细胞通讯分析相关软件工具也不少了，但是缺乏一个综述文章，或者说一个benchmark文章，对这些工具进行测评。...研究者们为了系统地研究蜕膜-胎盘界面中胎儿和母体细胞之间的相互作用，作者开发了一个配体-受体相互作用的数据库（www.CellPhoneDB.org），该数据库可以预测分析不同细胞类型之间的分子相互作用...，但是Python本身这个语言比较奇葩，对初学者来说各种版本冲突很膈应人，所以直接为CellPhoneDB创建一个独立的conda环境，是一个比较好的解决方案，如下所示： # 创建名为cellphonedb...的虚拟环境 conda create -n cellphonedb python=3.7 # 激活虚拟环境 conda activate cellphonedb # 在虚拟环境中下载软件 pip install...如果你确实觉得我的教程对你的科研课题有帮助，让你茅塞顿开，或者说你的课题大量使用我的技能，烦请日后在发表自己的成果的时候，加上一个简短的致谢，如下所示： We thank Dr.Jianming Zeng
p /tmp/test 这样，Conda就为你生成了一个在/tmp/下叫test的虚拟环境，并且环境里的python版本是3.6。...激活 激活一个虚拟环境，就需要用bin下的activate： conda activate /tmp/test 其中，/tmp/test是虚拟环境的路径，可以从conda list中查看。...如果成功，当前python应该指向的是/tmp/test/bin/python 安装依赖 激活一个Conda的虚拟环境后，安装依赖主要用以下命令： conda install xxx 这条命令主要从默认的频道中去寻找...要注意，Conda里有频道的概念，类似电视机买回来一般都有个默认频道一样，默认的Conda有一个defaults的频道。...环境恢复使用命令： conda env create -n revtest -f=/tmp/env.yml 这里比较关键是导出的yaml文件，通过编译器查看可知，其是一个标准的yaml文件。
可重复的生信分析一直是未来的趋势。如果实现可重复的生信分析，关键在于分析软件版本的控制，一致的环境设置还有良好的分析流程的记录。Conda可以说是版本控制和生信工具安装的一大神器。...它是一个数据科学平台，其中包含许多软件包（有点太多了个人认为）。 什么是Miniconda? 就如其名，Miniconda是Conda的最小安装程序。...的环境管理 相信大部分的小伙伴对上面提到的分析都应该了如指掌了，但是conda在可重复的生信分析中，究竟能起到一个什么的作用，下面请听我细说： 什么是Conda的环境?...其环境有什么用？ 使用Conda，你可以为某个项目或者某个分析创建一个独特隔离的环境。换个意思，所谓的环境就是一组可在一个或多个项目中使用的软件包。Miniconda的默认环境是base环境。...通过保存的不同的YML环境文件，我们可以清楚，方便的管理conda的每一个环境。
”，一种从照片中提取材料的纹理、高光和阴影的方法，并通过数字再现环境的照明和反射。...然而，恢复空间变化的双向反射分布函数的四个变量的功能，定义了光如何在一个不透明的表面反射到一个基于这些线索的图像上，这是几十年来计算机图形学的研究人员一直在挑战的问题。...我们通过训练一个深层神经网络来自动提取和理解这些视觉线索，来解决这个问题。” 研究人员从大量样本开始。...为了最小化地图值之间的可变性，他们制定了一个“相似性度量”，将预测地图的渲染与地面实况测量的渲染进行比较。...为了确保输出图像的一致性，他们引入了第二种机器学习模型，它将从每个像素提取的全局照明（即从表面反射的光）与本地信息相结合，促进了研究人员写的“来回”在遥远的图像区域之间交换信息。
打开notebook jupyter notebook PS： 有时候第1步，安装完ipykernel后，打开jupyter notebook,就自动检测到本地的conda环境的....所以可以安装完ipykernel后，先打开jupyter notebook看看有没有自动检测到了自己的conda环境： ?...补充知识：jupyter notebook根据conda环境创建内核 conda create -n 环境名称 python包或R 进入环境 安装包 然后 conda install ipykernel...我使用的是一个服务器（Ubuntu16.04）上的普通账户，anaconda由管理员安装在了根目录下。...，希望能给大家一个参考。
