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Hisat2官网上人类基因组索引的下载
数据处理
Hisat2是现在很流行的主流比对软件,在现实生活中的mRNA-seq中,有很多时候我们需要将拿到的转录组与参考基因组进行比对 。与大多数比对软件一样,在进行比对前需要先建立参考基因组的索引,遇到比较大的参考基因组时如人类基因组,建立索引可能要耗费很长时间。 但是Hisat2为我们考虑到了这一步,在其官网上有现成的人类基因组的索引文件,我们只需将索引文件下载下来便可开始比对 如 下载GRch38的基因组索引
戈贝尔光和热
2018-12-27
3.5K
2
tophat2+cufflinks转录组测序实例(2)——原始数据的处理
数据处理
[tophat2+cufflinks转录组测序实例——原始数据的获取] (http://www.biocoder.cn/content/62/) 我们在NCBI上获取的数据 要想把下载的原始数据以sra格式结尾的文件给tophat2识别并进行比对,就要将sra格式解压为fastq格式 SRA toolkit 代码如下
戈贝尔光和热
2018-12-27
910
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