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EGFR和BRAF是临床上最重要的可操作基因,它们的突变状态已被常规用于指导临床癌症治疗。
单细胞基因包括从单细胞测序数据中得出的生殖系和推测的体细胞SNV。它从单细胞测序数据的单个bam文件开始,这些数据由scRNA-seq、snRNA-seq、利用...
HGSOC TMEs的细胞成分,并将它们与突变过程和空间背景联系起来。研究结果表明,即使是个性化的治疗方法也可能对患者体内广泛存在的异质性疾病无效,因此迫切需要...
将单细胞表型数据与空间坐标相结合,以分析非同型细胞之间直接接触的相互作用,将其定义为在25 μm半径内。
首先,构建一个细胞类型比例的矩阵。低于 10% 的细胞类型比例被过滤掉,并认为不具有生物学意义。过滤后,对spot进行缩放,以确保细胞比例的累积和为 100%...
VarTrix uses Smith-Waterman alignment to evaluate reads that map to each known ...
随着癌症生长,营养通过直接扩散的方式从血液中获取。 一些酶(如蛋白酶)能够破坏邻近组织,有利于肿瘤的局部生长。 随着癌症体积的增加,癌症可能会释放血管生成因子,...
在mRNA中,3 '非翻译区(3 ' UTR)位于编码序列终止密码子和poly(A)尾部之间。mRNA和3'UTR长度由mRNA前切割和聚腺苷化(CPA)决...
为了衡量iTME异质性的程度,根据14种肿瘤和免疫细胞亚型计算肿瘤的多样性评分。发现所有应答者的多样性得分都很高。将无应答者分为两个不同的亚组,即多样性得分高的...
体细胞突变在单细胞分辨率上的表征对于研究癌症进化、克隆嵌合和细胞可塑性至关重要。 体细胞突变在单细胞分辨率上的表征对于研究癌症中的遗传异质性和细胞可塑性、非肿瘤...
从9名患者中切除的10例高级别脑膜瘤(指定为M1-M10)的16例颅内样本进行了临床、组织学和分子分析。
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