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R」ggplot2在R开发使用

尤其是在R编程改变了从ggplot2引用函数方式,以及在aes()和vars()中使用ggplot2非标准求值方式。...而这两个函数都使用了非标准计算,如果你在中直接使用它,后面再CMD check使用会引入一个note。 所有的Error, warning和note都需要解决才能上传到CRAN。...这种tidy eval计算符号会捕捉用户提供表达式,并将其传递给使用非标准计算函数,如aes()或vars()。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在通常用于可视化对象(例如,在一个plot()-风格函数)。...如果没有,则会将主题对象存储在编译后字节码,而该字节码可能与安装ggplot2不一致!

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使用R内置数据不能通过两个冒号吗?

最近粉丝提问她在使用一个叫做pbcmcR时候,遇到了如下所示错误: 'pam50' is not an exported object from 'namespace:genefu' 也就是说...,这个pbcmc居然去责怪了 genefu 两个R地址: https://bioconductor.riken.jp/packages/3.3/bioc/html/pbcmc.html https...://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/genefu.html 我去查看了叫做pbcmcR源代码,发现里面大量使用两个冒号语法: grep...而且是可以使用: 重新安装和加载源代码 是不是超级简单啊,这个debug过程。...本来呢,我其实是应该去修改 genefu 这个,让它 export里面的pam50这个数据,而不是修改 pbcmcR源代码。不过,无所谓啊, 让他们两个互相适应就好了。

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记录单细胞学习过程两个R报错

下面是记录单细胞学习过程两个R报错 (生信技能树学员周现在) 1.SeuratData,因为学习单细胞测序很多示例数据全在这个里,所以这个出镜频率其实是比较高,但是我在成功下载后library...出现了如下报错 1.1我解决方法:因为我需要是SeuratDatapbmc3k数据集,我就直接去下载了我需要这个数据集然后手动安装后,就可以成功使用这个数据集呐 1.1.1服务器安装下载...,内存小,整合效果也比较好,所以是比较常用一个。...在帅气Nickier助教提示下,我卸载了R和Rtools,重启电脑后,重装了R和Rtools,之后就可以成功安装harmony包了。...但是因为在R语言学习过程,我一般都不会管Warning信息只要不Error就接着跑。

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掌握机器学习数学基础之概率统计(二)

我们可以依据下面的求和法则来计算P(x) 注:这里有了大写字母表示随机变量,但其实要用小写,具体查看上面第一节。 注:“边缘概率”名称来源于手算边缘概率计算过程。...独立性和条件独立性 独立性:两个随机变量 x和y,如果它们概率分布可以表示成两个因子乘积形式,并且一个因子只包含x另一个因子只包含y,我们就称这两个随机变量是 相互独立: 条件独立性:如果关于 x...和 y 条件概率分布对于 z 每一个值都可以写成乘积形式,那么这两个随机变量 x 和 y 在给定随机变量 z 时是 条件独立(conditionally independent): 我们可以采用一种简化形式来表示独立性和条件独立性...简单相关系数:又叫相关系数或线性相关系数,一般用字母r 表示,用来度量两个变量间线性关系。...(1)离散型随机变量分布: 泊松分布 日常生活,大量事件是有固定频率,比如: 某医院平均每小时出生3个婴儿 某网站平均每分钟有2次访问 某超市平均每小时销售4奶粉 它们特点就是,我们可以预估这些事件总数

