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新录制了一个Cytoscape整合富集分析和基因表达的网络图绘制
https
网络安全
视频（B站）或点击阅读原文： https://www.bilibili.com/video/BV1rD4y1272a?p=10 (B站还有更多cytoscape教程) 示例数据可从https://gi
生信宝典
2022-04-19
898
0
Nature methods | Alevin-fry， 一种高效准确的单细胞测序数据预处理工具
https
网络安全
github
git
开源
随着单细胞以及单核测序（single-cell and single-nucleus RNA-sequencing）的快速发展以及逐渐普及，越来越多的单细胞测序数据集在近几年不断的出现。这些数据集不仅有着成倍增加的细胞数量，也包括了更多维度的生物特征信息，这使得预处理单细胞测序数据的所需的时间不断增加。例如，10x Genomics的官方预处理软件CellRanger有时需要几十个小时来处理一个单一数据集。虽然目前有些轻量化工具可较快的处理单细胞测序数据，比如kallisto｜bustools 和alevin，但轻量化工具的假阳性和准确性问题一直有待解决。
生信宝典
2022-04-19
629
0
Cell：粟硕/施莽团队利用宏转录组揭示“野味”动物携带和人类疾病密切相关的多种病毒
网络安全
2022年2月16日，南京农业大学粟硕教授团队与中山大学医学院施莽教授团队等单位共同合作在Cell杂志上发表题为 “Virome characterization of game animals in China reveals a spectrum of emerging pathogens”的研究论文。
生信宝典
2022-03-27
219
0
NAR再版 | 人类长非编码RNA知识库LncRNAWiki 2.0
https
网络安全
LncRNA在哺乳动物中大量转录，通过复杂多样的分子机制在多种生物学过程发挥重要功能，与人类疾病的发生发展密切相关。近些年，lncRNA成为基因组学与生物信息学领域的研究热点，涌现出大量研究成果。然而，丰富的lncRNA知识分散在文献中，使得获取、整合、统计及解析这些信息变得费时费力。尽管目前已开发了一些lncRNA知识库，为深入研究lncRNA提供了支持，但多数知识库专注于某一方面的注释，如疾病、互作、生物学功能、临床信息、亚细胞定位及发育过程。
生信宝典
2022-03-27
328
0
国家生物信息中心开发DNA甲基化芯片数据标准化方法—GMQN
硬件开发
https
网络安全
过去十年来，由于DNA甲基化芯片技术的不断发展以及测序成本的快速下降，DNA甲基化芯片数据呈现爆发式增长。这些数据是表观基因组关联研究（Epigenome-Wide Association Studies，EWAS，NAR| 表观组关联分析数据库 - EWAS Data Hub）的宝贵资源，为基于大规模整合分析的EWAS研究提供了数据支撑。然而，在整合公共DNA甲基化芯片数据时，不得不面对两个棘手的问题。首先，公共数据样本量大且增长速度快，必须要考虑大数据整合中的N+1问题。其次，大多数公共数据没有提供原始数据。因此，无法获取control探针和OOB (Out Of Band)探针的信息，而这两类探针的信息是目前绝大多数DNA甲基化芯片标准化方法必须的。
生信宝典
2022-01-19
369
0
随机森林预测发现这几个指标对公众号文章吸粉最重要
编程算法
https
网络安全
公众号后台记录了发表过文章的各项阅读指标包括：内容标题，总阅读人数，总阅读次数，总分享人数，总分享次数，阅读后关注人数，送达阅读率，分享产生阅读次数，首次分享率，每次分享带来阅读次数，阅读完成率。
生信宝典
2022-01-19
889
0
WGCNA分析，简单全面的最新教程（在线做，但也需要懂原理）
https
网络安全
编程算法
加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度协同变化的基因集, 并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗靶点。
生信宝典
2022-01-18
19.3K
6
2000+引用的fastp推出重磅更新，再提速一倍！
https
编程算法
网络安全
NGS数据分析的第一步永远是质量控制和预处理，以往类似的软件功能单一，速度慢，体验不佳。
生信宝典
2022-01-18
442
0
非度量多维排列 NMDS (Non-metric multidimensional scaling)分析
https
网络安全
html
css
数据分析
多维排列 (Multidimensional scaling,MDS)是可视化多变量样品(如多个物种丰度、多个基因表达)相似性水平的一种方法。其基于距离矩阵进行一系列的排序分析。
生信宝典
2022-01-18
4.3K
0
