分子变异——有望解决癌症生物学中的突出问题,并改善特定癌症亚型的诊断和治疗。近日,来自澳大利亚的科研团队在《Nature Met...

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SpatialDB:让空间转录组数据可视化

2019年11月,来自中国科学院生物物理研究所高通量测序中心的研究人员发布第一个单细胞空间转录组数据库及数据在线可视化平台:SpatialDB,为研究组织的空间...

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学术爆款“空间转录组技术”,都有哪些技术?

空间转录组学的发展极大地扩展了复杂多细胞生物系统的知识。那么大家常常提到的空间转录组技术都有哪些技术?

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空间转录组是一种怎样的转录组?

对于转录组大家已经非常熟悉,那么空间转录组呢?空间转录组是什么?空间转录组有哪些方法/策略?有什么应用?...

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热点综述 | Nature:利用空间转录组技术探索组织结构

高通量测序和成像方法的技术进步确立了空间转录组学在整个组织空间系统地检测所有或大多数基因表达水平的能力。近日,来自美国的科研团队在《Nature》发表综述文章,...

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王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【3】:胚胎发育/干细胞分化

单细胞转录组测序(scRNA-seq)和空间转录组学等新兴技术为分析细胞组织、形态和分子特性的分化以及系谱分配开辟了新途径。

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王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【2】:肝脏生理学/疾病

最近的技术进步使得在单个细胞中进行全基因组RNA分析成为可能,这种技术被称为单细胞转录组测序(scRNA-seq)。肝脏组织的scRNA-seq主要包括肝脏组织...

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王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【1】:心血管发育/疾病

提到科研顶流,就不得不提单细胞转录组(scRNA-seq)和空间转录组(ST),两者组合能够获得组织中的细胞组成并还原其空间信息,从而更加精确的解析组织结构,在...

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科研“出圈”必备——空间组学技术

空间组学技术正在提供一个新的视角。通过量化数十到数百个基因、转录物或蛋白质,空间组学能够在自然组织或细胞结构的背景下收集有价值的分子、细胞和微环境信息。

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新组学技术 | Stereo-seq:大视场纳米级分辨率时空组学技术

2021年1月19日,深圳华大生命科学研究院联合国内外多机构共同开发的全新空间转录组测序技术:Stereo-seq对外发布,该技术以前所未有的(亚细胞级)分辨率...

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空间转录组技术在肿瘤免疫治疗中的应用潜力

肿瘤内异质性对癌症患者的准确诊断和个性化治疗策略的制定提出了重大挑战。此外,这种异质性可能是治疗耐药性、疾病进展和癌症复发的基础。虽然免疫疗法可以获得很高的成功...

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