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回答
从
pheatmap
中
的
cutree_rows
组
中
提取
基因
/
观察
结果
r
、
heatmap
、
hierarchical-clustering
、
pheatmap
、
rna-seq
如何
从
pheatmap
中
的
cutree_rows
= 3生成
的
行
组
中
提取
基因
/
观察
值?将是obj$tree_row$... obj <-
pheatmap
(mat, annotation_col = anno, fontsize_row = 10, show_colnames = F,show_rownames = F, cutree_cols = 3, cluster_cols =
浏览 34
提问于2020-12-17
得票数 1
回答已采纳
1
回答
有没有一种方法可以在热图中保留聚类,同时减少
观察
值
的
数量?
r
、
permutation
、
hclust
、
pheatmap
我有跨20列
的
90个
观察
值(行)
的
数据集。我已经生成了一个非常整洁
的
热图,它使用
pheatmap
包将我
的
数据分成两
组
。虽然它不是完全干净
的
,但根据我
的
情况,这两个树状图很大程度上将我
的
样本分为两个不同
的
组
。现在,我想要将这90个集合减少到一个更严格
的
集合,大约20-30个
观察
点,但仍然希望保留与
pheatmap
中所示
的<
浏览 0
提问于2017-05-05
得票数 2
1
回答
有150个变量
的
相关矩阵,如何在R
中
可视化?
r
、
matrix
、
correlation
我有一个包含150个变量
的
数据集,我想以某种方式显示一个相关矩阵。我尝试了corrplot和许多其他在线建议
的
方法,但我无法获得一个像样
的
输出。你有什么建议吗?
浏览 8
提问于2020-06-06
得票数 0
回答已采纳
1
回答
检测目标区域内或外部
的
BLAST匹配
output
、
sequence
、
blast
在那里,我将从一个目标序列位点
提取
一段DNA序列,用它来攻击一个
基因
组
。然后
从
blast
结果
输出
中
,我想知道除了匹配目标站点之外,是否还有来自其他区域
的
匹配序列。如何
从
BLAST输出中知道?
基因
组
站点有什么指标吗?谢谢
浏览 0
提问于2014-06-02
得票数 0
2
回答
如何
从
主热图中
提取
一
组
感兴趣
基因
的
热图?
r
、
subset
、
heatmap
、
pheatmap
#load the librarypar(cex.lab=1.5) # is for y-axisrownames(hedge) = hedge[,1]
pheatmap
(hedge[,-1],cluster_cols=FALSE, annotation_col=group_df, gaps
浏览 43
提问于2020-02-20
得票数 1
2
回答
如何将多个perl程序转换为可安装
的
软件?
perl
、
fasta
我自己编写了多个perl程序,用于计算
基因
组
参数、更改标题、
从
基因
组
数据或fasta序列中
提取
特定序列。有没有办法构建一个包/软件,它可以通过单击菜单
中
的
按钮并使用我
的
perl程序来计算上述内容。
浏览 2
提问于2012-11-30
得票数 0
1
回答
在Hibernate HQL
中
,当多个子类具有相同名称
的
属性时,如何让join获取子类
的
链接实体?
java
、
hibernate
摘要我正在模拟一个基于冬眠
的
系统
中
的
基因
组
特征(
基因
、转录本和外显子)和遗传变异。这些关系
中
的
每一种都是懒洋洋
的
。有时,我想获取一个变异体及其所
浏览 2
提问于2016-09-01
得票数 6
3
回答
整洁算法:如何交叉不相交和多余
的
基因
?
neural-network
、
genetic-algorithm
、
evolutionary-algorithm
、
crossover
为了决定一个
基因
是
从
哪个父母那里遗传
的
,文章说: 匹配
的
基因
是随机遗传
的
,而不相交
的
基因
(中间不匹配
的
基因
)和多余
的
基因
(最终不匹配
的
基因
)则是
从
更合适
的
父母那里遗传
的
。对于匹配
的
基因
(1-5),很容易理解。您只是随机地
从
Parent1或
浏览 2
提问于2018-05-27
得票数 10
回答已采纳
1
回答
进化
中
的
生物-用我自己
的
复杂类实例构建
的
个体创建一种遗传算法
java
、
genetic-algorithm
、
genetic-programming
我正在进行一个项目,在这个项目中,我试图实现由Karl编写
的
“进化
的
虚拟生物”
的
想法。问题是,在我读过
的
每一篇教程
中
,他们都是
从
整数或布尔值构建个人
的
,如下所示:pop.subpop没有这样
的
ec.vector.BitVectorNode。在ECJ教程页()
中
,有一个名为“教程后讨论”
的
教程,其中编写了
浏览 1
提问于2015-03-17
得票数 0
1
回答
如何确定
基因
组
的
特征?
