【R语言】Biostrings序列处理函数
【R语言】Biostrings序列处理函数
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发布于 2022-09-21 18:38:15
发布于 2022-09-21 18:38:15
做生物信息学分析，免不了要跟DNA，RNA，蛋白序列打交道。前面给大家介绍过几种获取DNA反向互补序列的方法。
最近小编又get了一个新的R包Biostrings，能轻松的实现序列反转，互补，反向互补配对等操作，今天就迫不及待的来跟大家分享一下。
#我们的DNA序列
DNA_seq="AGCTTATCGATCGATCGTAGCTACGTAGCTACGTAC"
#首先需要安装Biostrings这个包
BiocManager::install("Biostrings")
#加载Biostrings这个包
library(Biostrings)
#构建DNAstring对象
DNA.str <- DNAString(DNA_seq)
DNA.str
接下来我们来看看这个包都能做什么事情
#查看序列长度
length(DNA.str)
#获取反向序列
rev_seq=reverse(DNA.str)
#转换成字符串
toString(rev_seq)
#获取互补序列
complement(DNA.str)
#获取反向互补序列，一个函数就搞定了
reverseComplement(DNA.str)
#转换成RNA序列
RNAString(DNA.str)
#翻译成氨基酸序列
translate(DNA.str)
#统计每个碱基出现的次数
letterFrequency(DNA.str, DNA_BASES)
#统计每个碱基出现的频率
letterFrequency(DNA.str, DNA_BASES, as.prob = TRUE)
#统计序列的GC含量
letterFrequency(DNA.str, "GC", as.prob = TRUE)
果然还是要站在前人的肩膀上，才能看的更远。
本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。
原始发表：2021-12-01，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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