CUDA 12.0/Gromacs 2022 for wsl2的安装

#安装之后还是要学习的啊！！！

安装过程参考两篇文章：

1，Nvidia官方文档：https://docs.nvidia.com/cuda/wsl-user-guide/index.html

2，计算化学公社：http://bbs.keinsci.com/thread-25516-1-1.html

在安装过程中出现了很多问题，所以对于各支持项放到了文档最前面，作为避坑指南

小tricky

make clean，将之前安装的内容删除（https://www.jianshu.com/p/6983e774c35e）

linux删除文件 rm -rf gromacs(Tab可补齐文件名）

涉及到vim操作：https://blog.csdn.net/hehedadaq/article/details/115130945

@Azur1:/mnt/c/Windows/system32$ wsl

1，安装cmake

参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/508835872（安装最新版本）

wwj@Azur1:/mnt/c/Users/wjwei$ sudo apt-get remove cmake （卸载原版本）

wwj@Azur1:/mnt/c/Users/wjwei$ sudo apt-get update

wwj@Azur1:/mnt/c/Users/wjwei$ sudo apt-get install apt-transport-https ca-certificates gnupg software-properties-common wget

wwj@Azur1:/mnt/c/Users/wjwei$ wget -O - https://apt.kitware.com/keys/kitware-archive-latest.asc 2>/dev/null | sudo apt-key add -

wwj@Azur1:/mnt/c/Users/wjwei$ sudo apt-add-repository 'deb https://apt.kitware.com/ubuntu/ bionic main'

wwj@Azur1:/mnt/c/Users/wjwei$ sudo apt-get update

wwj@Azur1:/mnt/c/Users/wjwei$ sudo apt-get install cmake

wwj@Azur1:/mnt/c/Users/wjwei$ cmake --version

cmake更新到最新版

2，lapack的安装

参考

https://zhuanlan.zhihu.com/p/166162326

https://askubuntu.com/questions/594666/lapack-installation-along-with-lapack-devel-and-lapack-dev

https://cloud.tencent.com/developer/article/2165640?from=15425

https://zhuanlan.zhihu.com/p/520848641

https://www.cnblogs.com/adong7639/p/9296132.html

2.1，编译的时候需要用到gofortran，必需要下载

sudo apt-get install gfortran

2.2，下载&安装 lapack

wget http://www.netlib.org/lapack/ #应该是最新版的（目前为3.11.0）
tar -xzvf lapack-3.11.0.tar.gz
cd lapack-3.11.0/
cp make.inc.example make.inc
make
sudo cp *.a /usr/local/lib
sudo cp *.a /usr/lib
sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev

3，更新'apt_pkg'

参考网址： https://unix.stackexchange.com/questions/588066/modulenotfounderror-no-module-named-apt-pkg-appears-in-various-commands）

sudo apt remove python3-apt
sudo apt autoremove
sudo apt autoclean
sudo apt install python3-apt

3.2，有人说需要更新gcc版本，本次安装过程未遇到这个问题，固不列详细命令

g++11 ubuntu安装 2022_叶非花的博客-CSDN博客_ubuntu安装g++

https://blog.csdn.net/weixin_37726222/article/details/124002454

进入到build文件夹，进行编译的命令（参考https://blog.csdn.net/sai35/article/details/127748268

https://blog.csdn.net/weixin_54952686/article/details/119416674

http://sobereva.com/457

https://blog.csdn.net/weixin_42486623/article/details/125763810

https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/4478

4，安装CUDA on wsl（总共7步）

wwj@Azur1:/mnt/c/Users/wjwei$ wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/wsl-ubuntu/x86_64/cuda-wsl-ubuntu.pin

wwj@Azur1:/mnt/c/Windows/system32$ sudo mv cuda-wsl-ubuntu.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600

wwj@Azur1:/mnt/c/Windows/system32$ wgethttps://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/12.0.0/local_installers/cuda-repo-wsl-ubuntu-12-0-local_12.0.0-1_amd64.deb

wwj@Azur1:/mnt/c/Windows/system32$ sudo dpkg -i cuda-repo-wsl-ubuntu-12-0-local_12.0.0-1_amd64.deb

wwj@Azur1:/mnt/c/Users/wjwei$ sudo cp /var/cuda-repo-wsl-ubuntu-12-0-local/cuda-*-keyring.gpg /usr/share/keyrings/

wwj@Azur1:/mnt/c/Windows/system32$ sudo apt-get update

wwj@Azur1:/mnt/c/Windows/system32$ sudo apt-get -y install cuda

需要先加入路径： vi ~/.bashrc i（插入内容） 在末尾复制： export PATH=$PATH:/usr/local/cuda-12.0/bin （修改版本为12.0） export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda-12.0/lib64 （修改版本为12.0） esc（退出插入模式） ：wq （退出并保存） source ~/.bashrc （更新vim） 不用重启，即可看到cuda的版本号）

wwj@Azur1:/mnt/c/Windows/system32$ nvcc --version

nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver
Copyright (c) 2005-2022 NVIDIA Corporation
Built on Mon_Oct_24_19:12:58_PDT_2022
Cuda compilation tools, release 12.0, V12.0.76
Build cuda_12.0.r12.0/compiler.31968024_0