artificial-intelligence
、
simulation
、
genetic-algorithm
、
genome
在人工智能
中
,是否有任何简单和/或非常直观
的
例子来说明如何将
基因
组
实现为模拟?基本上,我想要
的
是一个简单
的
演练(不是一个教程,而是一个总结性
的
东西),它详细说明了如何实现一个
基因
组
,它在求和
中
改变了“个体”
的
特征。这些
基因
不是,是这样
的
: 相反,它们应该是定义上述事物
的
东西,
从
浏览 0
提问于2011-09-15
得票数 1
回答已采纳
2
回答
两个向量之间
的
交换元素(交叉)
r
、
vector
、
bioinformatics
、
crossover
在chromosome_2
中
的
1
从
NC
中
随机选择具有等位
基因
“1”
的
基因
中
的
chromosome_1
基因
位置,并形成一
组
该位点
的
s1指标。
从
NC
中
随机选择具有等位
基因
“1”
的
基
浏览 2
提问于2017-01-20
得票数 2
回答已采纳
1
回答
从
基因
组
gbff文件中
提取
元数据
metadata
、
genetic
、
genbank
我有>1000个.gbff.gz
基因
组
文件,我希望
从
每个文件中
提取
元数据,并在单独
的
列
中
包含元数据条目。
浏览 2
提问于2017-09-28
得票数 0
回答已采纳
2
回答
unix:获取文件
中
的
字符10至80
text-processing
、
awk
、
wc
GTCGAGCCT wc -m file awk '{print substr($0,2,6)}' file 但是我想不出一种方法来获得10到80
的
角色。是的,这是DNA,来自全
基因
组
。我
从
包含不同脚手架
的
fasta文件中
提取
了这段DNA (在本例
中
是10和11 )。awk '/scaffold_10\>/{p=1;
浏览 0
提问于2017-04-06
得票数 4
回答已采纳
1
回答
在大R数据集上进行折迭计算
的
问题
r
、
dataframe
、
tidyverse
我很难找到一种有效
的
方法来编写代码,这样我就可以看到不同
基因
在两
组
之间
的
折叠变化差异。 我们
的
目标是
观察
基因
列
中
每一项在WT和Mut
组
之间
的
表达折叠变化。
浏览 2
提问于2022-01-13
得票数 0
1
回答
提取
k-表示特定于集群
的
特征
r
、
heatmap
、
k-means
我正在使用k均值对一些
基因
表达数据进行聚类,在缩减
的
PCA空间中,现在我想要
提取
最能描述每个聚类
的
不同特征。这些特性在每个集群中都有很高
的
表达。)pca = prcomp(t(test), center=TRUE, scale=TRUE) rotation = data.frame现在,我想对热图中
的
每个星系团
提取
高表达
的
基因
名称。也许比较所有细胞<
浏览 2
提问于2016-07-20
得票数 1
1
回答
RNA-seq数据与特定
基因
的
关联
python
、
bioinformatics
我有一个
基因
列表(作为一个bed文件)和一个全
基因
组
RNA-seq数据集(也存储为一个bed文件)。我目前正在尝试开发一个python脚本,它允许我
提取
转录起始点上游500bp到下游2000bp
的
读取计数,即
基因
的
开始,并将这些值存储在一个数组
中
以备将来使用。[5]=='-':其中f
浏览 4
提问于2014-02-10
得票数 1
3
回答
C++:可变模板参数(用于遗传算法)
c++
、
templates
、
generics
、
oop
我需要从面向对象
的
设计中
提取
原始数据,并将其粘贴到平面数组(或std::)
中
,以便将其发送到节点或cuda设备。
基因
组
类-包含数据向量。浮标或汽笛。 群体类-包含
基因
组
对象
的
载体,并与
基因
组
对象相关联。首先创建一个
基因
组
对象,然后将对它
的
浏览 4
提问于2009-04-22
得票数 1
回答已采纳
2
回答
从
glmnet输出数据中
提取
数据
r
、
extract
、
glmnet
然而,我很难理解输出
结果
。我
的
目标是获得
基因
列表及其各自
的
系数,这样我就可以根据
基因
列表在区分我
的
两
组
标签时
的
相关性来对
基因
列表进行排名。conditions 有任何关于我如何从这里开始
的
提示我知道我想要
的
数据在glmne
浏览 0
提问于2017-12-10
得票数 0
3
回答
在python
中
从
字典
中
获取随机键:值对
python
、
csv
、
random
、
dictionary
我正在尝试
从
由csv文件生成
的
字典
中
随机
提取
一
组
键值对。字典包含有关
基因
的
信息,
基因
名称是字典
的
关键字,以及一个数字列表(与
基因
表达等相关)。就是价值。random_list = random.sample(genes_dict.items(), int(length))问题是,如果我试图获得一个包含100个
基因
的
列表(例如),它似乎会
浏览 1
提问于2013-09-23
得票数 6
回答已采纳
3
回答
有没有可能在git
中
只存储大文件
的
校验和?
git
、
large-files
我是一个生物信息学家,目前正在从
基因
组
文件中
提取
正常大小
的
序列。有些
基因
组
文件太大了,我不想把它们放到主git库
中
,而我要把
提取
的
序列放到git
中
。有没有可能告诉git“这是一个很大
的
文件--不要存储整个文件,只获取它
的
校验和,如果这个文件丢失了或者被修改了,请告诉我。”如果这是不可能
的
,我想我将不得不使用git忽略大文件,或者像
中
建议
的
浏览 0
提问于2009-10-01
得票数 2
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