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生物信息学中保存键值对的最佳实践

键值对是常见的一种数据结构:Python 中的字典,Perl 中是 Hash 等。如何将键值对保存到文件中,除了序列化方法,如 Python 的 pickle ...

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JSONPythonWindows数据结构
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关键时刻还得看咱生信工程师

正好借此解决问题的机会,科普一下为何不能过度依赖网站,而是应该把基础打好,特别是从业人员。

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R语言作图好看的秘籍:RColorBrewer调色板详解

数据框brewer.pal.info记录了 RColorBrewer 包中所有调色板的信息,先查看一下:

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如何利用clusterProfiler进行基因集的KEGG富集分析?

NGS 测序项目,不管是基因组测序,还是转录组测序,通常会得到一个基因列表,记录了基因突变,或者高/低表达量。

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R语言怎么批量进行fisher检验?

接上文,朋友告诉我,并不是只求一个 p 值,而是要计算许多 p 值,即批量进行 fisher 检验。

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R语言怎么计算两个比值的 p 值?

直观上判断,药物 1 的疗效要好(20:10 vs 10:20),但与药物 2 的疗效相比,是否达到了显著性的差异了呢?

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R数据科学整洁之道:使用dtplyr处理大文件

有群友问如果文件比较大,读入 R 比较慢怎么办?我告诉他用 data.table 包的 fread 读取。

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R数据科学整洁之道:使用tidyr进行长宽数据转换

数据这样组织有两个明显的好处:既方便以向量的形式访问每一个变量,也方便变量之间进行向量化运算。

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编程算法
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R语言怎么获取内置数据集

许多 R 包中含有数据集,可以通过data函数查看或加载这些数据集,通过?获得数据集的帮助文档。

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R数据科学整洁之道:使用 dplyr 处理关系数据

有人喜欢用 Excel 的 vlookup 函数来处理。但对于生信人来说,这显然不够优雅,因为我们有更好的办法。

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怎么在R语言中模拟出特定分布的数据

其实,我们还可以在 R 里直接模拟出符合特定分布的数据,R 提取了一些以“r”开头的函数来实现,常见的有下面这 4 个:

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R数据科学整洁之道:使用 tibble 实现简单数据框

tibble 是一种简单数据框,它对传统数据框的功能进行了一些修改,其所提供的简单数据框更易于在 tidyverse 中使用。

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编程算法
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项目实战代码:TCGA 20 条肿瘤信号通路整理

本文以分享代码为主,不过多涉及背景方面的知识,不太清楚的朋友可以自行查阅相关资料了解。这里只简单说下,TCGA 的 20 条肿瘤信号通路,分为两类:

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JSONPython
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R数据科学整洁之道:使用 readr 进行数据导入

有同学问要怎么把自己的数据读入 R,由于 tidyverse 工具套件的简单高效,是我们数据处理的优先选择。因此这里介绍tidyverse里的两个包:readr...

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生物信息工程师的核心能力是什么?

最近两年经济形势严峻,生物医学行业,国内外都面临资本寒冬,上市公司股价跌跌不休,许多公司选择裁员,收缩业务,断臂求生。一些公司的生信岗员工,在一次次要裁员的“狼...

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R数据科学整洁之道:使用dplyr操作数据表

dplyr 是 tidyverse 包的一部分,提供了许多操作数据框的工具,常用的有:

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Annovar软件注释肿瘤基因突变(一):COSMIC数据库最新版下载与使用

COSMIC,即:Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer。官网:

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数据库SQL数据结构对象存储https
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Docker 手册(三):Dockerfile 最佳实践

.dockerignore类似于git的.gitignore文件,在其中指定构建镜像时需要忽略的文件或目录。

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Dockerapt-getHTTP命令行工具
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Docker 手册(二):Dockerfile

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命令行工具Docker容器PHP
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Docker 手册(一):docker 命令

先用 docker ps -l命令安装完新程序后容器的id,然后保存修改后的容器:

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容器https网络安全Docker

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