使用--no-shared-fs的集群模式下的Snakemake :如何设置cluster-status

在使用--no-shared-fs的集群模式下的Snakemake中，可以通过设置cluster-status来进行配置。

cluster-status是Snakemake中用于检查集群作业状态的命令。它用于检查集群中正在运行的作业的状态，以确定哪些作业已经完成，哪些作业仍在运行，以及哪些作业失败。

要设置cluster-status，可以按照以下步骤进行操作：

1. 创建一个名为cluster_status.py的Python脚本，用于检查集群作业的状态。该脚本应该接受一个作业标识符作为参数，并返回作业的状态。例如，可以使用集群调度系统的命令来检查作业的状态，如qstat、squeue等。
2. 在Snakemake的配置文件中，添加以下内容：

cluster_status = "python /path/to/cluster_status.py"

将"/path/to/cluster_status.py"替换为实际的cluster_status.py脚本的路径。

1. 保存配置文件并重新运行Snakemake。

通过设置cluster-status，Snakemake将使用指定的脚本来检查集群作业的状态。这样，Snakemake就能够了解哪些作业已经完成，哪些作业仍在运行，以及哪些作业失败，从而更好地管理作业的执行。

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