大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 题目：一名研究者用光子吸收法测量了妇女骨骼中无机物含量，对三根骨头主侧和非主侧记录了测量值，数据框“T1bones.txt”中的第2至第7列记录了相应数据。...对各个变量做qq图，在同一个界面画出所有的qq图，不同的qq图用不同颜色表示。...QQ图 R语言代码： data <-read.table("T1bones.txt",header=TRUE);data d1 <- data[1:25,2];d1 d2 <- data[1:25,3]...,col="red") par(new=T) qqnorm(d6,col="orange",xaxt="n",yaxt="n") qqline(d6,col="orange") 运行结果： 方法二：使用多个坐标系...，把每个QQ图分布在一个界面中 R语言代码： par(mfcol=c(2,3)) qqnorm(d1,main="d1") qqline(d1) qqnorm(d2,col="green",main="
image.png 对照论文然后看数据和代码，能够更好的理解论文的设计和分析思路，非常好的学习素材。论文的主要研究内容还没有看太懂，好像是研究了越南和坦桑尼亚的一些厕所的微生物多样性。...数据集的部分截图，总共是81行，52列，行是物种，列是地点，数值代表物种丰度 ?...row.names=1指定第一列作为数据集的行名 check.names 参数我平时很少用，，查了一下帮助文档，作用是检查每列的名字是否符合规范 ?...(Samples),transform,rescale=sqrt(Value)) ggplot2画图 library(ggplot2) p <- ggplot(df, aes(Species, Samples...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本
面处理描述了应该使用哪些变量来分割数据，以及如何排列它们。刻面是一个强大的工具，可以研究不同的模式是否相同或不同于条件 ?...刻面是在一个图中绘制多个图形。faceting的功能类似于lattice包中的panel。它经常出现在微生物组学研究的出版物上。在ggplot2中，刻面可以通过两种主要方式执行：网格刻面和包裹刻面。...使用facet_grid(公式)在栅格中绘制多个图 数据根据两个或多个变量分成亚组，facet_grid(公式)函数用来生成grid faceting。...在这个公式中，我们可以看到使用**+运算符**将附加变量z加到y上。 使用facet_wrap(公式)将一大系列绘图分解为多个小绘图 wrap刻面将一系列大绘图生成单个类别的多个小绘图。...此功能使包装分面特别适用于对多个级别的类别变量的分面组合进行分面。要执行WRAP刻面，我们使用facet_wrap(FORMULA)函数。
尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...的多个函数写入NAMESPACE文件。...将ggplot2列入Depends会让你的包在被加载/测试的同时加载ggplot2。这会让其他想要使用你包的人通过::使用你的函数而无需加载它。...在包函数中使用 aes() 和 vars() 为了使用ggplot2创建图形，你很可能至少要使用一次aes()函数。如果你的图形使用了分面操作，你可能也会使用vars()用来指向绘图数据。...一个很好的例子是ggdendro[3]，它创建系统树图但同时计算出数据以方便用户干自己想要做的事情。
今天尝试解决使用ggplot2画图时的一个问题，图例不按规矩出牌。 ggplot2的作者们在测试时发现更新版本也出这问题了，正好可以用于简单说明。 本来是一个这样的图形 ? 新版本变成了 ?...而我是画两个相似的图形时出现这问题，数据结构一样，然后画图后图例的顺序变了~ 根据文档，默认使用了某种“秘密魔法”？！...解决办法是有的，我们可以使用order选项设定。...如果我们要改变图例顺序，按下面的操作，将color变成1，然后fill使用默认排序： # And we can reverse the order p + guides( color = guide_colorbar...当然，如果你理解了上面的英文文档，怎么设定怎么排都是可以的。
