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读文献2-肝癌预后相关CD8+亚型

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北野茶缸子
发布2022-12-10 09:41:31
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发布2022-12-10 09:41:31
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  • Date : [[2022-09-20]]
  • 参考:Frontiers | CD8+ T cell trajectory subtypes decode tumor heterogeneity and provide treatment recommendations for hepatocellular carcinoma[1]

1-单细胞数据

收集3,817 CD45+ immune cells GEO Accession viewer (nih.gov)[2]

image-20220918114840230

对全部的T 细胞再次进行聚类,鉴别出CD4 与CD8 亚型:

image-20220918120443879

拟时序结合免疫检查点基因显示CD8 T 细胞像耗竭状态演化过程:

image-20220918120600805

2-利用CD8 分化相关基因聚类

利用monocle 提取与上述轨迹变化相关的基因,利用NMF 方法对TCGA 数据进行分类:

image-20220920090159173

发现三个亚群与生存显著相关:

image-20220920090330392

3-鉴别与模块关联基因

利用WGCNA,鉴别出与聚类表型相关的模块:

image-20220920090626417

发现与每个clust 相关的模块:

image-20220920090814002

‘Therefore, we characterized C1 as lipid metabolic HCC and C2 as cell proliferative HCC, whereas C3 was defined as immune inflammatory HCC.

ps:(WGCNA 方法相对可以更加可靠的赋予每个clust 生物学意义)

通过直接聚类对样本进行分群,并通过wgcna 等方法找到每个分群的关键基因,并用ntp 评价,也是一个构建模型不错的思路。(相比用这些分群的基因来做cox回归等构建模型)

4-通过NTP 方法评价

通过聚类结果与wgcna 找到的模块marker 基因对其他数据集进行分类,并评价分类效果:

image-20220920091142506

image-20220920092004636

5-三种分群的突变及拷贝数

image-20220920092137519

6-免疫浸润与治疗情况

image-20220920092443831

几种打分方法:

image-20220920092706179

he Submap was utilized to measure the expression profile similarity between HCC patients and immunotherapeutic patients, which was consistent with the similarity of clinical responses

发现C3 与免疫激活相关:Subsequently, the characteristic genes of C3 were extracted to serve as the measured score, named as cluster-associated immunotherapy score (CAIS).

通过四个免疫治疗队列,评价C3 clust 响应免疫治疗的效果:

image-20220920092902700

另外还看了TACE 和sorafenib 两种药物治疗组别:

image-20220920093931682

利用cmap 等数据库看潜在治疗药物:

image-20220920094318017

从单细胞亚群(轨迹分化)到预后模型。

参考资料

[1]

Frontiers | CD8+ T cell trajectory subtypes decode tumor heterogeneity and provide treatment recommendations for hepatocellular carcinoma: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2022.964190/full

[2]

GEO Accession viewer (nih.gov): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE140228

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原始发表:2022-10-31,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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  • 1-单细胞数据
  • 2-利用CD8 分化相关基因聚类
  • 3-鉴别与模块关联基因
  • 4-通过NTP 方法评价
  • 5-三种分群的突变及拷贝数
  • 6-免疫浸润与治疗情况
    • 参考资料
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