生信入门day6分野—R包的使用

镜像设置

• options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 对应清华源

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")对应中科大源当然可以换成其他地区的镜像

包的安装

install.packages("包") BiocManager::install("包“)包的加载

以下两个都可以使用

library(包) require(包)实例

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

install.packages("dplyr")

library(dplyr)

dplyr 五个基本函数

mutate()新增列

mutate(test,new=Sepl.Lengh*Sepal.Width)

select()按列筛选

• 按列号筛选

select(test,1)

• 按列名筛选

select(test,Sepal.Length)

筛选行

filter()

按某1列或者某几列对整个表格进行排序

arrange()

汇总

sunnarise()

dplyr的实用技能

管道操作

%>% 该命令可以用ctrl+shift+M 可以将前一行输出的结果传递给后一行作为输入

统计某列的值

count()

dplyr处理关系数据

• inner_join内连取交集
• left_jion左连
• full_join全连
• bind_rows()两个表格列数相同 bind_cols()两个数据框有相同的行数