从零开始的异世界生信学习 R语言部分 03 函数和R包

fun <- function(a,b,m = 2){
  (a+b)^m  #a+b的m次幂
}   #{}内部的为具体的函数运算
fun(a = 1,b = 2)
fun(1,2)
fun(3,6)
fun(3,6,-2)

x <- c("A","B","C","D","E");x
x[c(2,4,5,1,3)]
#按照[]内的顺序进行重新排列

#sort 排序
scores <- c (100,59,73,95,45);scores
sort(scores)
order(scores)
scores[order(scores)]
#sort（x）=x[order(x)]
#order函数返回排序结果的值在原有向量中的位置 或 当前位置的值来源于原始向量中的哪个位置上的元素

#order的语法规则
order(..., na.last = TRUE, decreasing = FALSE,
      method = c("auto", "shell", "radix"))
#na.last 缺失值处理：若取值为TRUE，缺失值被放在最后面；若取值为FALSE，缺失值被放在最前面；若取值为NA，缺失值被移除。默认为TRUE
#decreasing 降序排序：逻辑值，升序还是降序。默认升序，返回的为排序结果的值在原有向量中的位置

scores <- c (100,59,73,95,45);scores
kids <- c("jimmy","nicker","Damon","Sophie","tony")
kids[order(scores)]
#order可以按照一个向量的顺序将另一个向量进行排序

# R包安装

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

install.packages("tidyr") #安装R包的函数
install.packages('BiocManager') 
BiocManager::install("ggplot2") #使用bioconductor安装
install.packages('devtools')
devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1") #括号里写作者用户名加包名，GitHub安装

# 清华镜像
# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/
  
# 中科大镜像
# http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
# http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/

#加载R包的函数
require(tidyr) #require可以反馈一个逻辑值，进行判断是否安装这个R包

library(tidyr)

# 分情况讨论

if(!require(stringr))install.packages("stringr")

browseVignettes('stringr')  ##部分R包可以打开网页版的学习文档
ls("package:stringr")  #列出R包中的函数，使用前需要先安装及加载这个R包