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整理NAD+代谢相关基因

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生信修炼手册
发布2022-04-20 08:22:28
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发布2022-04-20 08:22:28
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文章被收录于专栏:生信修炼手册生信修炼手册

在ALS患者NAD+基因预后模型的文献中,提供了NAD+代谢相关基因的集合

来自KEGG和Reactome两个数据库,本文主要介绍下从这两个数据库获取基因列表的方法

1. KEGG

在该数据库中,代谢通路hsa00760表示烟酸和烟酰胺代谢通路,链接如下

https://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?pathway+hsa00760

从该链接可以看到,通路下包含了许多个基因

通过KEGG API, 可以一次性获取该通路的所有基因列表

http://rest.kegg.jp/get/hsa00760

2. reactome

在该数据库中,R-HSA-196807表示烟酸代谢通路,链接如下

https://reactome.org/content/detail/R-HSA-196807

通过该数据库的PathwayBrowser浏览器可以查看该通路下的所有基因,链接如下

https://reactome.org/PathwayBrowser/#/R-HSA-196807&DTAB=MT

选择Mulecules,可以下载该通路下的所有蛋白,化学小分子和药物信息,示意如下

将这两个数据库的基因列表合并,去重之后就得到了完整了NAD+代谢相关基因的集合。

·end·

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