前言 在日常开发中可能会遇到这样的问题 新入职第一天不是在熟悉公司项目，而是在安装开发环境（搭建开发环境耗时） 在本地开发完一个功能，测试没问题，而部署到服务器上就跑不起来了（环境不一致） 在调试某个功能时发现自己这边跑不通...，而同事那边没问题（环境不一致） vagrant+virtualbox 的出现，成功的解决了搭建开发环境耗时且不一致的问题 vagrant box镜像同时支持Windows、Mac和Linux 一次安装...，快速分发 可以给新入职的同事分分钟部署一个和大家一样的开发环境 使用简单 vagrant up ⬅️启动虚拟机 vagrant ssh ⬅️登陆虚拟机 vagrant reload ⬅️重载虚拟机，Vagrantfile...，和普通服务器操作一致 #搭建一个和服务器一致的开发环境 备份 #进入项目目录 cd PhpstormProjects #打包（会在当前目录生成一个package.box，根据个人需要把它移动到合适目录...） vagrant package 恢复备份 #box列表，查看已有的box vagrant box list #移除名称为php的box（box移除后，还需要手动删除virtualBox中的虚拟机）
Conda是广为熟知的包管理器和虚拟环境管理器。...最近我在Github上找到一个项目花费了3天时间在服务器A上，配好了环境并跑通了模型，但由于服务器A短时间我用不了，于是自己就在另一台服务器上配环境，无奈配了一天也还是没配好，索性就上网了解到了 Conda...要想使用 conda-pack 包对环境打包实现环境迁移，我们需要提前安装一下 conda-pack包，conda-pack包是一个命令行工具，主要用于打包conda环境（包括环境中安装的软件包的所有二进制文件...），此方法最好的地方就是 在没有网络的情况下仍可实现环境的复现，简直不要太优秀，下面说一下使用 conda-pack 的具体操作。...未经允许不得转载：肥猫博客 » 掌握Conda环境迁移的几种方式，从此不在重复配环境
在想要运行的某个conda环境下特定的R版本 首先，安装jupyter conda install jupyter 打开这个环境下的R,并安装IRkernel install.packages('IRkernel...') 然后在R的命令行里激活 IRkernel::installspec() 打开jupyter，此时出现了R的选项，就可以用这个环境下的R了。...还可以通过jupyter代码框中运行.libPaths()查看是否是想要的R环境。....libPaths() Jupyter 还可以让你在同一个代码框，同时写python代码和R代码的方法——rpy2详情参考：在python中使用R—rpy2包学习 欢迎关注生信编程日常~
非常好用 1、确认你已经激活了虚拟环境。在终端或命令提示符中输入以下命令激活虚拟环境： conda activate myenv 其中，myenv是你创建的虚拟环境名称。...如果虚拟环境已激活，你会看到虚拟环境名称出现在命令提示符的开头。 2、确认你已在虚拟环境中安装了jupyter。...在已激活的虚拟环境中，使用以下命令安装jupyter： conda install jupyter 3、确认你已经在jupyter中注册了虚拟环境。...在已激活的虚拟环境中，使用以下命令注册虚拟环境： python -m ipykernel install --user --name=myenv 其中，myenv是你创建的虚拟环境名称。...这个命令将在jupyter中注册一个新内核，使得jupyter能够使用你的虚拟环境。如果你已经注册了内核，您会看到一个包含你的虚拟环境名称的选项卡在jupyter的右上角。
p=14899 您有了一些代码，数据和一个不错的结果，现在需要与您的协作者（或主管）进行交流了。你该怎么做？...值得庆幸的是，现在有一个更好的方式来写报告，用包 knitr，并称之为通用文档转换程序 pandoc。...现在还可以将您的解释（阶段4）与R代码（阶段2）和结果（阶段3）结合起来，以生成美观，独立且可重复的报告。这些共同为希望节省时间和进行可重复研究的科学家提供了强大的工具集。...knitr 报告 该 knitr 软件包的编写是在单个文档中结合了RMarkdown和R代码的元素 。从一个例子开始。...因此，有了它，您便可以使用一组工具在R中进行可重复的研究。
今年年初Gaoice借了一台配置还不错的电脑，不过电脑的主人说不能修改系统（你说一个win7我怎么折腾），正好Gaoice刚买了一块M.2爱国者256GSSD，加上一个硬盘盒，于是……就拿它做一个可移动的系统盘吧...需要准备的东西：一个USB3.0或更高的硬盘且容量不小于50GB（不建议U盘，因为大量的读写恐怕U盘撑不住）（传输速度在100MB/s以上），一台有USB3.0或更高的接口的电脑，还有脑子一个（硬盘建议固态...） 嗯，首先我们要有一个准备安装在盘里的系统镜像，个人建议是Windows10或者Windows11，因为我不确定以前的版本是否支持WTG（Windows To Go） 下载镜像就上MSDN吧，都是纯净的镜像...然后需要我们使用一个软件Dism++，下载地址 首先我们找到文件>释放镜像 分别选择要释放的镜像和要安装的盘（建议空盘） 然后会有一个提示 确定，然后等待释放即可 完~
