简说基因

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发表了文章 11小时前2025-01-16 21:48:48

Ivar：多维度功能助力测序数据变异分析流程优化

在生物信息学研究中，变异检测是一个非常重要的环节。为了帮助研究人员高效地筛选和分析变异数据，Ivar工具应运而生。Ivar是一款专门用于分析基因组变异的工具，尤...

简说基因 11小时前2025-01-16 21:48:48

优化、云平台、数据分析、工具、数据

发表了文章 11小时前2025-01-16 21:48:31

科研打工人必知：曾让微生物基因注释超轻松的 Prokka

这就是微生物基因组一站式注释工具、打工人的摸鱼神器：Prokka。当年有了它，微生物基因注释工作就成了很喜欢干的活，因为一条命令就完成了。极少出错，极少返工，非...

简说基因 11小时前2025-01-16 21:48:32

工具、软件、数据、云平台、生物基因

发表了文章 1天前2025-01-15 21:38:43

想提升测序数据准确性？UMI-tools 是如何做到的？

UMI-tools是一个专门为处理UMI设计的软件包。它提供了一系列功能强大的工具，帮助我们识别和去除PCR扩增过程中产生的重复序列，从而提高数据分析的准确性和...

简说基因 1天前2025-01-15 21:38:43

tools、umi、设计、数据、网络

发表了文章 2天前2025-01-14 12:14:09

快速创建和评估核心基因组及全基因组多位点序列分型（cg/wgMLST）

在微生物学和基因组学领域，准确地识别和分类细菌菌株是研究的重要部分。ChewBBACA是一个用于创建和评估核心基因组和全基因组多位点序列分型（cg/wgMLST...

简说基因 2天前2025-01-14 12:14:09

数据、云平台、工具、兼容性、软件

发表了文章 3天前2025-01-13 12:21:16

IsoformSwitchAnalyzer：可变剪切与异构体开关分析

可变剪切（Alternative Splicing）是指在真核生物基因转录后加工过程中，从一个mRNA前体中通过不同的剪接方式产生多种成熟mRNA异构体的现象。...

简说基因 3天前2025-01-13 12:21:16

数据、服务、工具、可视化、软件

发表了文章 3天前2025-01-13 12:21:06

R语言怎么计算两个比值的 p 值？

直观上判断，药物 1 的疗效要好（20:10 vs 10:20），但与药物 2 的疗效相比，是否达到了显著性的差异了呢？

简说基因 3天前2025-01-13 12:21:07

count、data、matrix、数据

发表了文章 4天前2025-01-12 14:06:18

PolyPhen-2软件预测基因突变是否有害

PolyPhen-2（Polymorphism Phenotyping v2）是一款预测基因突变是否有害的软件，其命名也体现了基因多态性对表型的影响。

简说基因 4天前2025-01-12 14:06:18

软件、数据库、http、polymorphism

发表了文章 4天前2025-01-12 14:05:43

细菌血清分型——sistr和Seqsero2预测

沙门氏菌是常见食源性病原体，多存在于动物肠道，可经污染食物或水致人胃肠炎、伤寒、败血症等疾病，其抗原结构复杂，已知血清型超2600种，部分可致人类疾病。沙门氏菌...

简说基因 4天前2025-01-12 14:05:43

软件、数据类型、cmd、工具、工作流

发表了文章 5天前2025-01-11 19:27:29

如何快速高效进行微生物组多变量关联分析

MaAsLin 2是一款多变量分析工具，主要用于微生物群落与表型、环境或其他元数据之间的关联分析。它能有效地识别微生物特征与表型、环境、暴露、协变量之间的关系。...

简说基因 5天前2025-01-11 19:27:30

变量、工具、模型、数据、统计

发表了文章 6天前2025-01-10 10:35:33

生信零基础也能做转录组差异表达分析

DESeq2是一款基于R语言的差异表达分析软件包，它专门用于分析RNA-seq数据中的差异表达基因。DESeq2是Bioconductor项目的一部分，提供了强...

