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文章标题:Key Cell Types and Biomarkers in Heart Failure Identified through Analysis ...
发现是因为里面的基因名字问题, 目前人类基因的命名体系主要包括 Ensembl、Gene Symbol 和 RefSeq。这些体系都是用于标识和命名基因的,是可...
最近在复现一篇文章《A comprehensive single-cell map of T cell exhaustion-associated immune...
文章标题:《Single-cell RNA transcriptome analysis of CNS immune cells reveals CXCL16/...
不知不觉,时光飞逝,跟曾老师学习单细胞已经有一段时间,在学习使用软件进行单细胞数据分析时,发现通过对比seurat学习,学习scanpy会比较丝滑,总结了如下的...
柱状堆叠图在许多的单细胞文章中被使用,通过它可以更好向我们展示一个亚群中各个细胞的占比情况,可见它如此重要!!!今天,我们来使用R的ggplot2和python...
文章标题:《Entinostat decreases immune suppression to promote anti-tumor responses in...
背景:目前大多数关于非小细胞肺癌(NSCLC)预后模型构建的研究仅涉及批量RNA-seq数据,而没有整合单细胞RNA-seq(scRNA-seq)数据。此外,大...
示例数据用的是ifnb,是一个人类的PBMC(peripheral blood mononuclear cell)样本数据,数据自身也是有注释细胞分群信息的,在...
随着科技的发展,我们生活中生产的数据日益增加,数据可视化变得至关重要!通过大数据的可视化,使我们更能读懂其中的奥秘!
文章标题:《A multi-omic single-cell landscape of human gynecologic malignancies》
背景:免疫疗法已成为治疗晚期或常规耐药恶性肿瘤的一种有前途的方法。在肺腺癌 (LUAD) 方面,T 细胞对抗肿瘤活性和肿瘤微环境有显著影响。然而,它们具体的贡献...
因为这个Seurat的V5版本还是有一些优势的,比如可以轻轻松松拿捏这130万单细胞的数据集,需要参考Seurat官网的3个资料:
文章标题:《Degenerative and regenerative pathways underlying Duchenne muscular dystro...
类似于bulk RNA-seq,single-cell RNA-seq 的原始count数据也是需要进行标准化的。
该研究的核心主题是探索肿瘤微环境如何影响免疫反应,尤其是在对抗具有高度抗药性的胶质瘤时。研究者对8例患者进行了单细胞RNA测序(scRNA-seq),并对3例患...
就会发现,matrix.mtx文件里面的33694、2049、1878957数值,分别是细胞数量,基因数量,以及有表达量的值的数量(全部的值应该是33694X2...
蛮有意思的,这个上皮细胞的特性是高表达PLA2G2A基因,但是它来源于非肿瘤组织,而且它居然是有拷贝数变异的!如下所示:
参考我前面介绍过 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则,这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境的复杂。绝大部分文章都是抓住免疫细胞亚群进行细分,包...
文章标题:《Comparative single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) reveals liver metastasi...
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