中create一个环境： 在建环境之前如果没有用thu的镜像，create会很慢，所以在create之前： conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn.../ conda config --set show_channel_urls yes 现在create 环境 conda create -n XXX python=3.6 其中XXX是你对环境起的名字...安装好后打开anaconda navigator，将base改为tensorflow 以下是以后会用到的对虚拟环境的操作： 查看虚拟环境 conda env list conda info -e 使用虚拟环境...Linux：source activate env_name Windows：[conda] activate env_name 退出虚拟环境 Linux：source deactivate Windows...：[conda] deactivate 删除虚拟环境 conda remove -n env_name --all pycharm中使用特定的conda虚拟环境 Pycharm找到设置： 参考链接
实际上，开发容器是一种功能齐全的开发环境，它可以被共享、进行版本控制、可重复使用、自文档化，并且只要在使用中，它就是最新的。开发容器就像拉面：只要加入热水就可以吃了。 本文也不是教程。...构建一个完整的开发容器是一个持续迭代的过程，取决于具体的项目。相反，我将向读者介绍什么是开发容器、开发容器的使用，以及借助开发容器为团队构建可重用的开发环境是一种怎样的体验。...重现问题 当团队中的大多数人都在使用开发容器时，它的最大好处就会显现出来。你是否曾经遇到过团队中某个开发人员突然遇到了别人都没注意到的问题？...这为我提供了一个可移植的、可复制的开发环境，但不是为了部署。 但这并不意味着开发容器和部署容器的配置就不能共享一些共同的部分。因为本文的篇幅所限，这里不能再展开描述了。...你可以有一个可移植的、可复制的开发环境，它可以跟随你从一台机器搬到另一台机器，甚至到云端。你可以在一小时内让新员工上手，而不是几天。你可以更容易地为开源项目做出贡献。
接下来的文章里，我们先来聊聊如何在 Linux 环境中，快速安装配置各种可维护的语言环境。 写在前面 在开始聊如何做之前，我们首先要了解为什么要这么做。...我知道有不少同学有安装好环境之后，然后持续使用一个环境，并“天长地久”的用下去的习惯。...•尽可能参考“基础架构即代码（IaC）”的思想去维护我们自己的开发环境，让我们所使用的内容，尽可能配置化，透明化，可复现。...Golang 环境验证：GoJieba 在完成环境配置之后，我们使用一个比较实用的 Golang 项目（https://github.com/yanyiwu/gojieba），来验证环境是否“好用”。...，我们将在程序目录得到一个名为 main 的可执行文件。 手动执行命令 ./main，不出意外，将得到和上面 run 一样的输出结果。至此，Golang 环境验证也就结束啦。
接下来的文章里，我们先来聊聊如何在 Linux 环境中，快速安装配置各种可维护的语言环境。写在前面在开始聊如何做之前，我们首先要了解为什么要这么做。...我知道有不少同学有安装好环境之后，然后持续使用一个环境，并“天长地久”的用下去的习惯。...尽可能参考“基础架构即代码（IaC）”的思想去维护我们自己的开发环境，让我们所使用的内容，尽可能配置化，透明化，可复现。...Golang 环境验证：GoJieba在完成环境配置之后，我们使用一个比较实用的 Golang 项目（https://github.com/yanyiwu/gojieba），来验证环境是否“好用”。...，我们将在程序目录得到一个名为 main 的可执行文件。手动执行命令 ./main，不出意外，将得到和上面 run 一样的输出结果。至此，Golang 环境验证也就结束啦。
