不同的操作系统使用的换行符不同,如 Windows 使用的换行符是\r\n
(回车+换行), Unix/Linux使用的换行符是\n
(换行),Mac 使用的换行符是\r
(回车)。
这么使用是有其历史渊源的,来源于打字机时代:
电传打字机每秒钟可以打10个字符。但是它有一个问题,就是打完一行换行的时候要用掉0.2秒,正好可以打两个字符。 如果在这0.2秒里面,又有新的字符传过来,那么这个字符将会丢失。 于是科学家想了个办法解决这个问题,就是在每行后面加两个表示结束的字符,回车和换行: 回车,符号
\r
;是告诉打字机把打印头定位在左边界; 换行,符号\n
;是告诉打字机把纸张向下方移动一行; https://blog.csdn.net/lijing742180/article/details/85018164
电脑发明后,这一习惯就沿用了下来。但为了节省存储的空间,Unix 和 Mac 做了修改。
\n
,系统会自动加上\r
实现 回车+换行
的操作;\r
,系统会自动加上 \n
实现 回车+换行
的操作;这对我们通常也没什么影响,键盘上的Enter键自己会处理这个事情。
但如果我们跨系统传输和使用文件时,问题就出来了。
比如下面这个脚本metaphlan_to_stamp.pl
,可能在 windows 下做了修改,保存时自动加了\r
,而\r
在 Unlix/Linux 上显示为^M
,运行时弹出如下错误提示:
metaphlan_to_stamp.pl: /usr/bin/perl^M 解释器错误:没有那个文件和目录
找不到名字为perl^M
的解释器,实际应该是用perl
做解释器,因为这个是perl
脚本。其它语言脚本也会有类似问题,如bash^M
, python^M
等。
怎么修改呢? 找到这个程序,把\r
去掉即可。用下面的命令。
sed -i 's/\r//' metaphlan_to_stamp.pl
或
# 这是看到什么替换什么
# 但需要注意^M 不是^加 M,而是一个字符
# ^M的输入方式是 先按快捷键ctrl+v,再按快捷键ctrl+m,稍微麻烦一些
sed -i 's/^M//' metaphlan_to_stamp.pl
有时不如果知道程序在什么地方,可以用which
返回脚本的路径,直接替换
sed -i 's/\r//' `which metaphlan_to_stamp.pl`
我们在做数据提取时,尤其是用awk
时,也会遇到这样诡异的问题,代码没问题,测试数据也没问题,换上真实数据就是匹配不出来。
这时别着急,用cat -A filename
查看下文件里面有没有特殊字符。也许是因为文件夸了系统捣的鬼。
像下面这个数据最后一列切出来的字符是Cancer^M
而不是Cancer
;如果用Cancer
做key
去匹配信息,是匹配不到的。
SampleID^IGroup^M$
C1^ICancer^M$
C2^ICancer^M$
Linux 生成的文件,传到 windows,如果用记事本打开,会出现都在一行的情况。尽量不要用记事本,装一个文本查看器,UltraEdit、Notepad 之类的。