https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btac196/6569079?login=false
plotsr: visualizing structural similarities and rearrangements between multiple genomes
https://github.com/schneebergerlab/plotsr
可以直接使用conda安装
conda install -c bioconda plotsr
seqkit faidx tunisia_genomic.fna NC_045127.1 > tunisiaChr01.fa
seqkit faidx ../contig2scaffold/ragtag_output/ragtag.scaffold.fasta NC_045127.1_RagTag > ysChr01.fa
minimap2 -ax asm5 -t 8 --eqx tunisiaChr01.fa ysChr01.fa | samtools sort -O BAM - > A_B.bam
syri -c A_B.bam -r tunisiaChr01.fa -q ysChr01.fa -F B --prefix A_B
plotsr --sr A_Bsyri.out --genomes genome.txt -o output_plot.png
这里我的genome.txt文件如下
image.png
这里会报错
image.png
暂时搞不懂是什么原因
plotsr --sr col_lersyri.filtered.out --sr ler_cvisyri.filtered.out --sr cvi_erisyri.filtered.out --genomes genomes.txt -o output_plot.pdf
运行这个命令能够得到结果
image.png
他的genomes.txt文件是
image.png
minimap2 -ax asm5 -t 8 --eqx tunisiaChr01.fa ysChr01.fa | samtools sort -O BAM - > A_B.bam
samtools index A_B.bam
syri -c A_B.bam -r tunisiaChr01.fa -q ysChr01.fa -F B
plotsr --sr syri.out --genomes genome.txt -o output_plot.pdf
还是没有搞定,有时间再来看看吧