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生信修炼手册

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好看的桑基图是如何炼成的!
Sankey Diagram, 也叫做桑基图,是一种展示数据流的可视化方式,一张典型的桑基图示例如下
生信修炼手册
2022-06-09
1.5K0
numpy中生成随机数的技巧汇总
numpy.random是numpy的一个子模块,用于生成随机数,在新版的numpy中,有以下两种生成随机数的方式
生信修炼手册
2020-06-17
4K0
ChAMP分析甲基化芯片数据-QC篇
在数据导入阶段,会在探针水平做一些过滤,然后得到探针的表达谱数据。导入成功之后,接下来就可以看下QC 情况。
生信修炼手册
2020-05-11
8600
SnpSift学习笔记(二)
本篇主要介绍interval, intidx, split, extractFields这四个命令。
生信修炼手册
2020-05-11
1.7K0
bismark 识别甲基化位点
p代表磷酸二酯键,CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。H代表除了G碱基之外的其他碱基,即A, C, T中的任意一种,CHG代表甲基化的C下游的2个碱基是H和G, CHH表示甲基化的C下游的两个碱基都是H。
生信修炼手册
2020-05-09
1.6K0
揭秘转录组分析中的融合基因鉴定
对于疾病或者肿瘤相关的转录组数据,除了进行基础的差异分析外,还可以从可变剪切,融合基因,SNP等各种角度挖掘相关的信息,本文主要介绍下转录组中的融合基因鉴定。
生信修炼手册
2020-05-08
1.2K0
没有生物学重复怎么办,pseudo replicates了解一下
对于ATAC_seq, chip_seq等蛋白富集型实验而言,设置生物学重复是非常有必要的,通过IDR软件合并生物学重复的peak calling结果,可以得到更加稳定,更具代表性的peak。生物学重复的必要性不言而喻,但是对于某些特殊样本,确实没有生物学重复该怎么办呢?
生信修炼手册
2020-05-07
8760
X染色体的基因型填充
在所有的基因型填充软件中,都会区分常染色体和X染色体,分别进行填充,为何对于X染色体要单独处理呢?
生信修炼手册
2019-12-19
8880
使用lumpy进行CNV检测
每种算法都要其优势和不足之处,综合运用多种策略有助于提高检测的灵敏度,lumpy就是这样一款软件,集合了read-pair,split-read,read-depth, 等多种策略来预测CNV,文章链接如下
生信修炼手册
2019-12-19
2.5K0
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