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2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记

跳过就好,你一行行run之后,最后面library代码运行没有error就好了 网络是国外 那就重启一Rstudio,然后跳过前面option 代码 老师这个包我装上,把包下下来本地装也装上...,另外,要改变顺序,也有参数 老师,为什么这个逻辑性数据转换成数字型显示1?...向量只能保存一种数据类型,数值型和逻辑型同时出现时,逻辑型会转换成数值型,TRUE 会变成 1,FALSE 变为 0 老师,R包这是安装成功了吗? 是的 老师,问下R包安装以后是自动保存吗?...要一ESC键,括号不成对或者引号不成对 老师,请问一个向量要生成矩阵时,只设置行数,默认列数是怎样?...(已发现会循环补齐)当向量长度大于设置行数时 向量长度除以你设置行数或列数,向上取整进行循环补齐 老师 72行代码运行后y列名没有改变怎么回事呀,74行代码运行后是对 因为没赋值,没赋值就是没改

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【数据分析 R语言实战】学习笔记 第二章 数据读取与保存

[1] "list" > names(data) #显示对象中标签 [1] "city" "price" "salary" > dim(data)#显示对象维数 NULL 要显示列表中变量...有些数据文件格式非常规整,但没有分隔符,就需要我们在读取时手动划分每个字段长度,这时需要用到函数是:ead.fwf(),它以行方式首先读入数据,通过widths参数指定一个向量,来设置各个字段宽度...cat()可以连接多个字符串,也可以连接字符串和数值向量等不同类型对象。...> a=file("C:/Program Files/RStudio/2.txt") 2.2.2保存为文本文件 通常我们会把R中向量、矩阵、数据框和列表等对象写入一个文本文件中并保存起来,例如扩展名为...最好是矩阵或数据框;quote是逻辑值,TRUE表示变量名等字符、因子要用双引号括起来:sep指定分隔符;row.names/col.names也是逻辑值,TRUE表示将行名/列名写入文件中。

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生信技巧第3课-请你务必学好R语言

) 下载R语言软件: https://cran.r-project.org/bin/windows/base/ 下载Rstudio这个R编辑器: https://www.rstudio.com/products...明白R中变量 向量和因子:向量特简单,没什么好说,因子太复杂了,我说不清楚,你们慢慢理解。 数据框:就像我们表格,第一行就是每一列名字,我们称之为字段,或者变量名。...用data.frame( 字段1,字段2,…. )创建 ) 列表:与数据框类似,区别就是每一列向量类型和长度可以不一致。...数据特性函数也必须要知道,无非就是一些英文单词而已,你经常玩一,就慢慢熟练了。...当然,R里面的字符串对象是另外完全不一样操作模式,建议大家自行搜索学习。 高级分支 统计学 可视化 bioconductor与生物信息学 shiny与网页

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生信学习day4-R语言基础

R语言软件界面简陋,通常直接使用,而是用图形界面的Rstudio。(2)RStudio是免费提供开源集成开发环境(IDE)。...(3)画图:①plot(rnorm(50))——chatGPT在R语言中,代码 plot(rnorm(50)) 表示以下几个步骤组合:rnorm(50): 这部分代码生成了一个包含50个随机数向量,...在这种情况,由于 plot 函数只接收到了一个向量,它会自动使用这些数值作为y轴数据,而x轴数据则默认为这些数值索引(1到50)。...颜色参数col指定了每个种类对应箱线图颜色,分别为浅蓝色、浅黄色和浅粉色。因此,该代码作用是创建一个箱线图,用以展示不同鸢尾花种类萼片长度分布,并使用不同颜色来区分不同种类。...赋值后,x会显示在右上角框,Environment里Value列表里 直接输入x 回车,就会把x值(3)打印到控制台上5.删除变量rm(b) 删除变量b; `rm(list = ls())

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R语言入门系列之一

推荐在安装R后安装RStudio(https://www.rstudio.com/),在RStudio中编辑、运行R脚本。...1.1标量与向量 ⑴赋值及运算符 标量是存储数据最基本结构,可以是数值型、字符型或逻辑型(TRUE/FALSE)。...函数vector()可以来产生一个一定长度、一定类型向量,函数numeric()可以用来产生一个一定长度数值型向量,函数character()可以用来产生一个一定长度字符型向量,函数as.vector...此外还有grepl()返回匹配逻辑值、sub()替换、gsub()全局替换等length()返回对象长度也即元素个数mode()查看对象数据类型(也即数值型、字符型等)names()返回向量元素名字order...1.2矩阵与数组 矩阵(matrix)是一个二维数组,矩阵内所有元素必须具有相同模式(数值型、字符型、逻辑型),矩阵可以使用向量、数据框等数据赋值转换,方法如下所示: matrix(vector, nrow

