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软件安装-jcvi共线性软件安装

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小胡子刺猬的生信学习123
发布2022-07-23 22:19:39
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发布2022-07-23 22:19:39
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基本上只要做生信分析的人都要做一点的共线性分析,因此大部分都会接触mega、blast或者jcvi等软件。

软件的github来源:https://github.com/tanghaibao/jcvi

图片.png
图片.png

install

可以选用官网上的几个方式进行安装。

##1
pip install jcvi
##2
pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git
##3.手动安装
cd ~/code  # or any directory of your choice
git clone git://github.com/tanghaibao/jcvi.git
pip install -e .

我选用的是第三种的手动安装的方式,先将软件的安装包进行下载。但是在pip install -e.的时候出现了报错。

主要是因为在进行安装的时候建议的是在python2的环境下,因此我尝试调整了服务器python的环境。

但是当时还是很很多其他的报错,因此我尝试选用conda进行安装,但是由于conda'与我的服务器的环境不匹配,因此又重新对conda进行安装。因此建议选用conda进行安装。

conda install -c bioconda jcvi

命令行测试

python -m jcvi.formats.fasta ACTION

为了查看软件是否安装成功,首先进行了命令行尝试。发现可以运行成功。

因此选用了自己想要做共线性的物种进行了bed文件及cds文件的构建。

共线性分析

##提取bed文件
python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=ID v4.gff3  > V4.bed
python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=ID sorted.gff > sorted.bed
##cds文件
gffread v4.gff3 -g abc.fasta -w V4.cds
gffread sorted.gff -g sorted.fa -w sorted.cds
###CDS的同线性
python -m jcvi.compara.catalog ortholog --no_strip_names --cpu=1 sorted V4
##同时还可以进行蛋白的序列的比对 -- dbtype prot,先是对蛋白的序列进行提取

python命令运行后,会发现有部分的报错。

主要是说的缺少一部分的软件,我们都选用conda进行安装。

conda install -c bioconda last
sudo yum install -y  texlive texlive-latex texlive-xetex texlive-collection-latexrecommended
sudo yum install dvipng

这时再去运行,基本时没有报错的。同时我在运行的时候,没有加入 --cpu=1,报错的文件一直说是我的线程数不对,然后去了唐老师的github上写的是建议安装最新的last软件,但是我的网问题,一直没有办法下载本地的zip的文件,但是我前面也选用conda进行了安装,因此进行网页的查阅,发现是由于conda下载的只能单线程运行,因此博主建议加入 --cpu=1这个参数,后续可以保证基本没有报错。

也输出了以下的一些文件:

图片.png
图片.png

基本上大致可以每个文件翻阅一下,具体的内容,都对两个基因组进行了比较详细的比对内容。

总结

主要的问题是在前面软件的安装时出现了很多的报错,因为时依托于python2的环境的,因此大部分的服务器都会python3的环境多一些,因此在做环境变化的时候出现了大量的报错,因此比较建议在conda的环境下进行安装,后续的维护也相对简单一些。

比较建议清晰的阅读唐老师的github上面的内容,对相关的一些东西有一个大致的了解。因为我的主要目的时比较两个基因组的共线性做相关的对应关系,因此,我没有选择画图。后续如果需要画图的花,可以阅读软件的参数,来进行参数的更改。

这个软件可以主要的学习一下,因为大部分的分析都是跟同源比对有关的,所以后面也是需要用很多的。

原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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