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沙龙
1
回答
通过
rpy2
运行
deseq2
、
、
我正在尝试使用
rpy2
从
Python
运行
DEseq2
。我应该如何传递设计矩阵?我的脚本如下:from numpy.random import multinomial, randomimportrobjects.numpy2rifrom rpy2.robjects.packages import importr deseq = importr('
浏览 7
提问于2017-01-24
得票数 2
1
回答
从
rpy2
运行
DESeq2
、
我第一次尝试通过
rpy2
运行
DESeq2
,遇到了一些困难。robjects.conversion.rpy2py(self.normed_count_matrix) 我在self.normed_count_matrix = deseq.assay(self.vsd)上得到以下错误 module '
DESeq2
' has no attribute 'assay' 下面的代码在R中
运行
良好: library(
DESeq2
) countData <-
浏览 51
提问于2021-08-12
得票数 0
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1
回答
DESeq2
访问器方法在
rpy2
中的应用
、
、
我正在尝试通过
DESeq2
使用
rpy2
包。总的来说,它工作得很好,但我很难使用访问器函数。colData = rtcdf,关键是如何在
rpy2
rnorm_factor的数据框架,在R中,我通常会这样做:但我不明白如何以及是否可以
从<
浏览 0
提问于2018-01-19
得票数 2
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1
回答
使用R的devtools库函数“安装”时如何保存源文件
、
、
、
我正在尝试
从
源代码构建一个R包(
DESeq2
),以便我可以调试它。我已经安装了所需的所有依赖项,并且我遵循Hillary的来创建R包。我正在使用R-3.4.2在CentOS 6.6上
运行
这个程序。我跑:install("
DESeq2
", keep_source=TRUE) 它与我的其他R库一起安装在目录中。当我查看已安装的
DESeq2
库时,它丢失了所有的
DESeq2
/R/*.R和
浏览 0
提问于2018-02-22
得票数 5
1
回答
如何
从
拥有不同内核的笔记本上
运行
木星笔记本?
、
、
我试图
从
笔记本(Python)中
运行
一个木星笔记本(R)。使用以下命令:调用Noteook并
运行
它,但会给出Python错误。正在被调用的笔记本(
DESeq2
Analysis.ipynb)应该与R内核一起
运行
。当我独立
运行
R内核时,
DESeq2
Analysis.ipynb
运行
得很好。似乎正在发生的事情是,
运行
Python3内核的调用笔
浏览 5
提问于2017-12-18
得票数 5
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1
回答
安装
DESEq2
错误:无法访问存储库
DESEq2
的索引
、
、
、
、
版本11.6 R: 4.1.1 (2021-08-10) --“踢东西”R Studio: 2021.09.0 Build 351 macOS 077589bc,2021-09-20) if (!") 因此,
DESEQ2
将不会加载。有谁知道我如何
浏览 3
提问于2021-10-16
得票数 2
1
回答
Python如何在不写入R文件的情况下
运行
R脚本?
、
、
我有一个python脚本,它分析一些数据集,结果写在单独的文件中。我想为这个分析生成一些曲线图,出于某些原因,我必须使用R来生成我的曲线图。我正在使用我的python脚本来生成生成这些曲线图的小R脚本。但是,我在硬盘中编写R脚本,并且我的Python代码执行Rscript命令来生成我的绘图。当然,这不是一个好的解决方案!有没有一种方法可以直接将R命令串流到R中,而不需要我制作R脚本文件?
浏览 3
提问于2014-02-05
得票数 0
2
回答
安装
rpy2
时遇到错误:尝试猜测R的主目录,但路径中没有R命令
、
、
$ pip install
rpy2
Downloading rpy2-2.5.6.tar.gz (165kB): 165kB downloadedRunning setup.py (path:/tmp/pip_build_my520/
rpy2
/setup.py) egg_info for package
rpy2
Error: Tried
浏览 4
提问于2015-05-07
得票数 13
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1
回答
R- [
DESeq2
] -
从
已标准化计数的csv生成DESeq Dataset对象
我正在尝试使用
DESEQ2
的PCAPlot函数对数据进行元分析。在这些数据(非整数)已经被规范化之后,我该如何将其作为DESeqDataSet对象导入呢?
