跟着Genome Biology学作图：R语言ggplot2+ggforce画桑基图

用户7010445

发布于 2023-01-06 20:24:30

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发布于 2023-01-06 20:24:30

文章被收录于专栏：小明的数据分析笔记本

论文

A pan-Zea genome map for enhancing maize improvement

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-022-02742-7

s13059-022-02742-7.pdf

论文中没有提供作图数据和代码，但是桑基图的作图数据相对比较简单我们可以自己来构造数据

今天的推文主要内容是重复一下论文中的Figure1D桑基图

image.png

昨天的推文介绍的也是绘制桑基图，但是是借助的现成R包ggalluvial,暂时不知道用这个R包来做各个部分的比例如何调整。桑基图可以简单理解成两个柱子，然后柱子之间有连线，柱子可以借用ggplot2的geom_rect()函数来做,连线可以借助ggforce的geom_diagonal_wide()来做，但是相对比较繁琐，只有两列还好，像Figure4E实现起来就非常繁琐，但是暂时还想不到比较好的办法

首先是Figure4D

先画两个柱子

library(ggplot2)
ggplot()+
  geom_rect(aes(xmin=1-0.1,xmax=1+0.1,ymin=0,ymax=5.84),
            fill="#e3e2e2")+
  geom_rect(aes(xmin=1-0.1,xmax=1+0.1,ymin=5.84,ymax=100),
            fill="#7fa7d8")+
  geom_rect(aes(xmin=2-0.1,xmax=2+0.1,ymin=0,ymax=76.15),
            fill="#e3e2e2")+
  geom_rect(aes(xmin=2-0.1,xmax=2+0.1,ymin=76.15,ymax=100),
            fill="#af9dcc")+
  theme_void()

image.png

链接指定的区域

library(ggforce)
ggplot()+
  geom_rect(aes(xmin=1-0.1,xmax=1+0.1,ymin=0,ymax=5.84),
            fill="#e3e2e2")+
  geom_rect(aes(xmin=1-0.1,xmax=1+0.1,ymin=5.84,ymax=100),
            fill="#7fa7d8")+
  geom_rect(aes(xmin=2-0.1,xmax=2+0.1,ymin=0,ymax=76.15),
            fill="#e3e2e2")+
  geom_rect(aes(xmin=2-0.1,xmax=2+0.1,ymin=76.15,ymax=100),
            fill="#af9dcc")+
  theme_void()+
  geom_diagonal_wide(aes(x=c(1.1,1.9,1.9,1.1),
                         y=c(5.84,76.15,100,100)),
                     fill="#e0eaf3")

image.png

接下来是添加各部分的文字

ggplot()+
  geom_rect(aes(xmin=1-0.1,xmax=1+0.1,ymin=0,ymax=5.84),
            fill="#e3e2e2")+
  geom_rect(aes(xmin=1-0.1,xmax=1+0.1,ymin=5.84,ymax=100),
            fill="#7fa7d8")+
  geom_rect(aes(xmin=2-0.1,xmax=2+0.1,ymin=0,ymax=76.15),
            fill="#e3e2e2")+
  geom_rect(aes(xmin=2-0.1,xmax=2+0.1,ymin=76.15,ymax=100),
            fill="#af9dcc")+
  #theme_void()+
  geom_diagonal_wide(aes(x=c(1.1,1.9,1.9,1.1),
                         y=c(5.84,76.15,100,100)),
                     fill="#e0eaf3")+
  scale_x_continuous(breaks = c(1,2),
                     labels = c("NAM founder","Pan-Zea")) -> p1

x<-c(1,1,2,2)
y<-c(5.84/2,5.84+94.16/2,
     76.15/2,76.15+23.85/2)
label<-paste0(c(5.84,94.16,76.15,23.85),"%")
x;y
label

for (i in 1:4){
  p1<-p1+
    annotate(geom = "text",
             x=x[i],
             y=y[i],
             label=label[i])
}
p1

image.png

对主题进行设置

p1+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.text.y = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank(),
        axis.title = element_blank())+
  scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(0,0))) -> p1.1

制作图例

dflegend<-data.frame(x=c(1,1,2,2),
                     y=c(1,1,1,1),
                     group=c("A","B","C","D"))
dflegend

ggplot(data=dflegend,aes(x=x,y=y,shape=group,
                         color=group))+
  geom_point(size=10)+
  scale_shape_manual(values=c("\u25E4","\u25E2","\u25E4","\u25E2"))+
  scale_color_manual(values = c("#7fa7d8","#af9dcc","#e3e2e2","#e3e2e2"))+
  theme_void()+
  theme(legend.position = "none")+
  xlim(0.5,2.5)+
  annotate(geom = "text",x=1.1,y=1,
           label="Aligned",hjust=0,
           size=5)+
  annotate(geom = "text",x=2.1,y=1,
           label="Un-aligned",hjust=0,
           size=5) -> p2
p2

采用拼图的形式将图例和主图组合到一起

library(patchwork)

p2/p1.1+
  plot_layout(heights = c(1,10))

image.png

这里新学到一个知识点，ggplot2做散点图，散点图的形状可以使用unicode,比如这里的两个上下三角，具体有哪些形状可以选可以参考下面这个图片

image.png

但是遇到一个问题是导出pdf以后形状显示不出来，暂时不知道啥原因

image.png

制作封面图

image.png

这次推文没有示例数据，数据是和代码写到一起了，代码直接在推文中复制就行

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原始发表：2022-09-11，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

ggplot2

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