这种图叫玫瑰图或者花瓣图，如果使用R语言的ggplot2来做的话， 比较常规的实现办法是先做柱形图，然后再用极坐标，比如 df<-data.frame(x=LETTERS[1:6],...印象里好像见过python实现推文开头提到的图。...rose plot，找到了参考链接 https://www.codesansar.com/python-programming-examples/plot-rose-curves.htm 发现他构造数据的代码是使用正余弦函数...，我们试着用R语言的ggplot2试一下 假设我们有10个数据 x<-1:180 x y<-sin(10*x*pi/180) df<-data.frame(x=x,y=abs(y)) df$yz<...小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记
/zenodo.org/record/6332981#.YroV0nZBzic https://github.com/Jingning-Zhang/PlasmaProtein/tree/v1.2 今天的推文重复一下论文中的...Figure1，涉及到5个图，分别是折线图，韦恩图，散点图，频率分布直方图，最后一个知识点是如何将这5个图组合到一起 image.png 首先是定义作图主题的内容 library(ggplot2)...，如果按照他的主题来做出图没有横纵坐标轴 第一个折线图的代码 library(readxl) df.peer <- read_excel("data/20220627/Fig1.xlsx", sheet.../reference/label_number.html image.png 第二个韦恩图的代码 他这里的韦恩图是借助ggforce这个R包直接画了两个圆 df.venn <- read_excel...#238b45","#2171b5"))+ theme(axis.line.y = element_line(), axis.line.x = element_line()) p3 分面以后两个
R适用于统计分析，绘图的一款编程软件，R属于开源，自由，免费的软件。随着生物信息学的发展，R语言在数据分析和绘制图形上都有着十分重要的优势。尤其是现在大部分科研绘图，都使用R语言来完成的。...我仔细想了一下自身的实力，觉得可以试一下。那么下面我就用所学R知识不多的情况下教大家绘制这幅SCI配图。 本次绘图工具：RStudio。...RStudio是R的集成开发环境，界面更加丰富实用，使用起来更加方便。...本次绘图所使用的R包：ggplot2和ggpointdensity ggplot2是R语言绘制图形一个十分重要也是非常基础的一个包，使用ggplot2再加上R自带的base画图基本可以完成所有图形的绘制...，总共使用了30行左右的代码，是不是很赞，大家对这幅图有什么建议或者有什么问题都可以私聊我，也可以找我要源代码。
云雨图的样子如下 ?...是一半的小提琴图加散点图的组合，看起来有些像云朵加雨滴的形式，所以得名云雨图，主要的作用还是用来展示数据的分布情况 之前看到过相关推文进行介绍，大部分的推文介绍的实现办法都是使用gghalves包，这个包中的函数可以将...ggplot2的常规图形只画其中的一般，比如 geom_half_boxplor() geom_half_violin() 最近在一个介绍ggplot2扩展包的链接里发现了一个包叫see，这个包里有一个函数是...geom_violindot()函数，画云雨图非常方便，下面简单介绍一下代码 首先是安装see这个R包 install.package("see") 使用鸢尾花的数据集作图 library(ggplot2...see这个包里还提供了许多新的配色方案，通过help(package="see")命令查看帮助文档，以scale开头的函数有很多 ?