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获取Github代码包以及准备工作

还有不要问我要不要更新,更新!...【除非不升级就报错】 下载包存在网络限制,毕竟R语言是国外开发,因此可以通过options()$repos看看常规CRAN安装R包使用镜像(一般情况rstudio公司),但是这里我们可以自行设置...RPKM这个指标可以这样理解:R表示reads,K表示基因长度,M表示文库大小,它实际上做事情也就是去掉基因长度和测序文库差异对reads比对数量影响 好,先说说为什么要去掉文库大小差异:以这篇文章中图片为例...虽然最终数据显示:样本1中C基因比样本2C基因比对reads数多了90条,但是考虑到实际样本情况就是,样本2中C基因可是占据了总比对量十分之一,而样本1呢?很小很小…。...复杂操作先写上 function(x){},这是一个标准格式,然后大括号中是要进行操作函数,于是我们就可以将我们之前写那一行粘到这里,最后仍然是逻辑值 最后,有多少行就会返回多少个apply判断逻辑

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Day4-学习笔记(2024年2月1日)

R语言软件界面简陋,通常直接使用,而是用图形界面的RstudioRStudio是免费提供开源集成开发环境(IDE)。...在这种情况,由于 plot 函数只接收到了一个向量,它会自动使用这些数值作为y轴数据,而x轴数据则默认为这些数值索引(1到50)。...颜色参数col指定了每个种类对应箱线图颜色,分别为浅蓝色、浅黄色和浅粉色。因此,该代码作用是创建一个箱线图,用以展示不同鸢尾花种类萼片长度分布,并使用不同颜色来区分不同种类。...打开这个项目后,用getwd()查看一,就会发现你工作目录就是Rproject所在目录啦,你用到同一个项目的脚本/数据全都默认放在这里。...2、显示文件列表 dir()orlist.files() 3、基本运算 赋值<-或者按键Alt加上减号 x<- 1+2 意思是把1+2运算结果赋值给x,赋值后,x会显示在右上角框(Environment

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R studioR 工具指南(四:俺技巧与R studio快捷键)

窗口,重复按可以恢复全显示模式 alt # 列模式操作,可以批量对某些代码进行增删改 Alt + Shift + K # 快捷键清单 shlft + ctrl + R # 插入代码段 [shift]...Rstudio 自带一个learnr 包教程,你可以试试。 methods(class = 'xx') 可以查看对xx 类型内容处理相关函数。 运行代码不能被撤销,但可以覆盖或重来。...(只表示该符号本来符号意义) 可以返回和向量等长逻辑函数:grepl/str_detect/str_starts/str_ends , %in% ,所有逻辑运算符, duplicated 。...自己反复使用东西可以写成个包,比如我pengToolkit,也就好用那么亿点点把。 Rstudio 是个好东西,你可以仔细钻研钻研,有的人用了大半年还会用着用着惊呼“woc 牛X”,比如我。...Rstudio 脚本有类似typora 目录功能,因此你可以利用snippet 或shlft + ctrl + R 插入代码块,option + O 折叠一,相信我,一切会变得美好一点。

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2022年3月_生信入门班_微信群答疑笔记

,就是强制进行逻辑判断,非0数值均为TRUE,取了逻辑非就为FALSE,其他一样,另外没有>!这个符号。 clusterProfiler包安装不成功,请问一怎么解决?...请问始终连接上KEGG数据库怎么办…… 试试换个网络环境,手机热点,把电脑设置里面的代理关掉。 老师,请问单细胞和转录组分析资料能不能提前发一?...进不去 你用户名输错了 老师我这是什么问题 你没有Data这个文件夹 这个好像就是小写s把 只需要查看一帮助文档就能知道~ls --help,确实是小写 为什么把^I替换为;以后显示两个;...为什么感觉我输入时候显示是反 你对新旧理解不一样,时间离现在越近就是越新。...,都是一样,对么?

