关键时刻还得看咱生信工程师

最近在线绘图网站有点火，连续有文章发表出来，有人高呼，生信工程师要失业了，这种想法好傻好天真。

这不，问题来了。

正好借此解决问题的机会，科普一下为何不能过度依赖网站，而是应该把基础打好，特别是从业人员。

问题是这样的，有朋友在某网站画一个雷达图，她的数据是：

kable(tb)

结果出错了，报错信息如下：

Error: 'plot.data' contains value(s) > grid.max

凭经验，网站后台画图调用的是ggradar这个包，错误信息的意思是：

用于画图的数据表包含大于 grid.max 这个参数的值。

我们查看一下ggradar包的帮助：

ggradar(
  plot.data,
  base.size = 15,
  font.radar = "sans",
  values.radar = c("0%", "50%", "100%"),
  axis.labels = colnames(plot.data)[-1],
  grid.min = 0,
  grid.mid = 0.5,
  grid.max = 1,
  ...

可以看到，grid.max 的默认值是 1，如果用于画图的数据表中有值大于 1，自然就会出错。

雷达图类似于一个蜘蛛网，由各种圆圈以及连线组成，下列 3 个参数用来设置圆圈：

• grid.min，最小值，即最小的圆圈代表的值
• gird.mid，中间值，即中间圆圈代表的值
• grid.max，最大值，即最外层圆圈代表的值

这 3 个值定义好之后，数据表中的值就可以在雷达图上找到自己的位置了。

默认情况下：

• grid.min = 0
• grid.mid = 0.5
• gird.max = 1

这表示ggradar默认是为归一化数据作图的，而输入数据没有归一化，所以报错了。

找到了原因，解决方法也就有了：

1. 将数据归化，然后画图
2. 改默认参数，然后画图

我们这里通过改默认参数来画图：

library(ggradar)

ggradar(tb, 
        grid.min = 1,
        grid.mid = 15,
        grid.max = 30, 
        values.radar = c(1,15,30)
        )

非常丝滑。

ggradar包还有非常多的参数可用于定制雷达图，比如调整各种线条的颜色以及字体大小等，可以根据需要进行修改。

在线工具有时候不靠谱，关键时刻还是需要线下工具（人）。

我最后把在 Rstudio 里面用 ggradar 画图的代码给朋友看，她惊呼：天哪，就这么简单吗，难道我真要学 R ？