5，安装fftw

wgethttp://www.fftw.org/fftw-3.3.10.tar.gz
tar -xzvf fftw-3.3.10.tar.gz  
cd fftw-3.3.10   
sudo ./configure --prefix=/usr/local/fftw3310 --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared --enable-avx2  （需要管理员权限）
sudo make install -j 12 #j表示多线程

# 修改.bashrc  

export PATH=$PATH:/usr/local/fftw3310/bin  
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/fftw3310/lib  

6，安装Gromacs

https://manual.gromacs.org/documentation/（不同版本的gromacs）

wget ftp://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2022.3.tar.gz

tar -xzvf gromacs-2022.3.tar.gz

cd gromacs-2022.3

mkdir mdbuild

cd mdbuild

export CMAKE_PREFIX_PATH=/usr/local/fftw3310 

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gmx-2022.3 -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-12.0 -DCUDA_INCLUDE_DIRS=/usr/local/cuda-12.0/include -DCUDA_CUDART_LIBRARY=/usr/local/cuda-12.0/lib64

结果

-- Build files have been written to: /mnt/c/Users/wjwei/gromacs-2022.3/mdbuild

sudo make install -j 12 #多线程编译

编译完成

vi ~/.bashrc
source /usr/local/gmx-2022.3/bin/GMXRC  #更新环境变量，在末尾加入
source ~/.bashrc

wwj@Azur1:/mnt/c/Users/wjwei$ gmx -version

成功运行

7，安装VMD

参考文章：ms.synbio-tech.com.cn/order/primerlist

https://zhuanlan.zhihu.com/p/38146922

https://www.jianshu.com/p/3d9030f4e9d1（VMD可视化操作）

下载最新版VMD软件（tar）（我这里直接从网站下载的，需要注册账号），进入文件路径，解压

wwj@Azur1:/mnt/c/Users/wjwei/vmd-1.9.4a57/src$ cd vmd-1.9.4a57/

运行 ./configure (下边一行是运行结果）

wwj@Azur1:/mnt/c/Users/wjwei/vmd-1.9.4a57$ ./configure
using configure.options: LINUXAMD64 OPENGL OPENGLPBUFFER FLTK TK ACTC CUDA CXX11 IMD LIBSBALL XINERAMA XINPUT LIBOPTIX LIBOSPRAY LIBTACHYON LIBPNG ZLIB VRPN NETCDF COLVARS TCL PYTHON PTHREADS NUMPY SILENT ICC

进入src文件夹 cd src

安装 sudo make install

wwj@Azur1:/mnt/c/Users/wjwei/vmd-1.9.4a57/src$ sudo make install
Make sure /usr/local/bin/vmd is in your path.
VMD installation complete.  Enjoy!

安装完成，将 export PATH=/usr/local/vmd/bin:$PATH 加入环境变量，并source更新

wwj@Azur1:/mnt/c/Users/wjwei/vmd-1.9.4a57/src$ vim ~/.bashrc
wwj@Azur1:/mnt/c/Users/wjwei/vmd-1.9.4a57/src$ source ~/.bashrc

运行vmd，开始运行，并出现软件窗口

运行成功

VMD窗口

https://command-not-found.com/ppmtompeg

CUDA & Gromacs for Win11

参考链接

https://blog.ailemon.net/2020/07/27/windows-install-cuda-and-cudnn-environment/

1，安装最新的Visual Studio，

不同于Linux系统，windows系统往往不包括C++编译器和运行环境，但是安装Microsoft Visual Studio即可解决，下载Community版本，安装时必须要勾选“使用C++的桌面开发”

2，查看CUDA适配版本

NVIDIA控制面板->帮助->系统信息->组件（此处支持CUDA12.0）

NVIDIA控制面板->帮助->系统信息->组件

3，安装CUDA，更新cuDNN库

3.1 CUDA安装文档：https://docs.nvidia.com/cuda/cuda-installation-guide-microsoft-windows/index.html

使用在线安装方式会快一些

安装完成后打开powershell，执行nvcc -V，会返回CUDA版本号

显示安装成功

3.2 cuDNN下载：https://developer.nvidia.com/rdp/cudnn-download （下载之前需要注册和登录开发者账户）

最新的是cuDNN for CUDA 11.x（好像也适配CUDA12.0）

cuDNN包解压缩，得到bin、include和lib三个文件夹，打开CUDA安装目录（C:\Program Files\NVIDIA GPU Computing Toolkit\CUDA），将cuDNN压缩包下对应的文件夹直接复制过来

3.3 添加环境变量

在系统环境变量的Path添加以下两个路径

C:\Program Files\NVIDIA GPU Computing Toolkit\CUDA\v12.0

C:\Program Files\NVIDIA GPU Computing Toolkit\CUDA\v12.0\lib\x64

3.4 检查安装结果

重启电脑，使配置生效，再打开powershell，输入 nvidia-smi

nvidia-smi

4，直接使用别人编译好的Gromacs

http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html（翻到最下边，看第5个，2020.6 CUDA的GPU加速版本，不到90 MB）

解压，将bin所在目录添加到环境变量即可（需要重启powershell，然后输入gmx）

命令行 gmx