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最新一期马拉松在线互动授课答疑精选

9电脑之前下过rstudio4.3.0版本,要删了4.3.1么? 不用~ 10软件都安装好了,自己试着操作了一,退出时候提示save不知道该不该save 是否save不重要。...向量是有顺序,从左到右,不会变,那个s是一个固定顺序向量 44我安装TwoSampleMR包时候提示我R版本不对,我应该重新安装R语言么 请复习课程中提到安装R包三种方法。...45这两个位置GPL代码应该是一致吧,为什么运行之后报错显示“gpl_570 not found"?...48rmd是不能实现图片即插即显示吗,我试过RStudio和sublime还有typora都实现不了 软件有对应语法~ 49我尝试自己复现GSE27359这个包里代码时候,想要获取探针注释,试了课上方法发现只能从...57请问大家在rna环境中安装multiqc这个软件时会有安装情况吗,具体表现为一直在solving environment,但切换安装同一环境其他软件时却可以 可能是遇到了软件之间冲突 如果持续遇到相同问题

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2023-10月马拉松在线互动授课答疑精选

遇到问题再说~ 17【快捷键】请问一R中逻辑符号“或“是什么快捷键 |,在SHIFT和退格键之间,不同键盘模具位置不一样。...20【文件读取】我txt文件只能通过excel中导入文件打开,但是不能双击文件打开,txt文件默认打开模式也是excel,为什么不能双击快捷打开呢 右键,使用 sublime 打开。...直接rm ~/miniconda3就可以了 37【R】条件语句两种写法,为什么上面那种写法会报错,而下面那个没有问题 38【Linux软件安装】帮忙看看rstudio为啥装上,r是4.2.1版本...: cut -d 默认指定\t,所以我是这么写为什么和省略写不一样啊 因为 cut -d \t 会适得其反,-d 后面加了两个字符不好识别,程序本身就这么设计,虽然还有其他方法可以修改,但是。。...43【R】用filter() 筛选行时候,为什么报错说要是个逻辑向量呀?应该怎么改呢? 因为这个函数第一个参数是数据框,第二个参数是逻辑值。

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R语言-基础

查看字符型、逻辑型和数值型向量方式 class("a") class(TRUE) class(3) 比较运算结果是逻辑值 , =, ==, !...数据结构(向量、数据框、矩阵、列表) 字符型向量必须加引号(单双皆可)不能为中文值 逻辑型(logical)包括TRUE(T)、FALSE(F)、 NA(缺失值) 判断数据类型函数class() 数据框单独拿出来一列是向量...("4") #转换为数值型数据 as.logical() #转换为逻辑型数据 as.character() #转换为字符型数据 3.1向量 3.1.1向量生成 (1...6 paste(x,y,sep = "/") 1 "1/3" "3/2" "5/5" "1/6" 两个向量长度不一致)操作 x <- c(1,3,5,1,6) y <- c(3,2,5) x==y...dev.off() #关掉图片编辑器,在文件中保存图片 3.1.2向量取子集 1.逻辑值取子集 xx > 4 里是与x等长且一一对应逻辑向量 2.下标/位置取子集 x4 , x-4

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R语言入门

R可以在CRAN上免费下载,安装过程可以参考我前面的视频教程 1. windows安装R和Rstudio 2. mac安装R和Rstudio 3....函数 .libPaths() 能够显示库所在位置, 函数 library() 则可以显示库中有哪些包。 有许多R函数可以用来管理包。...R语言中基本数据类型(模式)包括数值型、字符型、逻辑型(TRUE/FALSE)、复数型(虚数)和原生型(字节)。 R拥有许多用于存储数据对象类型,包括标量、向量、矩阵、数组、数据框和列表。...1、向量 向量是用于存储数值型、字符型或逻辑型数据一维数组,单个向量数据必须拥有相同数据类型。...每一列数据模式必须唯一,不过你却可以将多个模式不同列放到一起组成数据框。 访问数据框中元素方式有若干种。

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R基础

R语言基础 R语言是用函数处理数据 1、R与Rstudio 2、数据类型 3、数据结构 4、函数和R包 5、文件读写 6、绘图(一个应用方向) 7、应用专题 一、R语言 入门认知 1.R语言与RStudio...1.4 新建脚本(一个装代码文件) 步骤:file > new file > R script 1.5 RStudio 介绍 脚本编辑器、控制台(代码运行和结果显示)、environment(对象/变量列表...二、数据类型和向量 1 数据类型:数值型、字符型、逻辑值 数据值(numeric):1.3 2 字符型(character):"a" 带着引号出现,单引号和双引号都行。引号里装啥都是字符。...() 将其他数据类型转换为数值型 as.logical() 将其他数据类型转换为逻辑型 as.character() 将其他数据类型转换为字符型 三、向量认知 1  多个数据如何组织?...3)根据某条件进行判断,生成逻辑向量 >x=c(1,3,5,1) >x>3 #输出结果是F F T F >x==3 【==:这个返回结果是FALSE 或者 TURE】 (4)初级统计

