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生信技能树

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让你购买云服务器学Linux你居然给我安装了一个Windows
一个粉丝邮件联系我说自己下个月就要开始处理单细胞数据,怕我们的马拉松生信入门课程来不及,因为第三周才是Linux,月底才到转录组,下个月初她自己拿到了单细胞转录组数据肯定是没办法处理。所以希望我给她Linux服务器账号和密码,先跟着公开课学习,但是我推荐了腾讯云服务器后才分析对方花了一个晚上加上半个白天才搞定服务器的ssh连接,这个折腾的心路历程值得分享!
生信技能树
2022-07-26
1.3K0
一个太少但100个太多
其实这个项目背后的故事还有很多,我安排给一个萌新负责跑这个流程。因为确实超级简单,我写了一个脚本,文件名是 run-cellranger.sh ,内容如下所示 :
生信技能树
2021-02-03
6290
非零状态仅仅是一个表明的报错
首先使用 sudo R 命令来打开R(因为我就是管理员,所以可以sudo),然后输入下面的R代码:
生信技能树
2021-01-18
9280
Linux系统shell环境下的通配符远比我想的复杂
其中一台服务器里面有一个用户,提出来了一个无理要求,想把他的用户目录全部清空,包括环境变量等隐藏文件。
生信技能树
2020-11-03
1K0
底层架构真的折磨死个人(急,在线等)
本来是4~8个小时就可以跑完的,在Windows的内置ubuntu子系统运行了30个小时还看不到希望,果断杀掉进程!
生信技能树
2020-08-07
1.5K0
学员分享-aspera踩坑记录
19年开学的时候是打算自学,偶然间发现生信技能树,然后在b站上看了生信技能树的视频,基础不够,看了一部分R语言的相关视频就没有继续看下去了。我在天津上学,一开始还想等生信技能树来天津然后报线下课,由于这次疫情的我,有机会上了线上班。我是第五期学员,现在已经是上完课的状态,虽然自己上完课了依旧很菜,但是至少让我有勇气,有底气觉得自己有一点点入门的希望,有可以让自己继续学下去的勇气。也把如此好的课程推荐给大家,生信技能树官方举办的学习班:
生信技能树
2020-07-21
1.9K0
一波三折终于安装上了托管在GitHub的几百M的R包
好像很久没有发布学员笔记了,可能是因为自己写教程写的太勤奋了吧,不过确实也需要偶尔给其他朋友一下表现自己的机会哈!
生信技能树
2020-07-14
1.2K0
看优秀本科生如何一周内学会Linux进而搞定RNA-seq上游分析
我是武汉大学基础医学专业第一届的学生,2016年9月刚进大学的时候就选了导师进入实验室接受科研训练。虽然我们实验室不是专门做生物信息学的,但第一次和导师正式交流的时候,她就建议我要学点生信。(巧合的是2016年9月也是生信菜鸟团转型生信技能树的时间点,如果所有的导师都如此明智就好了)
生信技能树
2020-04-14
6.4K1
服务器集群任务调度系统大比拼!
普通刀片节点配备 两颗 Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2692 v2 @ 2.20GHz 共24物理核,内存为64G 调度系统为 Slurm, 以下为常用指令
生信技能树
2019-06-05
5.2K0
如何从看不懂Dockerfile到创建自己的镜像
开始了解Docker是健明的一篇文章跟着jimmy学docker系列之第2讲:一个软件一个容器,那时正在研究虚拟机(Virtual Machine),发现Docker更适合现在的需求,就从基本概念和操作命令开始学习。前期顺风顺水直到看了胡博士的文章,对其Dockerfile的内容有很多不理解,后来明白Docker并不是单一独立的存在,你想要创建的镜像集成了所需的环境、软件、数据库以及脚本等,是生信处理能力的综合性体现。
生信技能树
2019-03-07
2.7K0
用Modules优雅地管理服务器的环境变量
在我管理的基因组学群里,今天有人提出了这样一个问题,如果有多个版本的BLAST,并且都是用conda安装,应该如何调用不同版本的BLAST
生信技能树
2018-12-07
1.8K0
生物信息学技能面试题(第4题)-多个同样的行列式文件合并起来
相信用过htseq-count的朋友都知道,它是分开对每个样本计算所有的基因表达量,所以会生成一个个独立的文件,我用perl脚本模仿它的结果如下: $ head a.txt gene_1 178 gene_2 692 gene_3 486 gene_4 666 gene_5 395 gene_6 48 gene_7 926 gene_8 733 gene_9 660 gene_10 578 第一列是基因,第二列是该基因的counts值,共有a~z这26个样本的counts文件,需要合并成一
生信技能树
2018-03-08
1.7K0
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