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NicheNet ||细胞间相互作用分析
github
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开源
网络安全
NicheNet（https://github.com/saeyslab/nichenetr）是一个计算不同细胞间相互作用的R包，通过细胞的表达数据与已知的信号和基因调控网络的相结合，预测相互作用细胞之间的配体-受体作用。通过将NicheNet应用于肿瘤和免疫细胞微环境数，可以推断出活性配体及其对相互作用细胞的基因调控作用。
生信编程日常
2020-12-01
2.2K
0
github 访问ping不通的解决办法
github
git
开源
网络安全
tcp/ip
github经常ping不通或者访问缓慢，参考特立独行MVP的帖子，问题得到了解决，记录一下，毕竟，这种问题每隔一段时间就会发生。 方法是更改hosts文件
生信编程日常
2020-08-17
11.4K
0
kallisto --genomebam报错解决（GTF文件的坑）
github
min
ode
position
shift
最近用kallisto回帖到基因组上看比对情况的时候，发现出现过两种错误（版本0.46.1结果错误，0.46.2会直接error），记录下解决方案。
生信编程日常
2020-08-11
813
0
UMAP的初步了解及与t-SNE的比较
github
https
git
开源
网络安全
降维是机器学习中的可视化和理解高维数据的强大工具。t-SNE是最广泛使用的可视化技术之一，但其性能在大型数据集中会受到影响。
生信编程日常
2020-07-02
3.5K
0
kallisto比对参考转录组
github
bash
git
开源
bash 指令
kallisto是2016年发表在Nature Biotechnology上的一个比对工具，可以将bulk或者single-cell RNA-Seq数据的序列直接比对到转录组，然后进行转录本鉴定及定量。
生信编程日常
2020-06-23
2K
0
让命令行参数更简洁—google-fire库
python
github
git
开源
在python中使用命令行参数一般会用argparse库，不过Google的Fire库可以让我们更加方便。现在GitHub上已经有16k多star和1k fork，链接：https://github.com/google/python-fire/blob/master/docs/guide.md
生信编程日常
2020-04-09
594
0
Github入门
github
众所周知，GitHub 是为开发者提供 Git 仓库的托管服务。这是一个让开发者与其他人共享代码的完美场所。
生信编程日常
2020-04-01
517
0
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