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生信星球学习小组-Day4学习笔记--R语言基础

RStudio有免费自由软件版本及收费专业版本,并分为在本地电脑上执行桌面版和与在服务器上执行而可由浏览器连接后使用服务器版。...2.Rstudio基本设置设置字体大小图片图片创建工作目录(Rproject)图片图片图片图片3.R语言基础显示文件列表dir() 或 list.files()图片基本运算图片赋值R语言赋值符号为<...-x <- 1 + 4 # 将1+4值赋值给变量 x输入后会在Rstudio右上角框框Environment中显示,在控制台中输入x,回车后就会显示1+4值,即5。...,y可以省略x相当于自变量,y相当于因变量;y没缺省时,必须和x同长度,类型是可以向量数据结构,如向量、矩阵行或列、数组元素、数据框列、列表元素等;y缺省时,x为单列时,y默认为c(1:n)...,其中n为x长度,x为y轴;y缺省时,x为两列矩阵或数据框,则该矩阵或数据框第一、二列分别对应自变量和因变量;y缺省时,x为三列及以上矩阵时,则该矩阵第一、二列分别对应自变量和因变量,其他列忽略

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【生信菜鸟经】如何系统入门R语言

详细/value 数值/Examples例子/header 表标题/logical_value 逻辑值/delimiter 分隔符/object 对象/col列/row 行/vector向量/dimensions...用data.frame( 字段1,字段2,…. )创建 ) 列表:与数据框类似,区别就是每一列向量类型和长度可以不一致。...数据特性函数也必须要知道,无非就是一些英文单词而已,你经常玩一,就慢慢熟练了。...高级可视化不得不提ggplot了: 如何通过Google来使用ggplot2可视化 用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化() 第五步:数据对象高级操作 前面我们对向量,数据框,数组,列表都了解了,...当然,R里面的字符串对象是另外完全不一样操作模式,建议大家自行搜索学习。

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Day4:R语言课程(向量和因子取子集)

所有数据结构 - 内容显示: `str()`:紧凑数据内容显示(环境) `class()`:向量数据类型(例如字符,数字等)以及数据帧,矩阵和列表数据结构。...使用关联索引[ ]以执行以下操作: 仅显示C,D和F. 显示除X外所有内容 以相反顺序显示字母(F,L,X,D,C) ---- 选择使用带有逻辑运算符索引 我们也可以使用带有逻辑运算符索引。...仍以age向量为例: age 想知道age向量每个元素是否大于50,可以使用: age > 50 返回是具有与age相同长度逻辑向量,其中TRUE和FALSE值指示向量每个元素是否大于...[1] FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE 使用这些逻辑向量仅选择具有与逻辑向量中相同位置或索引处TRUE值向量元素。...虽然逻辑表达式将返回相同长度TRUE和FALSE值向量,但我们可以使用该which()函数输出值为TRUE索引。

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TCGA | 以项目方式管理代码数据 以及 数据读取存储

RStudio是一款流行R语言IDE(开发者集成环境),在安装Rstudio之前一定要先安装R软件,本文简单介绍如何使用Rstudio进行项目管理。...一些常用参数选项: header:逻辑值,表示文件第一行是否包含变量标题; sep:表示在同一行内,用于分割变量值分隔符; row.names:字符串类型向量,用于指定行名称。...可以是一个向量,包含所有数据行名称,也可以指定一个字符串,该字符串是文件列名,那么数据集使用该列值作为行名称。...quote:用于对有特殊字符字符串划定界限符号,默认值是双引号或单引号。 stringAsFactors:逻辑值,默认值是TRUE,用于指定是否把字符向量转换为因子。...check.names :逻辑值,默认值为TRUE,它会自动将变量名转换成唯一字符型向量

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R语言基础教程——第3章:RStudio使用教程

文件将保存在你想保存工作路径。接着会跳出“Save File”弹出框,然后可将“Untitled1”文件重命名。这里重命名为“test”,然后点“Save”保存文件。文件将保存在当前工作路径。...Connections:是用来方便连接外部数据库,用得非常少,先介绍。...D区域:Files, Plots, Packages, Help, Viewer Files:这里会显示当前工作路径文件,让使用者了解所在工作路径,这对读写文件非常重要。...如下图,当前工作路径所有文件。 ? 你可通过在Console输入getwd()函数来获取当前工作路径: ? 如果Files显示不是当前工作路径,那是由于没及时更新视图所导致。...Viewer:是用来显示本地网页文件,用得比较少。 2 RStudio相关设置 切换不同R版本 R允许多个版本共存,比如我在电脑上同时安装了2个版本(如下图)。

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