文章Single-cell profiles reveal distinctive immune response in atopic dermatitis in contrast to psoriasis 杂志:Allergy 时间:2022年9月 样本类型: skin and pbmc 取样策略:不同条件下的皮肤样本和pbmc样本(两组皮肤病,轻型和重型分别取样)
分析策略:两组病人(PS and AD),血液样本和皮肤样本分开整合注释(所以不要一味的做整合分析)。
TCR分析策略:克隆丰度及组织部位之间的共享克隆(注意这里比较了相同细胞类型的TCR分布差异,不同病人及不同组织部位之间的差异,体现不同病人、不同组织部位之间的免疫特征)
文章A CMV-induced adaptive human Vδ1+ γδ T cell clone recognizes HLA-DR 杂志:Journal of experimental medicine 时间:2022年9月 样本类型: pbmc(individuals or HSCT patients) VDJ分析策略:VDJ单基因丰度分析(这个主要是不同条件下计算出来的VDJ差异基因)、差异VDJ丰度的组合变化
识别出丰度变化的VDJ基因的配体序列(这个需要实验验证了)
识别出VDJ的配体之后,就可以分析HLA-DR激活的VDJ序列组成
总之一句话,先分析VDJ单基因的差异,然后对V、D、J分析到的丰度变化的基因看是否是VDJ组合,通过这种组合推断上有的配体(这一步最难),进而指导临床应用。
文章Midkine expression by stem-like tumor cells drives persistence to mTOR inhibition and an immune-suppressive microenvironment,这篇文章希望大家认真读一读。 杂志:Nature Communications 时间:2022年8月 样本类型:angiomyolipoma tumor and normal VDJ分析策略:细胞亚型之间的克隆相关性及分化轨迹(主要查看肿瘤组织内的 T-cell clonal expansion)
文章scRNA-seq of gastric tumor shows complex intercellular interaction with an alternative T cell exhaustion trajectory 杂志:Nature Communications 时间:2022年8月 样本类型: gastric tumor 、临近tumor的组织,pbmc
VDJ分析策略:VDJ丰度,VDJ共享序列分析,VDJ序列与轨迹分析相结合分析变化(克隆迁移)
文章TDO2+ myofibroblasts mediate immune suppression in malignant transformation of squamous cell carcinoma 杂志:Journal of Clinical Investigation 时间:2022年7月 样本类型: 鳞状细胞癌 取样策略:
VDJ分析策略:克隆丰度的变化,尤其是在演化过程中的变化
文章Integrated transcriptome and trajectory analysis of cutaneous T-cell lymphoma identifies putative precancer populations 时间:2022年8月 杂志:Blood Advances 分析策略:
VDJ分析策略:首先丰度分析
细胞演化过程的VDJ丰度变化
文章Single‐cell transcriptomic atlas reveals distinct immunological responses between COVID‐19 vaccine and natural SARS‐CoV‐2 infection 时间:Jul 2022 杂志:Journal of Medical Virology 样本类型:pbmc(新冠) 基础分析策略 + 基础注释
VDJ分析策略:BCR和VDJ序列组合的变化
文章Single-Cell Sequencing Reveals Trajectory of Tumor-Infiltrating Lymphocyte States in Pancreatic Cancer 时间:Jul 2022 杂志:Cancer Discovery 样本类型:Pancreatic ductal adenocarcinoma(normal 和 tumor) 基础分析策略:
VDJ分析策略:轨迹分析 + VDJ丰度变化
文章Integration of tumor extrinsic and intrinsic features associates with immunotherapy response in non-small cell lung cancer 时间:Nature Communications 杂志:2022年7月 样本类型:non-small cell lung cancer VDJ分析策略:克隆类型的扩增分析
文章Single-cell immunoprofiling after immunotherapy for allergic rhinitis reveals functional suppression of pathogenic TH2 cells and clonal conversion 时间:2022年6月 杂志:Journal of Allergy and Clinical Immunology 样本类型:Allergic rhinitis VDJ分析策略:不同反应病人的VDJ主要序列的变化
同时也伴随着轨迹分析过程中克隆扩增的变化
1、取样策略:normal 和 tumor,最好也取到pbmc样本 2、分析策略1、克隆丰度的变化(这个变化包括V、D、J基因的单独变化也包括组合的变化) 3、分析策略2、分析VDJ丰度变化一般伴随着轨迹分析,研究细胞在演化过程中的VDJ的变化(特异性富集) 4、分析策略3:克隆转移,研究不同部位之间的共享克隆。 5、分析策略4、显著富集的VDJ motif的变化,对于研究疾病治疗非常有用
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