使用biopython对PDB文件中的残基进行重新编号
可以通过以下步骤实现：
- 导入所需的模块和库：from Bio import PDB
- 创建一个PDB解析器对象：parser = PDB.PDBParser()
- 使用解析器读取PDB文件：structure = parser.get_structure("PDB_ID", "path/to/pdb/file.pdb")其中，"PDB_ID"是PDB文件的标识符，可以自定义，"path/to/pdb/file.pdb"是PDB文件的路径。
- 获取PDB文件中的链和残基信息：chains = structure.get_chains() for chain in chains: residues = chain.get_residues() for residue in residues: # 在这里进行重新编号的操作
- 进行残基重新编号的操作，可以根据需要使用不同的方法。以下是一个示例，将残基按照顺序重新编号：new_residue_number = 1 for chain in chains: residues = chain.get_residues() for residue in residues: residue.id = (' ', new_residue_number, ' ') new_residue_number += 1
- 保存修改后的PDB文件：io = PDB.PDBIO() io.set_structure(structure) io.save("path/to/new/pdb/file.pdb")其中，"path/to/new/pdb/file.pdb"是保存修改后的PDB文件的路径。
以上是使用biopython对PDB文件中的残基进行重新编号的基本步骤。biopython是一个强大的生物信息学工具库，可以用于处理PDB文件中的各种生物分子结构信息。在云计算领域中，可以将biopython应用于生物信息学、药物研发、蛋白质结构预测等方面的任务。
腾讯云相关产品和产品介绍链接地址：
- 腾讯云产品：云服务器（https://cloud.tencent.com/product/cvm）
- 腾讯云产品：云数据库MySQL版（https://cloud.tencent.com/product/cdb_mysql）
- 腾讯云产品：人工智能机器学习平台（https://cloud.tencent.com/product/tiia）
- 腾讯云产品：物联网开发平台（https://cloud.tencent.com/product/iotexplorer）
- 腾讯云产品：移动推送服务（https://cloud.tencent.com/product/umeng_push）
- 腾讯云产品：对象存储（https://cloud.tencent.com/product/cos）
- 腾讯云产品：区块链服务（https://cloud.tencent.com/product/baas）
- 腾讯云产品：腾讯会议（https://cloud.tencent.com/product/tc-meeting）
- 腾讯云产品：腾讯会议（https://cloud.tencent.com/product/tc-meeting）
- 腾讯云产品：腾讯会议（https://cloud.tencent.com/product/tc-meeting）
相关·内容
0回答
使用biopython对PDB文件中的残基进行重新编号
bioinformatics、biopython、pdb、pdb-files、sequence-alignment
Templatepdb:-----------------ISFSASHR------FSHAQADFAG 原始pdb新的pdb : RES ID = 18 18 18 19 19 19 20 20 20 21 22 23 24 25 31 31 31 32 32 33 34 35 36 ...仅计算间隙(“”-
浏览 44提问于2017-06-15得票数 0
2回答
Biopython的PDB模块中可能存在的一个错误(其中一个残基的坐标错误)
bioinformatics、biopython
我确信我已经在Biopython的PDB模块中发现了一个可能的错误。简而言之，我一直在从PDB的2r09结构中寻找配体。这个结构包含两个相同的"4IP“杂残基的拷贝，它们都与蛋白质分子紧密相连。我已经手动比较了pdb文件中的坐标和我使用biopython获得的坐标，而且它们确实不匹配
浏览 23提问于2022-08-25得票数 0
1回答
