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多发性骨髓瘤发展过程中肿瘤和免疫细胞的共同进化

左边是所有的病人样本,采用了很多技术:10xWGS, scRNA, Bulk RNA, WES, WGS。至少一个样本同时利用了scRNA-seq和10x Ge...

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单细胞数据Seurat包的tSNE三维可视化

Seurat是目前单细胞数据分析最常用的软件之一,本文介绍下如何在Seurat里做三维的tsne计算以及进行可视化展示。

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你只能哭着说明明没有相关性

因为是转录组测序,所以基因表达量可以很容易根据物种对应的gtf文件进行蛋白编码基因和非编码基因的表达量拆分,前面的代码略过哈,我们直接看拆分好的两个表达量矩阵:

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任意细胞亚群的差异分析

如果你不知道basic.sce.pbmc.Rdata 这个文件如何得到的,麻烦自己去跑一下 可视化单细胞亚群的标记基因的5个方法,自己 save(pbmc,fi...

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进阶版—doplot可视化多个单细胞亚群的多个标记基因

如果你不知道 basic.sce.pbmc.Rdata 这个文件如何得到的,麻烦自己去跑一下 可视化单细胞亚群的标记基因的5个方法,自己 save(pbmc,f...

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不知道你的单细胞分多少群合适,clustree帮助你

如果你不知道 basic.sce.pbmc.Rdata 这个文件如何得到的,麻烦自己去跑一下 可视化单细胞亚群的标记基因的5个方法,自己 save(pbmc,f...

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多个单细胞亚群合并

很多时候,我们都没办法很快判断seurat默认聚类分群后的每个亚群的生物学命名,会短暂的把大家先归纳为一个大类,比如肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则,按照 :

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OSCA单细胞数据分析笔记7—Feature selection

绘制基因平均表达量(log转换)和方差的点图,拟合一条曲线,近似表示该表达量的基因受技术误差导致的方差。

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单细胞新药研发导论|| 数据之美

制药行业有着严格的监管和实验审批机制,一直是数据科学深入应用的领域。所有的新药上市之前,都要经过大量严格的临床前后试验以及数据分析。基于有限的实验数据进行建模和...

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单细胞新药研发导论|| 解锁人体屏障

药物的发现、设计、开发和上市是一项极其复杂的科学和社会工程,在得到新化学实体之后,往往需要考虑药物的有效性、安全性和可成药性。其实,新药研发已经有比较成熟的管线...

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单细胞新药研发导论|| 新药研发管线

这是《创新药物研发经纬》一书的前言部分提到的一款理想新药应具备的条件列表,其实这个列表还可以更长。虽然当我们谈起创新药物时多是指创新化学药物,但是目前生物药的比...

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单细胞分析十八般武艺11:xCell

单细胞初级8讲和高级分析8讲 单细胞分析十八般武艺1:harmony 单细胞分析十八般武艺2:LIGER 单细胞分析十八般武艺3:fastMNN 单细胞分析十八...

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子宫腺肌病在位内膜和异位病灶的单细胞转录组分析

背景 子宫腺肌病(Adenomyosis,AM)作为常见的妇科慢性良性疾病,其精确的发病机理尚不清楚。单细胞RNA测序(Single-cell RNA sequ...

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单细胞分析十八般武艺9:DoubletFinder

单细胞测序期望每个barcode标签下只有一个真实的细胞,但是实际数据中会有两个或多个细胞共用一个barcode的情况,业内称之为doublets或multip...

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提取单细胞亚群进行后续再分析

前面我们假设自己的生物学背景不够,所以不需要把T细胞分成 "Naive CD4 T" , "Memory CD4 T" , "CD8 T", "NK" 这些...

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单细胞亚群细胞数量不一致,如何实现抽样?

有人提问,他自己做单细胞的gsva, 细胞通讯,转录因子,拟时序, inferCNV这些分析,发现特别的消耗计算资源,因为项目很多,每个细胞亚群都是过万的细胞。...

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OSCA单细胞数据分析笔记6—Normalization

(4)然后根据每个细胞的细胞文库size factor对该细胞的所有基因表达进行归一化处理,即基因表达量除以细胞文库因子。这里的“一”就代表平均细胞文库大小。

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单细胞分析十八般武艺8:Garnett

单细胞初级8讲和高级分析8讲 单细胞分析十八般武艺1:harmony 单细胞分析十八般武艺2:LIGER 单细胞分析十八般武艺3:fastMNN 单细胞分析十八...

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单细胞分析十八般武艺7:CellChat

单细胞初级8讲和高级分析8讲 单细胞分析十八般武艺1:harmony 单细胞分析十八般武艺2:LIGER 单细胞分析十八般武艺3:fastMNN 单细胞分析十八...

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Barcoding || 海量单细胞的关键技术

故事要从第一届单细胞培训班开始讲起,还记得在讲完第一场单细胞技术简介及应用之后,问大家有没有什么问题可以讨论。有位老师问:请问什么叫Barcode?

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