全网最详细的imagJ教程：imagJ自动细胞内荧光点计数

1. 对软件进行如下如下设置，方便后续操作。

（1）因为荧光图片荧光点是亮的，而背景是黑色的，所以将black background 勾选上。Process----Binary----options,在跳出的页面中勾选上Black background。

2. 打开需要计数的图片,File----open

3. 将图片转化为8-bit（image----Type----8-bit）

4. 在计数之前将图片内的细胞先勾选出来。

按下图所示调节参数，将细胞选中。最后Apply应用。

5. 将图片去除比例尺

后续再打开图片时出现以下对话框不要勾选上对应的选项。

6. 图片内的细胞都连在一块了，需要把细胞分开，方便后续计数。当然有时候分开并不准确，在后续计数细胞内荧光点的时候，可以自己调整一下每个细胞所包含的范围。

此时跳转出的ROI manger，和图片所框选的细胞对于，可以一个一个点击查看框选的细胞情况。至此，细胞完成。

7. 接下来是计数细胞内的荧光点是多少。按照之前介绍的方法重新打开刚刚计数的图片，将图片转化为8-bit。此次打开的图片用于计数细胞内的荧光点。

调节下面红框中的参数，只使细胞内的荧光点被红色覆盖，点击apply。

打开计数细胞时的ROI manger，将show all 勾选上，可以看到刚刚选中点的图片内也有了细胞的轮廓。这一步很关键！！！

8. 计数细胞内的点，注意和计数细胞个数时候的区别，不勾选Add to manager, size范围为从0开始。

9. 接下来点击process----Find Maxima。选中single points。

此时会再次跳出处理后的图片，再次打开计数细胞时的ROI manger，将show all 勾选上。

10. 按照下图处理。最后点击OK。出来的结果即为每个细胞内荧光点的数。

11. 最后可以开始计数了。在ROI manger内把所有细胞都勾选上，最后点击measure。