分析梳理--分子动力学模拟的常规步骤六（Gromacs）

title = OPLS Lysozyme NVT equilibration; 体系名称，opls溶菌酶nvt平衡（随便设）
define = -DPOSRES; 告诉GROMACS运行位置限制性模拟
;Run parameters 运行控制参数
integrator = md ; 一种用于积分牛顿运动方程的跳跃式算法（md一般使用该算法）
nsteps = 50000 ; 2fs * 50000 = 100 ps 模拟步数，总模拟时间为nsteps*dt
dt = 0.002 ; 2 fs, 运行步长，单位为ps，我们这里为2 fs
;Output control 输出控制参数
nstxout = 500 ; 输出模拟坐标的频率(nstxout=500且dt=0.002,所以每1 ps输出一次)
nstvout = 500 ; 速度保存频率(1 ps)
nstenergy = 500 ; 能量保存频率(1 ps)
nstlog = 500 ; log文件输出频率(1 ps)
;Bond parameters 键约束参数
continuation = no ; 第一次运行模拟，将约束应用于启动配置并重置shell
constraint_algorithm = lincs ; 约束算法，比另一个shake算法更稳定更快
constraints = all-bonds ; 使用lincs约束所有键
lincs_iter = 1 ; LINCS算法精度，正常情况下为1，越大精度越大越耗时
lincs_order = 4 ; LINCS阶数，与精度有关，对于正常MD模拟，通常4就够了
;Neighboresearching 近邻原子列表参数
cutoff-scheme =Verlet；生成带有缓冲的对列表。（5.1后）没有水更快
ns_type =grid ；近邻列表的确定方法，适用于大体系
nstlist =10 ；更新近邻列表的频率。20 fs,在很大程度上与 Verlet 无关
rcoulomb =1.0 ；短程静电相互作用截断值(nm)
rvdw =1.0 ；范德华相互作用截断值(nm)
;Electrostatics 静电作用参数
coulombtype =PME ;Particle Mesh Ewald 长程静电作用计算方法
pme-order =4 ；使用四阶（三次）插值，此间距应使静电能精确到大约 5x10^-3
fourierspacing =0.16 ；傅里叶变换的格点间距
;Temperature coupling is on 温度耦合部分（非常重要，必须正确填写）
tccupl =V-rescale ；修饰的 Berendsen 温度耦合方法，将温度耦合到参考温度，可分组
tc-grps =Protein Non-Protein ；分组耦合-更精确
tau_t =0.1 0.1 ；耦合时间常数 (ps) 一个数代表一个组
ref_t =300 300；耦合参考温度 (K)，一个温度对应一个组

; Pressure coupling is on 压力耦合开关打开
pcoupl = Parrinello-Rahman ; NPT 的压力耦合校正器
pcoupltype = isotropic ; 指可以平均地向各个方向(x,y,z)膨胀/压缩以维持一定压力
tau_p = 2.0 ; 时间常数 (ps)
ref_p = 1.0 ; 压力耦合的参考压力 (bar, 1 大气压约为 0.983 bar).
compressibility = 4.5e-5 ; 溶剂压缩系数(4.5e^-5为水在 300 K 和标压下的压缩系数)
refcoord_scaling = com ; 使用压力耦合的缩放矩阵缩放参考坐标的质心。
; Periodic boundary conditions
pbc = xyz ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr = EnerPres ; 校正 vdw 作用
; Velocity generation
gen_vel = no ; 从轨迹中读取速度

gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -p topol.top -o npt.tpr -r nvt.gro -maxwarn 3 -t nvt.cpt

gmx mdrun -deffnm npt -ntomp 8

title = OPLS Lysozyme NVT equilibration; 体系名称，opls溶菌酶nvt平衡（随便设）
;Run parameters 运行控制参数
integrator = md ; 一种用于积分牛顿运动方程的跳跃式算法（md一般使用该算法）
nsteps = 50000 ; 2fs * 50000 = 100 ps 模拟步数，总模拟时间为nsteps*dt
dt = 0.002 ; 2 fs, 运行步长，单位为ps，我们这里为2 fs
;Output control 输出控制参数
nstxout = 5000 ; 输出模拟坐标的频率(nstxout=500且dt=0.002,所以每1 ps输出一次)
nstvout = 5000 ; 速度保存频率(1 ps)
nstenergy = 5000 ; 能量保存频率(1 ps)
nstlog = 5000 ; log文件输出频率(1 ps)
;Bond parameters 键约束参数
continuation = no ; 第一次运行模拟，将约束应用于启动配置并重置shell
constraint_algorithm = lincs ; 约束算法，比另一个shake算法更稳定更快
constraints = all-bonds ; 使用lincs约束所有键
lincs_iter = 1 ; LINCS算法精度，正常情况下为1，越大精度越大越耗时
lincs_order = 4 ; LINCS阶数，与精度有关，对于正常MD模拟，通常4就够了
; Pressure coupling is on 压力耦合开关打开
pcoupl = Parrinello-Rahman ; NPT 的压力耦合控压器
pcoupltype = isotropic ; 指可以平均地向各个方向(x,y,z)膨胀/压缩以维持一定压力
tau_p = 2.0 ; 时间常数 (ps)
ref_p = 1.0 ; 压力耦合的参考压力(bar, 1 大气压约为 0.983 bar).
compressibility = 4.5e-5 ; 溶剂压缩系数(4.5e-5 为水在 300 K 和标压下的压缩系数)
refcoord_scaling = com ; 使用压力耦合的缩放矩阵缩放参考坐标的质心。
; Periodic boundary conditions
pbc = xyz ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr = EnerPres ; 校正vdw作用
; Velocity generation
gen_vel = no ; 从轨迹中读取速度

gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_I.tpr -r npt.gro

gmx mdrun -deffnm md_0_I -ntomp 8