使用Biopython的PDBIO创建PDB文件时，只使用某些文件
python、bioinformatics、biopython、protein-database
我正在编写一个脚本，重新命名蛋白质结构(CIF文件)，然后保存它们(PDB文件: Biopython没有CIF保存功能)。
对于我使用的大多数文件，它都能工作。但是对于6ek0.pdb、5t2c.pdb和4v6x.pdb这样的文件，我总是为io.save函数的同一行获取相同的TypeError。当我不对文件<e
浏览 1提问于2018-05-29得票数 1
回答已采纳
1回答
在Biopython PDB模块中获取残基编号和残基名称
python、bioinformatics、biopython
我目前正在使用pymol的iterate来获得所有的残基数字，然后我使用这些数字来检索残基名称。我不认为这是最好的方法。我试图在biopython中寻找一种方法，但无济于事。我将非常感谢您的意见和建议。
一个次要问题，有时甚至连chaini.resname都会给我一个带有一定残差的KeyError：(‘'，'number'，’')，这让我使用了try和exce
浏览 37提问于2017-03-17得票数 2
3回答
蛋白质结构文件(pdb)中残基的重新编号
python、biopython
作为我们在公共服务器(例如genbank)上管理所有已知文件的努力的一部分，我遇到的一个问题是许多(~50%)所有已解决的结构没有根据蛋白质进行编号。也就是说，一个亚域是结晶的(氨基酸310-450)，然而结晶学家将其存放为残基1-140。我想知道有没有人知道给整个pdb文件重新编号的方法。我已经找到了重新编号
浏览 0提问于2011-05-13得票数 5
回答已采纳
2回答
将杂原子添加到pdb文件
bioinformatics、biopython、pymol
我正在使用Biopython对pdb文件执行各种操作。随后，我想向由Biopython生成的Biopython结构对象添加一些新原子。在Python中有没有好的/推荐的方法来做这件事。Biopython似乎只提供了写出pdb文件的现有元素的选项，而不是创建新的元素。
浏览 5提问于2019-11-10得票数 0
1回答
pdb文件中的字典关键字
dictionary、protein-database
我试图浏览一个.pdb文件，计算蛋白质复合体A和B链上不同残基的α碳原子之间的距离，然后将距离与链标识符和残基编号一起存储在字典中。例如，如果在链A上的残基100上发现了第一个α碳("CA")，而它所结合的那个在链B上的残基123上，我希望我的字典看起来像d={(A，100):B，123，distance_between_at
浏览 4提问于2016-11-22得票数 0
1回答
Bio.PDB如何识别杂化残基？
structure、biopython、pdb
我想知道Bio.PDB如何将残基识别为杂残基。我知道residue.id方法返回一个元组，其中第一项是异种标志，第二项是残基标识符(number)，第三项是插入代码。但是，内部代码如何决定将什么放入hetero标志字段中呢？它是否检查残留物中的原子是HETATM记录还是ATOM记录？
或者它会检查每个残基中的原子名称，并将其与一些杂原子进行比较？我问的原因是因为在4MDH链B<em
浏览 4提问于2018-05-09得票数 3
2回答
使用Python正则表达式查找和编辑文本文件的内容
regex、bioinformatics、python-3.7
我有一个充满氨基酸的文本文件(CA-Final.txt)以及其他一些数据。下面是文本文件的一个片段ATOM到目前为止，以下是我的代码 i = open('CA-final.txt', 'w')
j = open(txtFileName,
浏览 2提问于2018-11-02得票数 1
1回答
Biopython PDB:计算原子与点之间的距离
python、distance、point、biopython、protein-database
使用典型的pdb文件，我可以使用类似于Biopython文档中的方法计算结构中两个原子之间的距离。如下所示：parser = PDB.PDBParser()
structure = parser.get_structure= resi
浏览 5提问于2016-05-06得票数 2
回答已采纳
1回答
用PYMOL创建“稳定”键
pymol
我想通过两个残基的侧链在两个残基之间创建一个内酰胺桥(肽键)，从原始的肽序列(pdb文件)开始。我使用了PYMOL中的两个函数" bond“和"fuse”来形成这个绑定。"bond“运行良好，但一旦我重新打开文件(这就是我所说的”稳定“)，该键就不再存在了。"Fuse“根本没有显示出这种联系。