函数ggplot()虽然设置图形，但没有自己的视觉输出，而是使用一个或多个几何函数向图中添加了几何对象(简写为geom)，包括点、线、条、箱线图和阴影区域。...图2与图1最大的区别在于添加了一条“平滑”曲线，这里用到了函数geom_smooth()。对于图3，ggplot2包提供了分组和小面化(faceting)的方法。...小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。ggplot2包在定义组或面时使用因子(factor)（主要涉及函数facet_grid()）。 ggplot2很强大，能够创建各种各样的信息图。...了解了ggplot2的基本语法之后，我们首先介绍几何函数及其能够创建的图形类型，然后详细了解函数aes()，以及如何利用它来对数据进行分组。接下来，将考虑刻面和网格图形的建立。...在R中，组通常用分类变量的水平(因子)来定义。分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如形状、颜色、填充、尺寸和线类型的视觉特征的分组变量来完成的。
之前的推文介绍了画柱形图展示富集分析的结果R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果，今天的推文介绍一下画气泡图展示富集分析结果的代码。气泡图就是散点图的一个变种。...多了一个变量映射给点的大小，富集分析里通常是用来映射基因的数量。比如下图 image.png 示例数据集还是之前的KEGG富集分析结果。...但在真实的数据了这个阈值设置为多少就得根据自己的数据情况来了。...library(tidyverse) dat %>% filter(Corrected.P.Value dat01 dim(dat01) dim(dat) 最基本的图 library...(ggplot2) dat01$GeneRatio<-dat01$Input.number/200 ggplot(dat01,aes(x=GeneRatio,y=Term))+ geom_point
之前分享过一篇推文介绍过这个内容 R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子，但是当时自己不太懂曼哈顿图，实现是直接借助ggplot2的geom_jitter()这个函数实现的。...这个函数并不会考虑每个变异位点的位置，而实际的曼哈顿图是需要根据变异位点的位置来画的。今天的推文重新介绍一下ggplot2绘制曼哈顿图的代码。...数据集就使用之前的推文中用到的数据跟着Nature Genetics学GWAS分析：emmax软件gwas分析/qqman包展示结果，这个数据太大，出图有些慢，只随机选取了其中1%的数据 (这个数据我自己的存储路径...R语言中也有现成的包和函数可以直接画曼哈顿图，我这里选择用ggplot2来画是因为出图后可以非常方便的组合其他的图，比如可以叠加一个基因结构的图，然后再拼一个展示不同基因型表型差异的图。...这些如果是用ggplot2来做，都可以用代码实现，省去了手动拼图的过程。
image.png 之前有人在公众号留言问这幅图的实现办法，这个是气泡图，用ggplot2很方便能够实现，但是这个图比较特殊的是横坐标还有对应的图片，当然出图以后用其他软件来编辑是可以实现的，但是对齐之类的可能会比较麻烦...如果能用代码实现就能节省一些时间，正好最近看到一个ggplot2的扩展包 叫做 ggimg 对应的github的主页是 https://github.com/statsmaths/ggimg 下面我们就来试试能不能用这个包来实现推文开头的图...(ggimg) library(ggplot2) ggplot()+ geom_point_img(data=df, aes(x=x,y=y,img=img),...size=5)+ scale_x_continuous(limits = c(0.5,3.5))+ theme_minimal() image.png 接下来我们把职业生涯三分命中率的数据加进来用来做气泡图...小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记
小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。需要注意，ggplot2包在定义组或面时使用因子。 这里我们使用mtcars数据集查看分组和面，并进行绘图。 ?...分组 在R中，组通常用分类变量的水平（因子）来定义。 分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型的视觉特征的分组变量来完成的。...分面 如果组在图中并排出现而不是重叠为单一的图形，关系就是清晰的。我们可以使用facet_wrap()函数和facet_grid()函数创建网格图形（在ggplot2中也称为刻面图）。...将多个ggplot2包的图形放到单个图形中最简单的方式是使用gridExtra包中的grid.arrange()函数。我们需要事先安装这个包。 让我们创建3个ggplot2图并把它放在单个图形中。...multiple pic.png 注意截面图（刻面图）和多重图的区别。 保存图形 可以使用标准方法来保存创建的图形，也可以使用ggsave()函数更方便保存它们。
