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sc-ATAC-seq细胞类型注释策略

解释任何单细胞测序数据的起点都是对给定数据集中的细胞簇进行注释。由于缺乏专门设计的工具以及在单细胞ATAC-seq数据中使用不直观的顺式和跨式调控元素(unin...

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阿兹海默症和小胶质细胞:人和小鼠脑细胞核转录组测序

当你的才华还撑不起你的野心时,请潜下心来,脚踏实地,跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴...

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10X Genomics单细胞免疫组库VDJ分析必知必会

我们生活着的世界并非只有我们自己,而是有很多小于或大于我们的生物不断与我们交互着,有的让我们开心,有的使我们伤心。这就关系到一个本质的问题:

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为什么需要Normalization和PCA分析

在获得高质量的单细胞后,单细胞RNA-seq(scRNA-seq)分析工作流程的下一步是执行聚类。聚类的目的是将不同的细胞类型分离成独特的细胞簇。为了进行聚类,...

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单细胞分析揭示葡萄膜黑色素瘤新的进化复杂性

每个人的时间精力有限,必须优先阅读相关文献,开设这个栏目也是希望为大家推荐高质量的单细胞相关文献。如果大家对单细胞转录组感兴趣可以关注一下,哪怕每天只学一点点,...

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scRNA-seq—读入数据详解

在量化基因表达之后,我们需要将该数据导入R,以生成用于执行QC的矩阵。在本课中,我们将讨论盘点数据可以采用的格式,以及如何将其读入R,以便我们可以继续工作流程中...

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魔鬼与天使:CD4 +效应记忆性T细胞在生命早期促进肠道发育并介导炎症

今天分享的这篇文章2019年2月发表在期刊Immunity上,题为:Human Fetal TNF-α-Cytokine-Producing CD4+ Effe...

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多组学技术揭示人视网膜调控动力学

今天带来的这篇文章2020年2月刊登在Science Advances上,题为:Chromatin accessibility analysis reveals...

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scRNA-seq—质量控制

单细胞RNA-seq分析介绍 单细胞RNA-seq的设计和方法 从原始数据到计数矩阵 差异分析前的准备工作 scRNA-seq—读入数据详解

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综述:高维单细胞RNA测序数据分析工具(上)

当你的才华还撑不起你的野心时,请潜下心来,脚踏实地,跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴...

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质量较差样本的QC

细胞计数由检测到的唯一细胞条形码的数量确定。在基于液滴的实验方案中,细胞条形码存在于水凝胶中,并与单个细胞和裂解/反应混合物一起包裹在液滴中。虽然每个水凝胶都应...

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单细胞RNA-seq的设计和方法(一)

Bulk vs scRNA-seq.png Bulk RNA-seq : 它测定的是一个大的细胞群体中的每一个基因的平均表达水平。对比较转录组学、找疾病标志物、...

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从原始数据到计数矩阵

根据所用文库制备方法的不同,获得的RNA序列(也称reads或tags)有3'(或5')端起始的转录本(10X Genomics, CEL-seq2, Drop...

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基因表达差异分析前的准备工作

单细胞RNA-seq分析介绍 单细胞RNA-seq的设计和方法 从原始数据到计数矩阵

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综述:高维单细胞RNA测序数据分析工具(下)

当你的才华还撑不起你的野心时,请潜下心来,脚踏实地,跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴...

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综述:高维单细胞RNA测序数据分析工具(中)

当你的才华还撑不起你的野心时,请潜下心来,脚踏实地,跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴...

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单细胞RNA-seq分析介绍

在整个人体组织中,细胞类型、状态和相互作用是非常多种多样的,为了更好的了解这些组织和存在的细胞类型,我们需要更高分辨率的技术,而scRNA-seq提供了在单个细...

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Seurat包的findmarkers函数只能根据划分好的亚群进行差异分析吗

虽然是免费的, 但是学员关于课程的提问,我还是会尽我所能帮忙的。当然,受限于时间和精力,只能是挑选重点和普适性的有价值的问题,比如其中一个问题是:

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使用scHCL探索单细胞转录组细胞类型

浙江大学郭国骥团队致力于单细胞测序领域的相关研究,2020年3月26日,郭国骥团队在nature发表了人类单细胞水平的细胞景观。文章题目为:Constructi...

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溃疡性结肠炎患者的细胞内和细胞间重排

当你的才华还撑不起你的野心时,请潜下心来,脚踏实地,跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴...

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