学习
实践
活动
工具
TVP
写文章

生信技能树jimmy

LV0
举报
发表了文章

急性髓系白血病单细胞层次的研究

题目:A single-cell survey of cellular hierarchy in acute myeloid leukemia 发表期刊:Jou...

生信技能树jimmy
发表了文章

M2-TAM细胞相关biomarker构建新的预后signature揭示免疫景观并在肝癌中筛选药物

这篇文章的分析主要分为两个部分(1)结合传统转录组数据与单细胞转录组数据鉴定出与HCC M2-TAM高度相关的signature;(2)使用多种分析角度sign...

生信技能树jimmy
发表了文章

单细胞免疫组库基础介绍

免疫系统中主要包含两类淋巴细胞:B lymphocytes (B cells) 和 T lymphocytes (T cells)。B cells 和 T ce...

生信技能树jimmy
发表了文章

CellChat学习笔记【一】——通讯网络构建

细胞通讯是指细胞与细胞之间的联系。细胞和人类一样,多细胞生物的很多细胞会相互作用,形成“细胞社会”,在这个社会里,细胞与细胞之间会发生相互作用和信息的传递,细胞...

生信技能树jimmy
数据库SQLPHP
发表了文章

空间转录组2022||空间数据反卷积RTCD分析:细胞类型鉴定

RCTD可以将单细胞类型或细胞类型混合分配到空间转录组spots上。RCTD 有三种模式:

生信技能树jimmy
文件存储https网络安全
发表了文章

肿瘤内浆细胞预测非小细胞肺癌PD-L1阻断的结果

英文标题:Intratumoral plasma cells predict outcomes to PD-L1 blockade in non-small c...

生信技能树jimmy
SSL 证书数据分析腾讯云开发者社区
发表了文章

CellKb Immune:轻松拿捏小鼠免疫细胞注释

生信技能树公众号之前已经介绍了很多有关细胞注释的工具或软件了,如:ToppCell Atlas:单细胞分析中针对细胞类型的富集分析,但是其中很多都是偏向于对人来...

生信技能树jimmy
数据分析数据库SQL网站
发表了文章

关于如何用二代测序数据注释单细胞细胞群

起因是因为看到了曾老师的一篇推文:混合到同一个10X样品里面的多个细胞系如何注释,其中是关于复现一篇cancer research《Single-cell tr...

生信技能树jimmy
数据库SQL数据处理
发表了文章

单细胞转录组定量的时候需要修改参考基因组

差不多几个小时就可以完成全部的样品的cellranger的定量流程,拿到表达量矩阵文件,常规的降维聚类分群,参考前面的例子:人人都能学会的单细胞聚类分群注释 ...

生信技能树jimmy
数据处理
发表了文章

(Research)泛癌单细胞分析揭示肿瘤微环境中癌相关成纤维细胞的异质性和可塑性

CAF:肿瘤相关成纤维细胞 NF:正常成纤维细胞 ECM:胞外基质 TME:肿瘤微环境 TAM:肿瘤相关巨噬细胞

生信技能树jimmy
发表了文章

单细胞+外泌体||10X单细胞RNA测序研究单个细胞单个EVs的转录组学特征

长久以来,我们都是在bulk水平研究细胞外囊泡,有一定的局限性,关于这个之前有一篇综述介绍了囊泡领域面临的问题与挑战:EV介导的细胞间通讯研究综述。

生信技能树jimmy
腾讯云开发者社区
发表了文章

人类B细胞通过与TNF超家族配体介导抗癌细胞毒性

结果:鉴定出至少六种 B 细胞亚型,幼稚B细胞,生发B细胞、IgM 记忆B细胞、交换B细胞(switched memory)、类似记忆B细胞(memory-li...

生信技能树jimmy
腾讯云开发者社区
发表了文章

这个science杂志刚刚发表的文章说肥大细胞是淋巴系免疫细胞

可以看到,TPSB2很明显是mast细胞,也就是说肥大细胞的基因,但是不小心被这个science杂志刚刚发表的文章把肥大细胞归为了淋巴系免疫细胞。肿瘤相关单细胞...

生信技能树jimmy
腾讯云开发者社区
发表了文章

单细胞分析揭示了ZNF683在多发性骨髓瘤的NK细胞耗竭中的关键作用

问题:在多发性骨髓瘤(MM)中 NK 细胞的细胞毒性降低。潜在的分子机制尚不清楚。

生信技能树jimmy
发表了文章

都2023了你的普通单细胞转录组还想发高分就只能是稀有疾病了

这个Molecular Cancer期刊大家应该是不陌生了,是BMC(隶属于Springer Nature)旗下 ,2002年在英国创刊;2021年的期刊影响因...

生信技能树jimmy
腾讯云开发者社区数据分析数据处理
发表了文章

各个单细胞亚群的差异基因数量投射到umap图

我简单读了一下文章,其实就降维聚类分群后,每个单细胞亚群在两个分组简单的做一下差异分析,有多少个单细胞亚群就做多少次差异分析,差异分析的上下调基因数量就是uma...

生信技能树jimmy
数据处理数据库SQL
发表了文章

各个单细胞亚群独立在两个分组做差异分析

可以看到,每个单细胞亚群都有自己的差异分析火山图,会议上有人提问这个分析如何做。其实主要是大家可能是初次接触生物信息学就是单细胞数据处理,所以基础知识有点欠缺。...

生信技能树jimmy
数据库SQL
发表了文章

Science: 微生物单细胞、高通量、菌株分辨率,我全都要!| 深度长文

近期,哈佛大学和麻省理工学院的研究团队在微生物群落研究方法学上取得重要突破,发明了微生物高通量单细胞基因组学技术——Microbe-seq。相关成果以研究长文(...

生信技能树jimmy
发表了文章

胃腺癌肿瘤微环境免疫细胞分析

胃癌是世界上最常见的五种肿瘤之一,也是全球第三大致命癌症。胃腺癌 (gADC) 的生长、侵袭和转移是复杂的动态过程,不仅涉及肿瘤组织固有的遗传异常,还涉及肿瘤与...

生信技能树jimmy
ExpressSSL 证书
发表了文章

动动手指的单细胞分析手动选点小工具:xSelectCells

在做单细胞分析的时候,时不时会遇到这样的情况:想知道这几个在图上看着很特别的点是哪几个细胞,或是一些可见的小subcluster想要直接标记出来。大多数时候还是...

生信技能树jimmy
GitHubGit开源

个人简介

个人成就

扫码关注腾讯云开发者

领取腾讯云代金券