可视化基因组结构重排的工具~plotsr

用户7010445

发布于 2022-05-23 15:48:40

8340

发布于 2022-05-23 15:48:40

文章被收录于专栏：小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本

论文

https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btac196/6569079?login=false

plotsr: visualizing structural similarities and rearrangements between multiple genomes

github主页

https://github.com/schneebergerlab/plotsr

安装

可以直接使用conda安装

conda install -c bioconda plotsr

用自己的数据试试

首先是做基因组比对

seqkit faidx tunisia_genomic.fna NC_045127.1 > tunisiaChr01.fa
seqkit faidx ../contig2scaffold/ragtag_output/ragtag.scaffold.fasta NC_045127.1_RagTag > ysChr01.fa

minimap2 -ax asm5 -t 8 --eqx tunisiaChr01.fa ysChr01.fa | samtools sort -O BAM - > A_B.bam

结构变异鉴定

syri -c A_B.bam -r tunisiaChr01.fa -q ysChr01.fa -F B --prefix A_B

画图

plotsr --sr A_Bsyri.out --genomes genome.txt -o output_plot.png

这里我的genome.txt文件如下

image.png

这里会报错

image.png

暂时搞不懂是什么原因

运行下github上example里的数据试试

plotsr --sr col_lersyri.filtered.out --sr ler_cvisyri.filtered.out --sr cvi_erisyri.filtered.out --genomes genomes.txt -o output_plot.pdf

运行这个命令能够得到结果

image.png

他的genomes.txt文件是

image.png

我把两个不同物种的染色体的名字改成一样的再试试

minimap2 -ax asm5 -t 8 --eqx tunisiaChr01.fa ysChr01.fa | samtools sort -O BAM - > A_B.bam

samtools index A_B.bam
syri -c A_B.bam -r tunisiaChr01.fa -q ysChr01.fa -F B
plotsr --sr syri.out --genomes genome.txt -o output_plot.pdf

还是没有搞定，有时间再来看看吧

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原始发表：2022-04-27，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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