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除了做实验和看文献,听说隔壁实验室师兄还在用这个国产数据库 | 癌症研究数据库推荐

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尐尐呅
发布2022-04-01 17:08:57
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发布2022-04-01 17:08:57
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文章被收录于专栏:国家基因库生命大数据平台

数据库的意义之一就是最大化科研成果的转化率以及提升科研人员的科研效率,尤其是人工整理的实验验证的数据库。

From 很久没更新数据库推荐的小编

今天小编挖到的这个数据库来自科研热门领域:癌症转移。癌症研究的小伙伴如果要找选题做开题报告、写国自然没思路、不想看文献...都可以试试LncR2metasta:一个人工整理的、实验支持的癌症转移相关lncRNA数据库,利用这个数据库可以轻松了解lncRNA和癌症转移之间的关联,快速开拓下游研究思路。

LncR2metasta是武汉科技大学邓文生教授课题组的成果。在当前版本中,LncR2metasta记录了54个人类癌症亚型中304个lncRNAs和39个癌症转移事件(缩写为CME,例如癌细胞侵袭、内渗、外渗、增殖等)之间的1238个关联。

LncR2metasta有哪些功能?

LncR2metasta提供了一个简洁的web界面,使研究人员能够浏览、搜索下载以及在数据库中提交新的lncRNA-CME关联。

lncR2metasta的工作流程示意图

浏览

在浏览页面,可以根据lncRNA和CME类别查看LncR2metasta数据,点击特定的lncRNA或CME后,将显示匹配条目列表。

搜索

在搜索页面,允许用户使用lncRNA symbol、ID (Entrez ID、Ensembl ID)或位置查询数据。使用选定的CME,用户可以有针对性地高效搜索相关的lncRNAs。LncR2metasta还提供模糊搜索功能,便于在搜索时返回最接近的匹配条目。

下载

在下载页面,lncRNA-CME关联可以以定制的方式全部或部分下载。

提交

此外,开发团队还部署了一个提交页面,允许研究人员提交LncR2metasta中没有记录的新lncRNA-CME关联。提交记录一旦被审查委员会批准将被纳入LncR2metasta。

LncR2metasta将成为研究人员了解lncRNA在癌症转移中功能的一个有利平台。与现有数据库中粗略的lncRNA-转移关联相比,LncR2metasta为特定lncRNA在各种CME中的作用提供了多种实验证据。

LncR2metasta访问地址:http://lncR2metasta.wchoda.com

参考文献

Shihua Zhang, Xiaolong He, Rui Zhang, Wensheng Deng, LncR2metasta: a manually curated database for experimentally supported lncRNAs during various cancer metastatic events, Briefings in Bioinformatics, Volume 22, Issue 3, May 2021, bbaa178, https://doi.org/10.1093/bib/bbaa178

图片来源于LncR2metasta和参考文献,如有侵权请联系删除。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2021-11-04,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 国家基因库大数据平台 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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