浏览 4提问于2014-09-18得票数 0
2回答
在Pymol中获得所有的二面角
pymol
我想在Pymol中得到蛋白质的所有二面角( phi，psi，chi1，chi2，chi3，chi4)，但我只能设法找到一个能显示phi和psi的函数。
浏览 9提问于2014-08-18得票数 2
1回答
如何用Bio.PDB分别保存PDB文件中的每个配基？
python、save、bioinformatics、biopython、protein-database
我有一份PDB文件列表。我想通过使用BioPython中的Bio.PDB模块提取所有文件(即杂原子)的配体，并将每个文件分别保存到PDB文件中。我尝试了一些解决方案，就像这个：Remove heteroatoms from PDB，我试图调整它来保持杂原子。但我得到的是所有配基都在同一个文件中
浏览 53提问于2020-04-23得票数 3
回答已采纳
2回答
PDB retrieve_pdb_file方法的“所需结构不存在”
python、bioinformatics、biopython
使用Biopython的Bio.PDB.PDBList从PDB下载一些蛋白质数据所需的行为是将PDB文件下载到工作目录。可能有用的信息：
使用代理，但我不认为这是问题，因为Biopython
浏览 12提问于2020-07-09得票数 0
回答已采纳
4回答
使用biopython，KeyError：'CA‘的分子内蛋白质残基接触图
python、biopython、pdb
我正在尝试识别3D蛋白质结构中接触的氨基酸残基。我是BioPython新手，但我发现这个网站很有帮助import Bio.PDBpdb_filename = "1qhw.pdb"
def
浏览 1提问于2017-06-08得票数 1
1回答
将多个PDB文件分割成链并保存为单独的文件
python、biopython、pdb
我试图使用Biopython拆分大量pdb文件，然后将它们保存为名为pdbid_chain.pdb的单独文件。到目前为止，我没有成功。此外，我对python非常陌生。#pdb_list contains a list of 208 pdb structures
f
浏览 14提问于2022-03-05得票数 0
1回答
通过从文本文件导入残基列表使用PyMol脚本选择蛋白质中的保守残基
python、bioinformatics、pymol
我想使用PyMol脚本选择蛋白质中某些高度保守的残基(通过评分机制计算，并在文本文件中列出-每个残基在一行中)。下面我正在使用的PyMol脚本不起作用。如果有人能帮助我，我将不胜感激。脚本的某些部分在单独运行时工作得很好-当脚本中提到残留数时，Pymol脚本不需要从文本文件导入列表，而只有将数字从文件加载到数组中的python脚
浏览 0提问于2012-12-08得票数 1
1回答
即使pdb退出，Biopython也无法下载文件
biopython
我正在尝试使用biopython和python3自动下载pdbs。然而，对于一些pdbs，我有一个问题，我得到了一个404错误。urllib.error.HTTPError: HTTP Error 404: Not Foundimport Bio
from Bio.PDB
浏览 18提问于2017-03-16得票数 1
回答已采纳
1回答
MATLAB读取pdb文件的特定字段
matlab、coordinates
我的问题是，我想提取某些原子的坐标，这些原子只对应于PDB文件中的一些残基。例如，我想提取PDB文件中存在的所有丙氨酸的CA原子的坐标。我尝试使用find(strcmp(atom，' CA '))，但它给了我所有的CA原子，而不是只给出了丙氨酸的CA。如何在MATLAB中解决这个问题？请帮帮
浏览 0提问于2015-09-06得票数 1
我正在使用Biopython将结构加载到我的代码中。然后，我通过PyRosetta将它们转换为姿势，因为我想将我的theo结构与PDB网站结构对齐。这是我的代码： pdbl = PDBList()
native_pdb = pdbl.retrieve_pdb_file('%s' %protein, pdir='/my/directory/path/test_nati
浏览 82提问于2021-06-21得票数 0
扫码
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关资讯
热门标签
云服务器
即时通信 IM
ICP备案
对象存储
实时音视频活动推荐
腾讯云开发者