简说基因 6天前2025-01-10 10:35:33

工具、基础、可视化、模型、数据

发表了文章 7天前2025-01-09 20:29:19

Minia：一个轻量级基因组草图组装工具

基因组组装一般分为三个水平：contig、scatfold和chromosomes。目前二代测序组装基因组的工具的核心基础，是基于De Brujn graphs...

简说基因 7天前2025-01-09 20:29:20

命令行、内存、数据、工具、教程

发表了文章 8天前2025-01-08 11:25:18

一文详解细菌耐药性生信分析:从下机数据到耐药基因鉴定

细菌耐药性是指细菌对抗生素或其他抗菌药物的抵抗能力。这种现象在全球范围内对公共卫生构成了巨大威胁。随着抗生素的广泛使用，细菌逐渐发展出多种耐药机制，如基因突变、...

简说基因 8天前2025-01-08 11:25:18

开发、可视化、数据、数据库、工具

发表了文章 8天前2025-01-08 11:23:59

非生信专业人员单细胞转录组测序分析指南

生信分析对于非专业人士来说比较困难，而单细胞数据分析通常更为复杂。如何降低数据分析的门槛？正好看到一篇文章介绍了这一主题。

简说基因 8天前2025-01-08 11:23:59

数据分析、工具、函数、数据、云平台

发表了文章 8天前2025-01-08 11:23:22

一键分析10X单细胞数据

流程地址：https://usegalaxy.cn > 流程 > scRNA-seq_preprocessing_10X_v3_Bundle (release ...

简说基因 8天前2025-01-08 11:23:23

日志、数据、数据处理、服务器、工具

发表了文章 9天前2025-01-07 14:02:48

如何简单快捷进行SNP分析与可视化

细菌流行病学研究中，SNP数量差异常表征克隆传播，不同细菌对SNP差异的阈值不同，这需要大数据分析来确定。今天给大家介绍的Snipit，是一款专注于微生物基因...

简说基因 9天前2025-01-07 14:02:49

编码、工具、可视化、数据、命令行工具

发表了文章 14天前2025-01-02 18:15:27

OrthoFinder：生物信息学中的直系同源基因分析

同源基因是来自共同祖先、在不同物种中遗传的基因，序列相似且功能相关。主要分为三类：直系同源基因、旁系同源基因和异源同源基因。直系同源基因来自不同物种，通过物种形...

简说基因 14天前2025-01-02 18:15:27

工具、工作流、软件、事件、算法

发表了文章 15天前2025-01-01 12:44:00

构建系统进化树到底选哪个工具？

系统发育树（Phylogenetic Tree）是用来表示物种之间亲缘关系的树状图。它基于物种的遗传信息，通过比较不同物种的DNA或蛋白质序列，推断出它们之间的...

简说基因 15天前2025-01-01 12:44:01

工具、构建工具、模型、数据、系统

发表了文章 16天前2024-12-31 16:01:35

Roary：高效解析原核生物泛基因组

Roary是一个专注于大规模原核生物泛基因组分析的开源工具，其核心功能是利用由Prokka（参考文章：昨日重现：一个软件，让我想起了生物信息学的黄金时代）生成的...

简说基因 16天前2024-12-31 16:01:35

软件、数据、系统、开源、工具

发表了文章 17天前2024-12-30 18:20:04

Glimmer：经典原核生物基因预测软件

Glimmer是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）开发的经典原核生物基因预测软件，它的预测结果广受信赖。它通过内插马尔科夫模型（interpolated...

简说基因 17天前2024-12-30 18:20:04

生物基因、编码、工具、模型、软件

发表了文章 18天前2024-12-29 13:30:12

多位点序列分型（MLST）：细菌分类的“DNA指纹”

MLST分型，简单来说，就是通过测定细菌基因组中多个管家基因（如aroA、cobQ等）的核苷酸序列，来进行细菌的分类和鉴定,从而了解它们的遗传背景和进化关系。这...

简说基因 18天前2024-12-29 13:30:12

数据、工具、命令行、设计、事件

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