🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！？

生信漫卷

发布于 2023-02-24 14:03:00

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发布于 2023-02-24 14:03:00

文章被收录于专栏：R语言及实用科研软件

1写在前面

最近在画热图(heatmap)时，遇到一个问题，就是如果画热图时导入的基因过多，基因名就会重叠在一起，根本没法看，非常影响颜值。😭 这里提供一种基于ComplexHeatmap的解决方案，大家往下看吧。👇

2用到的包

rm(list = ls())
library(tidyverse)
library(circlize)
library(ComplexHeatmap)

3示例数据

这里我们随机生成一个矩阵，200行，10列。😘

expr <-  matrix(rnorm(2000), nrow = 200)
rownames(expr) <- paste0("gene", 1:200)
colnames(expr) <- paste0("sample",1:10)

4数据预处理

我们先做个归一化处理，如果你的数据已经做过了，就不用做了。🤗

expr_scaled <- t(scale(t(expr)))

5简单绘图

基因名(行名)全都堆在一起了，根本没法看。😭 当然你可以选择扩大画布，来显示出基因名。🤨

Heatmap(expr_scaled,
        row_names_gp = gpar(fontsize = 4),
        column_names_gp= gpar(fontsize = 8)
        )

6标注基因

6.1 需要标注的基因名

假设我们需要标注gene1,gene10,gene100到gene106,以及gene180。👀

gene <- paste0("gene", c(1,1, 10, 100:106, 180))

6.2 提取目的基因位置

这里我们需要找到这些基因在原始矩阵的位置。🤒 为了保险起见，我们把对应的基因名也从中提取出来。🤜

genemark <- which(rownames(expr_scaled) %in% gene)

labs <- rownames(expr_scaled)[genemark]

6.3 生成行注释数据

我们把上面搞定的位置和相应文本整理成注释文件，作为行注释。🤨

ha <-  rowAnnotation(
  foo = anno_mark(at = genemark,
  labels = labs,
  labels_gp = gpar(fontsize = 8)
  ))

6.4 可视化

解决啦！ 现在这些基因名就没有再“挤”在一起啦，嘿嘿。

Heatmap(expr_scaled, 
        cluster_rows = F, 
        right_annotation = ha,
        show_row_names = F,
        row_names_gp = gpar(fontsize = 4)
        )

7美化一下

这里换一个我个人常用的配色，并对样本进行聚类注释。🥰

7.1 列聚类注释

class <-  anno_block(
  gp = gpar(fill = c("#E64B35E5", "#4DBBD5E5", "#00A087E5", "#3C5488E5"),
            col="white"),
  
height = unit(5, "mm"),

labels = c("Cluster A", "Cluster B", "Cluster C","Cluster D"),

labels_gp = gpar(col = "white", fontsize = 8,fontface="bold")
)

clusters <- HeatmapAnnotation(group = class)

7.2 可视化

哈哈哈哈哈哈哈，美不胜收呀！~🤩 妈妈再也不用担心我的热图注释“挤”在一起啦！！！🤜

Heatmap(expr_scaled, 
        ## row parameters
        cluster_rows = F, 
        right_annotation = ha,
        show_row_names = F,
        show_row_dend = F,
        row_names_gp = gpar(fontsize = 4),
        ## column parameters
        column_split= 4,
        column_title = NULL,
        column_names_gp = gpar(fontsize = 8),
        top_annotation = clusters,
        ## color
        col = colorRamp2(c(-2,0,2), c("#6395C7", "white", "#E06EAD")),
        ## legend
        name = "Exp",
        rect_gp = gpar(col="grey")
        )

最后祝大家早日不卷!~

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原始发表：2022-11-02，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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