Seurat v5 安装过程中碰到的问题和解决办法

1. Seurat v5主页推荐的package安装：
我尝试了主页推荐的安装方法： 
install.packages("Seurat"), 弹出对话框需要选择安装各种dependent packages, 我选择Yes，没有成功安装；选择No就可以安装成功，不过是4.3版本，并不是我想要的v5版本。所以我选择目录安装的办法：
Seurat_5.0.0.tgz in CRAN 
SeuratObject_5.0.0.tgz in CRAN
在CRAN网站上将相应的packages下载好，然后选择目录安装的办法，就可以安装成功。
（注意自己的电脑系统，Windows问题不大，Mac需要注意是arm64 还是x86_64. 选择对应的package安装）

2. Matrix安装的问题：
上述安装包可以成功安装，但是在library()的时候就出现问题了： 
“..., unable to load shared object '/Users/jiajia/Library/R/x86_64/4.1/library/Matrix/libs/Matrix.so'”
该问题需要重新安装Matrix packages. 我仍然选择的是通过CRAN进行下载 (Matrix_1.6-2.tgz)。
安装之后，就解决了上述问题。

3. SeuratWrapper package安装碰到的问题：
error: install_github results in an api rate limit error regardless of which package is installed
solution: 
Generate a Personal Access Token on GitHub by going to your account settings -> Developer settings -> Personal access tokens -> Generate token.
Run below code in R: 
Sys.setenv("GITHUB_PAT" = "your_token")   #”your token” is a link  generated in github when creating the token, which starts with “github_pat_…”
Here is my personal token:
github_pat_xxxxxxxx
remotes::install_github("satijalab/seurat-wrappers") #successfully installed