生信马拉松 单细胞福利Day2

今天是讲作业+一个实战

1.读入h5文件的函数

data = Read10X_h5('.h5')

不用Read10X

2.不存在10X格式东西，只有csv文件的时候

ct <- data.table::fread('.csv',data.table = F)
ct = column_to_rownames(ct,"V1")
ct[1:4,1:4]

# 就用这个做后续的counts即可

3.没有基因名是不可以分析的，但是没有细胞名是无所谓的

今天曾老师还实战了一波现场装版本限制的monocle3包，手忙脚乱一直出岔子莫名其妙的样子竟然和菜鸟我本人平时遇到bug是一样的，瞬间心平气和对未来充满希望了(*￣︶￣)