2023-11月的马拉松在线互动授课答疑精选

下面是优秀实习生的整理和分享

1【R包】有什么好办法可以把之前安的R包一次性全部清除，想全部重新安一遍。前几天安了一半报错没解决完，忘了安到哪了

有一些基础R包是不能清除的。想重新安装，把我们给学员准备工作的代码从第一行开始运行即可。

2【课程】回放啥时候可以看？？

每天直播结束就会有回放，可以方便的快进快退复习我们的直播互动授课知识点，随时欢迎微信群图文并茂沟通哦！

3【R包】library(clusterProfiler)报错

这个问题最近很常见了。安装新版本的 R 4.3 之后，安装 clusterProfiler 出现报错：依赖包不存在， 这其实是新版本的 bioconductor 3.18 在使用 clusterProfiler 的时候，引入了一个新的依赖包 HPO.db （还有 MPO.db），这个包在安装的时候，编译过程可能需要联网下载缓存数据。（但是，2024已经没有这个问题了）

该包出自 Y 叔实验室，在 github 上面有相关的 issue：https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler/issues/606 亲测确实不好安装，本地服务器，开代理，服务器上都无法安装成功，怀疑是 R 包没有处理好细节，是 Y叔一个学生写的，使用本地安装会比较容易。

4【R包】安装的时候遇见这个error 该如何解决呢？

Error in askYesNo(msg) : 
  Unrecognized response “BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)”

你运行这句代码的时候，下面有提示，让你回答一个yes或者no，你没有回答。你一直在点run或者输入了别的。你重新运行回答一个yes就可以了。

5【R包】我重新下载了R后，hug133plus2这个包安装不上了

把这个包对应的安装代码重新运行一遍。

6【R包】HPO这个，我下载到本地了还是不行

你下载包括HPO和mpo一起的，你应该先解压出来，里面是两个gz文件，分别安装。

7【R包】请问这种情况需要做什么吗？

不用做，继续往下运行，最后library 没有关键词 error 即可。

8【R包】请问运行到最后是这样的，算成功了么？需不需要保存这份文件呀？

非常棒了，无需保存，静待授课。

9【R包】今天遇到的新问题是找不到RSQLite，我看了一下答疑，没找到相关的解答，报错如下

> library(GSEABase)
Loading required package: annotate
Loading required package: AnnotationDbi
Error: package or namespace load failed for ‘AnnotationDbi’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
 there is no package called ‘RSQLite’
Error: package ‘AnnotationDbi’ could not be loaded

单独对你缺的这个包进行安装。

BiocManager::install(c("RSQLite" ),ask = F,update = F)

10【Rstudio】这样运行过的代码，绿色，蓝色，黑色的字是有不同的意思

好问题，是不同意思，第一天授课结束后你就会学会啦。

11【R安装】文档里说r和Rstudio需要安装在C盘，我之前安装在了其他盘了，我需要卸载重新安装吗？

如果你使用过一段时间，并且没有问题，就可以继续使用。但如果你安装完没有用过，建议卸载重装。

12【R包】请问这个报错是为什么？

请依次检查

1. 是否安装了Rtools；
2. 有没有改过哪些系统设置？R语言和 Rstudio 有都安装到C盘吗？

13【R包】想问一下为什么分开了还是会提示这样？

是路径问题，答疑文档最后一个，有提到如果你这两个 gz 下载之后放在桌面，在Rstudio里install 的时候，需要给对路径。

14【R包】为什么还是报错呀？

请检查一下是否安装了Rtools哦~

15【软件安装】这种情况怎么处理

那安装Termius这个软件哈，课上也是主要用这个软件呢。

16【R包】这种可以吗？我的R是4.3.1的版本

没问题，不需要那么新。

17【R包】以前安装的4.2.2的R，够用了么？还是要重新安装

课后重新安装一下。

18【R包】请问一下这个是啥情况？

如果你对R语言版本没有要求，建议卸载重装新版本 R4.3。如果更新R版本，部分R包要重新安装，不过不难的。

19【R包】为什么我是b报错然后加引号后就能出结果，但a没加引号不报错？

这里是因为a<-1 是程序识别为 a <- 1。<-是赋值符号。

20【R包】每次上课前都要library一遍么？

并不需要，按需library即可。

21【Rmarkdown】请问r markdown不能安装是什么原因？我是Mac电脑

先运行这两句代码设置一下镜像

options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.bfsu.edu.cn/bioconductor/")，然后再install.packages("rmarkdown")

