给Seurat默认的气泡图开个美颜！

小洁忘了怎么分身

发布于 2026-02-04 11:20:52

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画图课程如火如荼的内测ing~~~大家的学习热情高涨，我们也在随时收集大家喜欢的图。今天的图是直播课学生许愿的:

在单细胞数据分析的江湖里，Seurat无疑是绝对的王者。但是呢，标准流程只是起点，美丽的图表任重道远~默认的dotplot图长这样：

默认的蓝紫色渐变、灰色的背景、还有那挤作一团的X轴标签，太基础啦。ps:加一个函数RotatedAxis()可以旋转45°，避免重叠。

在这张图的基础上，基于ggplot2和paletteer做一些个性化调整，给他变个身！

先上我们调试好的代码和效果预览：

rm(list = ls())
library(Seurat)
library(ggplot2)
library(paletteer)
# 加载已经注释好的Seurat对象
load("seu.obj.Rdata")

# 查看细胞类型，如果没有注释这里会显示样本名称或者是0、1、2...这样的编号
levels(seu.obj)
# 设置随机种子以保证结果可复现
set.seed(12281)
# 从Seurat对象中随机抽取10个基因用于演示
genes = rownames(seu.obj)[sample(seq_len(nrow(seu.obj)),10)]

# 画图
DotPlot(seu.obj, features = genes) +
  theme_bw() + 
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1), # X轴标签旋转90度并对齐
    plot.title = element_text(hjust = 0.5) # 标题居中
  ) +
  scale_color_paletteer_c(
    "ggthemes::Red-Blue-White Diverging", # paletteer包中的配色
    direction = -1# 反转颜色方向
  ) +
  ggtitle(paste0("All cells(n=", ncol(seu.obj), ")")) # 居中标题