我被跨系统的换行符折磨疯了~~~

不同的操作系统使用的换行符不同，如 Windows 使用的换行符是\r\n (回车+换行), Unix/Linux使用的换行符是\n (换行)，Mac 使用的换行符是\r (回车)。

这么使用是有其历史渊源的，来源于打字机时代：

电传打字机每秒钟可以打10个字符。但是它有一个问题，就是打完一行换行的时候要用掉0.2秒，正好可以打两个字符。 如果在这0.2秒里面，又有新的字符传过来，那么这个字符将会丢失。 于是科学家想了个办法解决这个问题，就是在每行后面加两个表示结束的字符，回车和换行： 回车，符号 \r；是告诉打字机把打印头定位在左边界； 换行，符号 \n；是告诉打字机把纸张向下方移动一行； https://blog.csdn.net/lijing742180/article/details/85018164

电脑发明后，这一习惯就沿用了下来。但为了节省存储的空间，Unix 和 Mac 做了修改。

• 在Unix/Linux系统中，行尾只使用换行符 \n，系统会自动加上\r实现 回车+换行 的操作；
• 在 Mac 系统中，行尾只使用回车符 \r，系统会自动加上 \n实现 回车+换行 的操作；

这对我们通常也没什么影响，键盘上的Enter键自己会处理这个事情。

但如果我们跨系统传输和使用文件时，问题就出来了。

Winddows 的程序传到 Linux不能运行

比如下面这个脚本metaphlan_to_stamp.pl，可能在 windows 下做了修改，保存时自动加了\r，而\r在 Unlix/Linux 上显示为^M，运行时弹出如下错误提示：

metaphlan_to_stamp.pl: /usr/bin/perl^M 解释器错误：没有那个文件和目录

找不到名字为perl^M的解释器，实际应该是用perl做解释器，因为这个是perl脚本。其它语言脚本也会有类似问题，如bash^M, python^M等。

怎么修改呢? 找到这个程序，把\r去掉即可。用下面的命令。

sed -i 's/\r//' metaphlan_to_stamp.pl

或

# 这是看到什么替换什么
# 但需要注意^M 不是^加 M，而是一个字符
# ^M的输入方式是 先按快捷键ctrl+v，再按快捷键ctrl+m，稍微麻烦一些
sed -i 's/^M//' metaphlan_to_stamp.pl

有时不如果知道程序在什么地方，可以用which返回脚本的路径，直接替换

sed -i 's/\r//' `which metaphlan_to_stamp.pl`

Winddows 的数据传到 Linux不能匹配

我们在做数据提取时，尤其是用awk时，也会遇到这样诡异的问题，代码没问题，测试数据也没问题，换上真实数据就是匹配不出来。

这时别着急，用cat -A filename查看下文件里面有没有特殊字符。也许是因为文件夸了系统捣的鬼。

像下面这个数据最后一列切出来的字符是Cancer^M而不是Cancer；如果用Cancer做key去匹配信息，是匹配不到的。

SampleID^IGroup^M$
C1^ICancer^M$
C2^ICancer^M$

Linux 的数据传到 Windows 打开不换行

Linux 生成的文件，传到 windows，如果用记事本打开，会出现都在一行的情况。尽量不要用记事本，装一个文本查看器，UltraEdit、Notepad 之类的。