发表论文，如何在CNGBdb存储代谢数据？ | CNGBdb-Question Time

Dr.羊 | 代谢组学与癌症研究

代谢组学在研究中的最佳应用是与其他组学方法和假设驱动的研究相结合，以发现癌细胞的功能和诊断相关改变。

👉 CA：代谢组学在癌症研究和临床肿瘤学中的新应用

#如何在CNGBdb存储代谢数据？#

CNGBdb已被多个权威收录平台收录，获国际主流出版机构/期刊、重大国际合作项目的认可：已通过FAIRsharing认证，被国际科研数据仓储目录re3data收录，被业界公认的权威开放存取知识库目录OpenDOAR收录；被国际著名出版商Elsevier收录为指定归档库；获得Wiley、Oxford、Cell Press、Hindawi出版集团、Cambridge、ACS出版社和Science 、PLOS、PeerJ系列期刊认可，符合SAGE期刊投稿需求；被全球性项目——地球生物基因组计划（Earth BioGenome Project，EBP）指定为数据存储库。此外，递交到CNGBdb的数据统一进行DOI（数字对象标识符）标识，促进共享和利用。截至2022年3月‍，已支持论文发表399篇，发表期刊202种，包括The Lancet、Science、Cell等。‍

国家基因库序列归档系统（CNSA）负责CNGBdb的“存”功能。其致力于多组学数据（基因组、转录组、变异、序列、代谢组、单细胞和空间转录组等）的存储、管理和共享，促进组学数据的再利用。

代谢数据递交操作手册

（2022年2月版）

在递交代谢数据前，需先递交研究相关的项目、样本信息。

01

创建项目

在提交入口页点击“项目”进入提交流程，并在线填写的“项目”基本信息和详细信息。当信息通过校验后，系统会自动分配项目编号（CNPXXXXXXX）。

特别提示

在创建项目过程中，请注意选择您的项目管理方式，关系到您论文的顺利发表。

> 动植物等不涉及人类遗传资源的数据，请尽量选择公开的数据管理方式，公开时间可设置为文章投稿前，以便您的数据能够被期刊的编辑访问，为降低拒稿可能，建议您将数据公开。若是您计划文章接收后再公开数据，请您提前向CNSA邮箱（datasubs@cngb.org）申请数据的reviewlink，并将reviewlink发送给期刊，以便期刊编辑查看您在CNSA递交的数据信息。请注意，reviewlink信息不包含数据文件，编辑无法查看到您项目数据文件。

> 人相关的数据，在未获得科技部人类遗传资源开放共享备案申请前提下，请您选择受控的管理方式，信息公开时间尽量设置为文章投稿前，以便编辑能够访问到您的项目信息。请注意，受控的管理方式，编辑或是用户访问不到您的数据文件，若需下载和使用数据文件，需获得您的审核同意。若是您计划文章接收后再公开受控项目的信息，请您提前向CNSA邮箱（datasubs@cngb.org）申请数据的reviewlink，并将reviewlink发送给期刊，以便期刊编辑查看您在CNSA递交的项目信息。

02

创建样本

在提交入口页点击“样本”进入提交流程，并在线填写“样本”基本信息和详细信息。当信息通过校验后，系统会自动分配样本编号（CNSXXXXXXX）。

特别提示

请根据您实际的样本情况，选择合适的样本类型，下载对应的样本模板，填写后上传。为确保您样本的准确性和唯一性，具有相同样本属性的样本会被系统判定为同一样本，请注意填写您的样本属性信息。

03

代谢数据递交

在提交入口页点击“代谢”进入提交流程。

1) 先根据数据文件格式要求和数据上传方式上传数据文件，文件上传方式包含FTP上传和集群上传。

特别提示

数据上传后，系统会对上传的数据文件进行MD5值校验，通过检查文件的MD5值与您在模板中填写的MD5值的一致性，若是MD5值一致，校验通过。

# 文件MD5值计算的方法：

> Linux 系统：通过执行下面命令获得文件的MD5值

$ md5sum file1 file2 9F6E6800CFAE7749EB6C486619254B9C file1 B636E0063E29709B6082F324C76D0911 file2

> Mac OS X系统：通过执行下面命令获得文件的MD5值

$ MD5 file1 file2 9F6E6800CFAE7749EB6C486619254B9C file1 B636E0063E29709B6082F324C76D0911 file2

> Windows系统：

step1：按计算机键盘上的【win】+【r】键来打开运行命令行窗口，然后，在弹出的运行窗口中输入“cmd”。

step2：点击“确定”，进入cmd命令行界面。使用如下命令做计算MD5值：

CertUtil -hashfile 路径\文件名 MD5

示例如下：

2) 代谢元数据包括描述信息和试验信息：描述信息必须提交，描述信息上传之后才能增加试验。前一个试验上传之后才能增加新的试验。请先下载描述信息模板，填写后上传。

选择不同的技术和实验类型，选择试验的模板，下载，填写后上传。

04

个人中心查看递交结果

元数据校验通过后，系统将对数据文件进行MD5值校验。当数据文件的状态为“校验完成”时，请点击“提交”，系统会自动分配代谢编号（METMXXXXXXX），并在10秒后跳转到“我的提交-代谢”，可在此页面“元数据状态”列查看代谢数据编号并下载元数据文件。

如果您的数据已提交至CNGBdb-CNSA，请在文章中引用CNGBdb编号，引用方式参考如下：

英文：The data that support the findings of this study have been deposited into CNGB Sequence Archive (CNSA) [1] of China National GeneBank DataBase (CNGBdb) [2] with accession number CNPXXXXXXX. 中文：该研究的相关结果数据已收录在国家基因库生命大数据平台（CNGBdb）[2] 的国家基因库序列归档系统（CNSA）[1]，项目编号：CNPXXXXXXX。

参考文献

[1] Guo XQ, Chen FZ, Gao F, et al. CNSA: a data repository for archiving omics data. Database (Oxford). 2020;2020:baaa055. doi:10.1093/database/baaa055. Endnote

[2] Chen FZ, You LJ, Yang F, et al. CNGBdb: China National GeneBank DataBase. Hereditas. 2020;42(08):799-809. doi:10.16288/j.yczz.20-080.

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本期供稿：CNGBdb陈凤珍

Dr.羊&听课君图片原创：CNGBdb 魏晓锋

编辑：尐尐呅