R语言ggplot2如果要做散点图可以用自带的一些形状 如果想用其他形状，有一个R包是ggstar https://cran.r-project.org/web/packages/ggstar/vignettes...ggstar这个R包的整体结构暂时还看不明白，但是定义形状的部分自己能够修改。...在 primitive.R 代码中 plxy 就是一个形状的数据，第一列是x，第二列是y 比如上图中28的形状 square diamond 把中心掏出一正方形的空白 data.frame(x=c(0,...) source("ggstar02/geom_star.R") source("ggstar02/primitive.R") source("ggstar02/utilities.R") library...，就能够把这个形状用于ggplot2的散点图中
偶然间在github 上发现的这个链接，示例数据和代码都有，很好的R语言学习素材 链接是 https://github.com/blmoore/blogR ，主要内容有 image.png 光看这个可能有些枯燥...，我们来看结果图 image.png image.png image.png image.png image.png image.png 这些看起来是不是还挺酷炫的，接下来的推文争取把这些图片对应的代码全部重复一遍...，今天重复这个热图 这个图具体的数据是什么意思暂时还没太看明白，最终用于作图的数据格式如下 image.png 前半部分准备数据的代码这里就不介绍了 image.png 准备数据的过程可能稍微有点枯燥，...大家感兴趣的话可以自己研究研究 我们直接运行画图代码 加载ggplot2 library(ggplot2) 最基本的热图 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c...欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记
如果是研究比较多的物种，可以直接使用R语言包clusterProfiler做富集分析当然是最好，最后可以很少的代码拿到很漂亮的结果图。...但是如果是比较小众的物种，没办法借助clusterProfiler这个R包的话,如何得到和clusterProfiler一样的可视化结果呢？...今天的推文介绍一下相关的R语言ggplot2作图代码 clusterProfiler能出的图有柱形图、气泡图、网络图、热图等 今天的推文只介绍柱形图和气泡图，网络图和热图相对比较复杂。...以下是ggplot2的作图代码 读取数据 dat<-read.table("kegg.txt", sep = "\t", header=...library(ggplot2) ggplot(dat01,aes(x=Input.number/500,y=Term))+ geom_col(aes(fill=Corrected.P.Value
在找资料的时候偶然发现的这个图，这个图来源于论文 Russian periphery is dying in movement: a cohort assessment of internal youth.../ikashnitsky/2f3e2b2af6f50911bb775bbce6eb0fb8 https://ikashnitsky.github.io/2019/dotplot/ 感觉这个图很漂亮，数据代码还是公开的...，所以我们来重复一下 这个图横坐标是 变化率，纵坐标是地区，每一个纵坐标对应的是两个 1980-84 1988-92 变量，其中每一个对应的是实心点和空心点，census和stat record 这个图目前还想不到如何应用于我自己的数据...接下来是图例 他这里采用的办法是使用annotate()函数手动添加 font_rc <- "Times New Roman" p1+ annotate("rect", xmin = 29, xmax...，次条推文是广告 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记
2023Naturemicrobiology--Ahigh-qualitygenomecompendiumofthehumangutmicrobiomeofInnerMongolians4.pdf 论文中大部分作图数据都有，争取把论文中的图都复现一下...今天的推文我们试着复现一下论文中的Figure2b image.png 今天推文的主要知识点就是四个柱子，每个柱子单独配色，然后4个图例如何调整四个图例的前后顺序 数据的部分截图 image.png..."Actinobacteriota"))) -> df01 df01 image.png 以上代码需要单独运行四次 这里统计的和论文中的内容有些出入...element_blank(), legend.key.size = unit(3,'mm'))+ labs(x=NULL,y="Proportion") image.png 推文记录的是自己的学习笔记
image.png 今天试着重复的图片对应着的是论文附件中的Figure8b，很多个饼状图放到一起 ?...image.png 最基本的想法就是单独画好多个饼状图，然后通过拼图实现，但是因为之前重复地图的时候新遇到了一个包是 scattermore可以直接指定输入数据，然后一次性将所有饼状图画好，这样就省去了拼图的步骤...image.png x,y指定饼状图的位置坐标，接下来就紧跟饼状图每个部分的数据 ，那接下来就模仿这个数据 模仿数据的代码 x<-rep(seq(2,14,2),4) y<-as.numeric(as.character...image.png 模仿的还差不多 这里遇到一个问题是：ggplot2添加文本的时候默认是以坐标轴的位置居中分布的，有没有办法让文本以坐标的位置居左或者居右来呢？...暂时还不知道如何设置 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学
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