22【R包】install.packages和installed.packages区别在哪

23【R绘图】我拿R做列线图的时候发现体现不了中文，只有英文变量可以显示

中文无法识别。

24【R实战】为什么出现这个

拼写错误，P要大写！

25【R实战】这是为啥呢？

跑代码的时候是不是漏掉了赋值api_key呢？

26【R实战】是因为网络的问题报错吗？该怎么解决呢？

看起来是网络问题。pubmed一次只能下载小于1万条记录，尽量把抓取的数量调少一点。

27【R包】read.csv的说明文档里这三个点意思是剩余的内容同上吗？

是的。

28【Rstudio】请问内置数据的显示会出现不一致的情况吗？比如volcano这个矩阵。dim显示的是61列，没有问题，但是在数据窗口只能看到50列

更新Rstudio即可，R语言可以不用更新。

29【Rstudio】在Rstudio的左上角输入代码后用什么快捷键run？我看小洁老师好像是回车就run了，我试了一下不行

Win的话 ctrl + 回车就可以代替run

Mac Command+回车

30【R包】请问这个怎么安装不成功啊

即便是你的Mac是M1，2，3芯片，安装R语言还是建议选用群公告云盘的x86版本。

31【R实战】请问这个报错是啥意思啊？我想要批量导出CSV文件，根据data文件其中一列的取值输出为每个文件的名字

assign函数使用不对，建议查询一下参数，assign第一个参数得是字符。

32【R实战】不知道为啥这个GSE72713芯片数据集缺少表达矩阵的信息？

是转录组测序，你需要熟悉你的数据集。

33【R实战】这种数据是不是被加密了？有40多的呢

你的意思是认为40多就是加密，我可不是这么讲的啊，我说的加密指的是是标准化，有一半正数一半负数的。你这个不是。

34【软件安装】注册后显示14天使用期是正常的嘛……

是正常的，到时候你可以用学校的邮箱免费使用高级版本，或降级为低级版本，但只需要普通功能就可以完成全部的学习和正常使用了。

35【Linux】我在做01Linux基础的课后练习-场景五tar练习的第2题时，将“test.tar.gz"文件移动到”test"中并解压打开时会出现报错，前面的操作一切正常，请问一下这是什么原因呀？我在家目录下边写的命令，是不是要切换到test文件夹下再写命令

ls查看当前文件夹看一看，结合你ls 的结果和Cannot open: No such file or directory 你发现问题没有？

36【R实战】想请教一下gsea富集的话一般也是拿差异基因进行geneset的富集吗？我送公司测序分析回来的结果在gsea这部分他们是拿我所有测出来的基因进行富集的，这样合理吗……还有一个问题就是我用小洁老师gsea代码重新跑的差异基因gsea富集分析，但是就富集到一条通路，我看了GSEA函数的帮助文档，不确定这个显著通路到底是根据padj还是pvalue来进行筛选的呢？

是需要全部的基因做gsea哦，根据padj还是pvalue来进行筛选都不好，显著与否取决于你是否看重那个通路。如果你没有目标，就选择top即可。

37【R实战】KEGG富集报错

做KEGG的过程中，执行：kk <- enrichKEGG(gene=gene, organism="hsa", pvalueCutoff=1, qvalueCutoff=1) 报错：

我在脚本里添加了如下代码行：library(R.utils) R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto") 报错依旧，能帮忙看一下吗？谢谢！

学员自查：网络的问题。其实也有可能是r包版本问题，有一个很简单的测试，就是如下所示代码：

lapply(c('clusterProfiler','enrichplot','patchwork'), function(x) {library(x, character.only = T)})
data(geneList, package="DOSE")  
# Please go to https://yulab-smu.github.io/clusterProfiler-book/ for the full vignette.
kk2 <- gseKEGG(geneList     = geneList,
               organism     = 'hsa',
               nPerm        = 10000,
               minGSSize    = 10,
               maxGSSize    = 200,
               pvalueCutoff = 0.05,
               pAdjustMethod = "none" )
 
gseaplot2(kk2, geneSetID = rownames(kk2@result)[head(order(kk2@result$enrichmentScore))]) 
gseaplot2(kk2, geneSetID = rownames(kk2@result)[tail(order(kk2@result$enrichmentScore))])

这个是四句话代码，如果运行失败，说明大家的r包版本有问题哦，因为上面的代码是测试数据和示例代码，理论上任何人的任何的电脑设备都是联网就可以运行的。

38【软件安装】conda安装trim-galore时报错，安装命令为conda install trim-galore

看这个报错是你需要先装上cutadapt，总的来讲，归根到底是python版本的问题。目测是cutadapt和base里的python不兼容 但是cutadapt没装上，进而导致 trim-galore的问题。python 3之间也有差别的。你创建个新的环境，用上课讲的办法直接导入试试。指定python版本为3.7或者3.8应该能避免问题。毕竟现在python都到3.12了，3.7已经是2018的事情了。

39【Linux实战】在统计多少条reads时，代码顺序为什么不是先除4并打印（awk '{print $0/4}'），然后再统计（wc -l）呢？

第一个代码是先用wc -l算出行数100000，在后面的awk里面被除以4的是行数100000，所以得出25000。

第二个代码中被除以4的是每一行的具体的值，除以4之后每一行只是计算出了新的值，总数还是100000。

40【Linux实战】这里的 ^M$ 和之前讲的 ^$ 区别在哪?

不同的编码方式，^M$ 是Windows下的。

41【转录组实战】关于Hisat2 比对数据，不生成中间文件直接生成bam文件的这句代码最后的占位符“-”有些疑问，我试着运行了一下有没有占位符的情况，并没有发现结果有什么不同欸

这个 - 是一个占位符，是告诉上一条命令，“上一步的输出要放到这个位置”，如果不设置的话默认是在最末尾的。之前版本的samtools如果不设置这个符号是有可能会报错的，因为samtools的有些命令的输入文件是在中间而不是末尾，因此要加上这个符号明确一下。

42【R实战】我有一组数据，横坐标是天数Days，但是非等距，我想要在R中作图，让它等距显示，并且把每个y对应的天数Days都在横坐标上显示出来，请问该如何实现呀？

可以将Days转化为character后合并到原数据框，factor转化这一个新的列。

43【R实战】这个报错是怎么回事啊

多加了一个加号。