跟萌老师学Linux的第二天

Linux上的文本编辑器vim

命令模式

• • 用vim FILENAME进入之后的默认模式 • 可以“上下左右”移动光标 • 可以剪切字符或整行、也可复制、粘贴

移动光标：

• • 方向键或者hjkl • ^和$：快速到所在行的开头和末尾（用0也可以到开头） • 30j：向下移动30行（数字+方向进行快速移动） • ctrl+f或b:上下翻页（forward/back） • gg：快速回到文档的第一行的第一个字符 • G:快速到文件底部 （或者用 和 ）

撤销动作（后悔药）：

• • u：复原前一个动作（可连续撤销） • ctrl+r：重做上一个动作

剪切、复制与粘贴：

• • x：剪切一个字符 • 10x：连续剪切10个字符（numberx） • dd：剪切所在行 • 10dd：剪切所在行及向下共10行 • yy：复制光标所在行 • 10yy：复制所在行及下面10行 • p或P：在当前行的下面/上面进行粘贴

编辑模式

• • 输入i后进入编辑模式(左下角有-- INSERT --提示)其实有多种进入的模式（i/a/o/I/A/O），但是记住一种即可 • 按esc键退出该模式

末行模式

• • 在命令模式下输入一个:进入这一模式 • 注意需要是英文的冒号，中文的冒号（全角）输入不进来 • 按esc键退出该模式 • 在该模式下可以设置、查询、替换、保存并退出

保存与退出

• • :wq 保存并退出 • :q 直接退出 • :q! 不保存修改，强制退出 • :wq! 保存并强制退出

查询

• • 输入/KEYWORD进行查询 • 按n向下查找 • 按N向上查找

set系列命令

• • :set nu 显示行号 • :set nonu 取消行号 • :set list 显示不可见字符（分辨制表符与空格） • :set ff=unix 将文件格式转换为unix格式（萌老师重点强调，当文件被Windows或mac打开过之后，格式可能发现改变——用cat -A查看末尾处多了个M,无论之后怎么操作都会失败，这个时候就需要unix2dos或者vim再set ff=unix转换格式）

###替换

• • :%s///g 全局替换（/可替换为任意相同的三个符号）
• • :s///g 替换光标所在行
• • :s/// 只替换光标所在行的第一次

Vim 编辑器：vimtutor zh\_CN 可以查看帮助文档

生物信息学常见的文件格式

fasta：一种基于文本用于表示核酸序列或多肽序列的格式。缩写为 fa

特征： 两部分, id行和序列行.

• id行：以“>”开头, 有时候会包含注释信息，如 chr1、chr2 …
• 序列行：一个字母表示一个碱基/氨基酸，ATCGN 或 20种氨基酸fastq：一种保存生物序列（通常为核酸序列）及其测序质量得分信息的文本格式。FASTQ文件中，一个序列通常由四行组成： • 第一行：以 @ 开头，之后为序列的标识符以及描述信息 • 第二行：为序列信息，如 ATCG • 第三行：以 + 开头，之后可以再次加上序列的标识及描述信息（保留行） • 第四行：为碱基质量值，与第二行的序列相对应，长度必须与第二行相同gff：基因组注释文件 ，总共有 9 列。分别为

gtf：基因注释文件，总共有 9 列。分别为

column -t让列对齐