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用shell脚本实现转录组测序中解压-比对-计算基因表达量一体化

这个脚本需要的软件有：hisat2，SRA-toolkit，samtools，htseq-count 有兴趣的同学可以自己去下载并安装好，记得要配置好环境变量！脚本所用到的参考基因组可以从hisat2官网下载，参考基因组注释文件可以从gencode数据库下载脚本如下 #!/bin/bash #把sra文件都存放在Sra文件夹里面 #参考基因组和注释文件都在hg19文件夹里面 #qiujunhui 1801963472@qq.com mkdir Fastq_out #创建一个存放SRA-toolkit解

戈贝尔光和热

2018-12-27

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shell脚本统计磁盘分区使用率

shell脚本统计磁盘分区使用 #!/bin/bash #统计磁盘分区使用率 rate=$( df -h | grep "/dev/sda1" | awk '{print $5}' | cut -d "%" -f1 ) #把分区使用率作为变量赋值给rate if [ $rate -le 80 ]; then echo"It's Ok!" else echo"Warning /dev/sda1 is over 80%!" 使用率可以自己修改全文结束,欢迎在评论区讨论~

戈贝尔光和热

2018-12-27

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shell脚本俄罗斯方块

邱俊辉123 分类：生物化学·时间：2018-09-26 23:45:49·阅读：71

戈贝尔光和热

2018-12-27

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