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将单细胞表型数据与空间坐标相结合,以分析非同型细胞之间直接接触的相互作用,将其定义为在25 μm半径内。
首先,构建一个细胞类型比例的矩阵。低于 10% 的细胞类型比例被过滤掉,并认为不具有生物学意义。过滤后,对spot进行缩放,以确保细胞比例的累积和为 100%...
VarTrix uses Smith-Waterman alignment to evaluate reads that map to each known ...
随着癌症生长,营养通过直接扩散的方式从血液中获取。 一些酶(如蛋白酶)能够破坏邻近组织,有利于肿瘤的局部生长。 随着癌症体积的增加,癌症可能会释放血管生成因子,...
在mRNA中,3 '非翻译区(3 ' UTR)位于编码序列终止密码子和poly(A)尾部之间。mRNA和3'UTR长度由mRNA前切割和聚腺苷化(CPA)决...
为了衡量iTME异质性的程度,根据14种肿瘤和免疫细胞亚型计算肿瘤的多样性评分。发现所有应答者的多样性得分都很高。将无应答者分为两个不同的亚组,即多样性得分高的...
体细胞突变在单细胞分辨率上的表征对于研究癌症进化、克隆嵌合和细胞可塑性至关重要。 体细胞突变在单细胞分辨率上的表征对于研究癌症中的遗传异质性和细胞可塑性、非肿瘤...
从9名患者中切除的10例高级别脑膜瘤(指定为M1-M10)的16例颅内样本进行了临床、组织学和分子分析。
尽管单个细胞的测序深度有限,但典型的scRNA-seq数据集包含大量细胞。因此,合并来自多个细胞的数据可以有效地增加可测试事件的数量,用于遗传变异和剪接之间的连...
分析基于spot的ST数据集,以估计spot特异性TF活性,并识别与特定细胞类型、空间结构域、病理区域和配体/受体相关的TF。大多数基于spot的ST分析方法的...
在10X Visium平台上,将组织切片放置在载玻片上,在载玻片上用条形码逆转录物(RT)引物在固定坐标上分析相同大小的spot。在组织渗透过程中,mRNA分子...
通过SpaGFT识别的ftu不仅仅是细胞聚集的区域,而且反映了基于空间协调的分子特征的细胞和区域活动以及细胞-细胞相互作用。
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