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科普任重而道远:生物信息为什么要学 Linux?

生物信息学是真正的大数据专业,对计算资源要求较大,很多时候需要在服务器上分析数据,而 Linux 是最常用的服务器操作系统。

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病原微生物高通量测序:第三节 检测原理

临床微生物高通量检测,应用场景不同,各种测序技术令人眼花缭乱,但我们可以做如下总结。

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Pyfastx:一个快速随机读取基因组数据的Python模块

今天介绍一个同门师兄开发的 Python 模块:pyfastx,用于快速随机访问基因组序列文件。作品发表在生信顶刊上,必须强行安利一波。

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生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记:012 排列组合

点突变只能使同一个物种内的个体得到变异,而要产生新物种,则需要更大规模的改变,这就是基因组重排。如果我们比较相邻物种的基因组,会发现它们的染色体之间存在许多共线...

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生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记:013 随机DNA序列

众所周知,基因组的核酸链不可能是随机形成的。有时候许多物种基因组之间,存在一些保守序列(motif),这意味着它们可能具有重要功能。但是,我们如何确定这些序列不...

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病原微生物高通量测序:第二节 应用场景

临床微生物高通量测序,主要有 4 个应用场景:感染病原识别、微生物组分析、人宿主免疫应答分析和肿瘤学分析。目的不同,采用的测序策略也不一样。

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生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记:010 DNA一致性序列计算

经常碰到需要计算一组 DNA 序列的一致性序列,比如去除测序数据中的 PCR 错误,最简单的方法就是通过计算它们之间的一致性序列。

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生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记:011 DNA六框翻译

开放阅读框(Open Reading Frame, ORF)是由起始密码子开始,直到终止密码子结束,中间不含有其他终止密码子的核酸序列。由于 DNA 是双链结构...

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生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记:009 查找DNA中的motif

在字符串中查找子串是一个常见问题。子串在字符串中可能是唯一的,比如特定的基因序列;也有可能有多个拷贝,比如基因组中的重复序列。这些重复序列可能相同,可能有微小区...

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生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记:008 孟德尔第一定律

遗传学三大定律是:基因的分离定律、基因的自由组合定律、基因的连锁与交换定律。本题主要考查孟德尔第一定律及概率论基础知识。

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生物信息学算法之 Python 实现|Rosalind 刷题笔记:007 兔子问题和递推

递推关系是一种用来定义序列的方法,可以通过前面的项,推导出后面的项。如斐波那契兔子问题,某月的兔子数,等于上一个月的兔子数,加上新生的兔子数;一个关键的现象是,...

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生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记:006 计算点突变数

汉明距离的定义:对于两条长度相等的字符串来说,汉明距离指的是它们之间不相同的字符数。对于两条 DNA,则是它们之间的点突变数目。

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生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记:005 GC含量计算

一条 DNA 序列很容易表示,但是如果有多条 DNA 序列放在一起,则每条序列必须被标记,通常的做法是保存为 FASTA 格式文件。在这种格式中,序列的名称占一...

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生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记:004 求DNA的反向互补序列

求 DNA 的反向互补序列分两步:第一是反向,第二是互补。比如序列“ATGC”,反向就是“CGTA”,再互补就是“GCAT”。

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生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记:003 中心法则:翻译

我在生物信息学:全景一文中,阐述了生物信息学的应用领域非常广泛。但是有一点是很关键的,就是细胞内的生命活动都遵从中心法则,生物信息学很多时候就是在中心法则上做文...

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生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记:002 中心法则:转录

我在生物信息学:全景一文中,阐述了生物信息学的应用领域非常广泛。但是有一点是很关键的,就是细胞内的生命活动都遵从中心法则,生物信息学很多时候就是在中心法则上做文...

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生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记:001 碱基统计

Rosalind 是一个通过解决实际生物学问题来学习生物信息和练习编程的平台,类似于 IT 行业的力扣(LeetCode)。工作学习之余,咱们也来刷一波吧。

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生信人的自我修养:Linux 命令速查手册

精心整理了生物信息学中常用的 Linux 命令,很不容易。所有命令的用法都经本人亲自测试。掌握这些命令,是每一个生信人基本的自我修养。

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从零开始学PCR技术(五):试验污染

PCR 反应最大的特点是具有较大的扩增能力和极高的灵敏度,正因为如此,极其微量的污染即可造成检测结果的假阳性。监控污染,防止污染对检测结果的影响,不仅对实验,对...

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从零开始学PCR技术(四):常见问题

PCR 反应可能存在问题,比如无扩增条带、有扩增条带但是假阳性、出现非特异性条带或者条带出现拖尾现象,这是因为 PCR 反应存在多个关键环节:1、模板核酸的制备...

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