这项研究描述了一种构建神经接口的新方法，包括可贴合的薄膜电极阵列和微创手术输送系统，它们共同促进以双向方式与大部分皮质表面进行通信（实现记录和刺激）。...(插图)在一个完整的 529 通道阵列上记录通道的体外（左）和体内（右）阻抗图，以 1 kHz 测量，每个电极尺寸的显微镜图像作为参考。激励和地面通道在图中以缺口表示。...(c) 1 kHz时体内和体外阻抗的比值图，显示植入后大部分阵列的最小变化。...也可以通过一个狭缝插入多个阵列。 图4 5 神经记录 植入阵列采用多种模式进行多通道神经记录，捕捉自发皮层电活动(图5b)以及体感诱发电位(图5e)和视觉诱发电位(图5f)。...6 神经解码 通过自发活动和诱发电位，我们可以深入了解这个系统在神经解码中的作用。图6显示了自发神经活动的程度，从一个给定阵列上采样的参考位点记录的活动，与同一阵列上其他位点同时记录的活动相关程度。
--all #更新所有包 卸载包 conda remove package_name 搜索不清楚名称的包 conda search search_term conda 重现环境 使用conda...管理python一个重要的考量就是可迁移性，conda 提供了几种方法用于重现某个conda 环境。...Clone 上文介绍过这个命令，用于本地重现某个环境 conda create --name new_env --clone old_env Spec List 相同操作系统的计算机之间复制环境...environment.yml 仅列出了软件包名称，由 conda 基于软件包的名称构建环境。 另一个区别是 -export 还包括使用pip安装的软件包，而 spec list 则没有。...注意：如果当前路径已经有了 environment.yml 文件，conda 会重写这个文件 Conda Pack 上述两种重现的方法都基于记录当前环境包信息，到新机器重建的思路。
安装成功后需要更新系统环境变量文件 source ~/.bashrc 安装好conda后需要设置镜像。...使用conda新建rmats环境 记住，是新建rmats环境 ，然后在rmats环境 里面去安装rmats软件哦，代码如下： conda create -n rmats conda activate...install -c bioconda rmats=4.1.1 需要仔细查看安装rmats这一个软件，我们的conda需要做的工作 ： The following NEW packages will...如果你确实觉得我的教程对你的科研课题有帮助，让你茅塞顿开，或者说你的课题大量使用我的技能，烦请日后在发表自己的成果的时候，加上一个简短的致谢，如下所示： We thank Dr.Jianming Zeng...十年后我环游世界各地的高校以及科研院所（当然包括中国大陆）的时候，如果有这样的情谊，我会优先见你。
2023年8月28日 Go生态洞察：完美可重现，经过验证的Go工具链 ️ 摘要 猫头虎博主来啦！今天我们深入探讨开源软件的一大优势：可重现性。搜索词条：完美可重现、经过验证的Go工具链。...在Go 1.21版本中，我们迎来了首个具有完美可重现构建的Go工具链，这一进步对于加强供应链安全至关重要。让我们一起揭开Go工具链可重现性背后的神秘面纱吧！...Go 1.21是首个实现完美可重现构建的Go工具链，这是一个重要的里程碑。 正文 ️ 构建可重现的必要性 计算机通常是确定性的，但许多构建工具却无意中纳入了我们通常不会意识到的相关输入。...Go 1.10中的可重现性 Go 1.10引入了一个内容感知的构建缓存，它根据构建输入的指纹来决定目标是否是最新的，而不是依赖于文件修改时间。...有关如何使您自己的软件构建可重现的更多信息，可以参考可重现构建项目。 本文已被猫头虎的Go生态洞察专栏收录，详情点击这里。
这是我在一个外文网站上看到的一篇博文,作者通过50行代码写出了区块链的简化版本.麻雀虽小,但是五脏俱全.我觉得通过实践,这是了解区块链的一个好的方式.于是我将代码实现了下.并且通过这篇文章,说说我读这个代码的时候的思路...在这串代码里我们主要使用了两个库.这两个库都是python里边自带的,一个是hashlib,这个库里边提供了主要的摘要算法.比如MD5和SHA等.另外一个库是datatime模块.这个模块是python...里提供时间日期的模块.在区块链里边,每个区块都需要储存一个时间戳(也就是当前的时间)和一个索引.因此这个库为我们提供了使用的工具. 1:初始化函数 首先我们定义区块链的初始参数,我们这里因为是最基本的区块链...和比特币一样，每个块的散列将是块的索引，时间戳，数据和前一个块散列的散列的加密散列.然后我们去使用hexdigest返回一个16进制的加密结果. ?...5:调用函数区块链本身就是一个简单的Python列表。列表的第一个元素是创世区块。当然，我们需要添加后续的块。由于这个例子是最小的区块链，我们只会添加100个新区块。
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