Adonis结果P值小于0.05，一定代表两组样品物种构成差异显著吗？
https
网络安全
github
git
开源
PERMANOVA原理解释：这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著！
生信宝典
2022-01-18
1.6K
0
你的adonis用对了吗？不同因素的顺序竟然对结果有很大影响
https
网络安全
github
编程算法
git
PERMANOVA原理解释：这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著！
生信宝典
2022-01-18
2.1K
0
画一个带统计检验的PcOA分析结果 （再进一步，配对比较）
https
网络安全
github
git
开源
PERMANOVA原理解释：这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著！
生信宝典
2022-01-18
1.1K
0
这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著！
https
网络安全
github
git
开源
了解了基本概念 方差分析中的“元”和“因素”是什么？ 下面我们看下PERMANOVA。
生信宝典
2022-01-18
1K
0
Time除了监控程序运行时间还能干这个？
https
网络安全
编程算法
linux
bash
那如果我们想监控程序的运行内存怎么办？我们可以调用系统的time，而不是bash的time，什么区别呢？
生信宝典
2022-01-18
260
0
人的“肥胖”基因FTO可促进水稻和土豆增产50% - 中国粮食、中国饭碗
https
网络安全
随着世界人口的快速增长，至2050年粮食产量需要再增加50%才能完全满足需求，如何进一步提高作物产量是亟待解决的严峻问题。加之近年来全球气候变暖、土地干旱半干旱加剧、极端天气等也给粮食安全带来巨大挑战。与此同时，土地沙漠化和荒漠化严重，对大自然和人类健康的危害也在日益加剧，如何打造“山水林田湖草”的整体生态文明的同时能提供更多的植物原材料也是亟待解决的问题。我国科学家在传统作物杂交育种和新分子育种提高作物产量方面作出巨大贡献，但依然迫切需要新技术应对未来的粮食挑战、森林草原修复和提供足够的植物原材料等问题。
生信宝典
2022-01-18
698
0
遇到这个工具前我都是建议文章写好就先投Cell？
腾讯云开发者社区
https
python
网络安全
最不费脑袋的方法是从Cell开始投，然后Nature, Science, Nature Biotechnology, …, Nature communication, Science advance, Cell report, …, Bioinformatics, BMC xxx, …, PlOS one, Scientific report, …, 然后被某些公众号都拒收了。
生信宝典
2022-01-18
561
0
AlphaFold2开源了，不是土豪也不会编程的你怎么蹭一波？
https
网络安全
容器镜像服务
github
git
2020年，AlphaFold2在CASP14蛋白质结构预测关键评估大赛中夺得透明，其预测的大部分结构达到了空前的准确度，不仅与实验方法不相上下，还远超解析新蛋白质结构的其他方法。
生信宝典
2022-01-18
243
0
ROC和AUC也不是评估机器学习性能的金标准
http
https
网络安全
对于不平衡数据集，AUC值是分类器效果评估的常用标准。但如果在解释时不仔细，它也会有一些误导。以Davis and Goadrich (2006)中的模型为例。如图所示，左侧展示的是两个模型的ROC曲线，右侧展示的是precision-recall曲线 (PRC)。
生信宝典
2022-01-18
959
0
诺奖技术和高通量筛选双双找到新冠病毒的脉门
https
网络安全
go
病毒依赖于其感染的细胞进行自身复制和进一步地入侵细胞、感染其它个体（用白眼狼称呼病毒不足为过）。病毒生命周期中一个重要的环节是根据其基因组指导合成新的病毒蛋白。这依赖于病毒感染的细胞中的核糖体作为蛋白合成机器。
生信宝典
2022-01-18
273
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Cibersort免疫浸润的在线分析及R语言代码实现
编程算法
https
网络安全
上期展示了ESITMATE（基于转录组数据）计算免疫得分和肿瘤纯度的一个例子，详见ggplot2实现分半小提琴图绘制基因表达谱和免疫得分。实际上计算肿瘤纯度的方法还有InfiniumPurify(基于甲基化数据)、ABSOLUTE（基于体细胞拷贝数变异）、PurityEst（基于突变数据）等等，而计算免疫浸润的有Cibersort、ssGSEA、TIMER等算法。
生信宝典
2022-01-18
3.2K
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