浏览 32
提问于2021-06-02
得票数 0
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1
回答
DESeq2
编码有助于分析疾病患者和对照患者之间的差异基因表达
、
、
、
我在设计一些正确的代码来解决在R中使用
DESeq2
时遇到了困难,如何查看与对照组相比,哪些基因在疾病患者中更高表达。# run
DESeq2
dds = DESeqDataSetFromMatrix
浏览 38
提问于2019-11-14
得票数 0
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2
回答
用
rpy2
安装easy_install模块时出错
、
、
我一直在尝试安装
rpy2
模块,以便在我的Python中使用R函数,但是在遵循这些页面的建议之后,我得到了一个错误:2) 1)编辑了my path环境变量以包含"C:然后在命令提示符中键入:据我所知,easy_install的安装和安装是正确的。我得到的输出是:Reading https://pypi.python.org/simple/
rpy2
/ B
浏览 2
提问于2015-02-07
得票数 1
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2
回答
rpy2
模块在Mac10.6.8的python2.7中是不可见的
、
、
、
、
我是mac上的一个新手,我的python安装拒绝承认我的Mac上存在
rpy2
模块。它看起来只把它看作是Python2.6模块。如何使它在2.7中可见?我需要降级我的蟒蛇吗?如果是,怎么做?建议在
RPy2
网页()上使用Python2.6。谢谢!mayumi@MAYUMI-iMac~:/ python --versionmayumi@MAYUMI-iMac~:/ pip install
rpy2
Requirementalready satisfied (use --upgrade to upgr
浏览 2
提问于2013-11-15
得票数 0
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1
回答
在Archlinux上安装
DESeq2
、
、
我尝试
运行
推荐的安装说明: install.packages("BiocManager") 2: In .inet_warning(msg) : installation of package ‘
DESeq2
如何在Archli
浏览 0
提问于2021-12-18
得票数 0
2
回答
如何在colab.research上安装
rpy2
?
、
如何在colab.research.google上安装
rpy2
?我尝试了这个命令:import
rpy2
Collecting
rpy2
浏览 8
提问于2019-01-26
得票数 1
8
回答
rpy2
导入不起作用
、
、
当我试图导入
rpy2
时,会得到一个错误。这是代码和错误。common.py", line 14, in <module>编辑 直接使用python setup.py install给了我一个错误,os没有模块popen3。
从
Christoph的站点直
浏览 11
提问于2014-02-17
得票数 10
1
回答
Anaconda:无法
从
'rpy2.rinterface‘导入'RRuntimeError’
、
、
、
我已经在虚拟环境(与基本环境不同)中安装了
rpy2
和conda install
rpy2
,当我想
运行
from rpy2.rinterface import RRuntimeError时,我得到了下一个错误rinterface import RRuntimeError (/home/myuser/anaconda3/envs/myenvorment/lib/python3.7/site-packages/
rpy2
/rint
浏览 5
提问于2020-04-24
得票数 1
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1
回答
我是否可以使用
DESeq2
的结果子集来计算布雷-柯蒂斯相异度,然后绘制PCoA?
在比较疾病和对照细菌基因的差异表达,然后计算布雷-柯蒂斯相异度,然后绘制PCoA图时,我在使用
DESeq2
的结果时遇到了麻烦。 我已经将
DESeq2
的输出另存为数据框。在
运行
Bray-Curtis和PCoA之前,我需要对我的数据进行标准化吗?我以为这已经通过
DESEq2
完成了,但是看看我能提供的代码,我在执行
DESeq2
时没有包含normalisation=T。或者在使用
DESeq2
之前,我需要使用扫描函数对初始数据进行归一化吗?
浏览 0
提问于2019-11-16
得票数 0
1
回答
用
rpy2
修改r对象
、
、
、
、
我试图使用
rpy2
在python中使用
DESeq2
R/生物导体包。我似乎成功地
从
熊猫的数据中创建了这个对象:from rpy2.robjects import r, pandas2ri, Formulafrom rpy2.robjects.packages import importr counts_d
浏览 5
提问于2017-02-10
得票数 2
回答已采纳
1
回答
从
DESeq2
结果开始使用Glimma绘制MD图
我正在尝试使用Glimma在交互式html中可视化
DESeq2
肽线的结果。到目前为止,我找到的所有MDPlots示例都可以调用SummarizeExperiment中的参数……但是Glimma vignette声称也可以
从
DESeq2
开始。我确信我错过了一些简单的东西,但是有人可以给我一个
DESeq2
结果的MD可视化的例子,从一个特征计数矩阵和元数据表开始?我在想,用于构建(dds)
DESeq2
dataset..but的x=res、counts= countdata和anno=数据表(Coldata)
浏览 0
提问于2017-11-13
得票数 0
2
回答
未为“<class‘str’>”类型的对象定义“py2rpy”转换
、
、
我试着在谷歌的collab笔记本上
运行
R(以前
运行
得很好,但是现在我试着访问它并
运行
它,它总是给我一个错误)。
浏览 6
提问于2022-11-02
得票数 4
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