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深度学习-数学基础

另一种是在深度概率模型中使用方法,它不是将计算深度视为模型深度,而是将描述概念彼此如何关联深度视为模型深度。在这种情况下,计算每个概念表示计算流程图深度可能比概念本身图更深。...)可看作是矩阵乘积 \(x^{T}y\) 两个向量点积满足交换律 \[ x^{T}y=y^{T}x \] 矩阵乘积转置 \[ (AB)^{T} = B^{T}A^{T} \] 由两个向量点积结果是标量...如果两个向量都有非零范数,那么这两个向量之间夹角是 90 度。在 \(R^n\) ,至多有 \(n\) 个范数非零向量互相正交。...x 和 y,如果它们概率分布可以表示成两个因子乘积形式,并且一个因子只包含 x 另一个因子只包含 y,我们就称这两个随机变量是 相互独立(independent) \[ \forall x \...in X, y \in Y, p(x = x_0, y = y_0) = P(x = x_0)p(y = y_0) \] 如果关于 x 和 y 条件概率分布对于 z 每一个值都可以写成乘积形式,那么这两个随机变量

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正交-不相关-独立

本文介绍随机变量中正交、不相关、独立区别和联系。 概述 三者均是描述随机变量之间关系概念,看似都可以表示两个随机变量疏远关系,但定义和约束均有不同。...考察m维随机变量X,Y之间关系。...定义 正交 定义R(X, Y) = E[XY]为相关函数:若R(X, Y)=0,称X,Y正交 不相关 定义 E[XY] = E[X]E[Y],则X,Y不相关 X,Y协方差: Cov(X,Y...联合分布等于他们各自独立边缘分布乘积,则称为独立: p(X,Y) = p(X)p(Y) 关系 独立 -> 不相关 独立是对变量更严苛要求,如果两个随机变量独立,则必定不相关,也就是说独立是不相关充分不必要条件...若已知X,Y联合概率密度f(x, y)等于二者边缘密度函数g(x), h(y)乘积,则有: image.png 因此独立变量不相关,而相反不相关无法直接推导出独立 不相关 --高斯分布–> 独立

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概率论11 协方差与相关系数

前面介绍分布描述量,比如期望和方差,都是基于单一随机变量。现在考虑多个随机变量情况。我们使用联合分布来表示定义在同一个样本空间多个随机变量概率分布。 联合分布包含了相当丰富信息。...比如从联合分布抽取某个随机变量边缘分布,即获得该随机变量分布,并可以据此,获得该随机变量期望和方差。...对于一个已知联合分布来说,任意两个随机变量之间都可以计算出一个协方差,即一个数值。...计算各个格子[$(X-\mu_X)(Y-\mu_Y)$] 160cm 170cm 180cm 60kg 100 0 -100 70kg 0 0 0 80kg -100 0 100 上面的两个表,...我们先让[$\rho = 0$],此时联合分布相当于两个正态分布乘积。绘制不同视角同一分布,结果如下。可以看到,概率分布是中心对称。 ? ?

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概率论12 矩与矩生成函数

我们重新回到对单随机变量分布研究。描述量是从分布中提取出一个数值,用来表示分布某个特征。之前使用两个描述量,即期望和方差。在期望和方差之外,还有其它描述量吗?...根据期望可以线性相加特征,有: $$E(f(X)) = a_0 + a_1E(X) + a_2E(X^2) + a_3E(X^3) +  ... $$ 我们可以通过矩,来计算f(X)期望。...$$M^{\left( r \right)}(0) = E(X^r)$$ 有趣是,多次求导系数正好等于幂级数系数阶乘,所以可以得到上面优美的形式。...矩生成函数这一定义基于期望,因此可以使用期望一些性质,产生有趣结果。...那么对于随机变量[$Z = X + Y$],有 $$M_Z(t) = M_X(t)M_Y(t)$$  (基于独立随机变量乘积期望,等于随机变量期望乘积) 练习: 推导Poisson分布矩生成函数

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【读书笔记】之概率统计知识梳理

这篇笔记,主要记录花书第三章关于概率知识和信息论知识回顾。概率论在机器学习建模大量使用令人吃惊。因为机器学习,常常需要处理很多不确定量。...独立性(Independence):如果两个随机变量x,y,如果他们概率分布可以表示成两个因子乘积形式,并且一个因子只包含x,另一个因子只包含y,则这两个随机变量是相互独立。表示为: ?...条件独立性(conditionally independent):如果关于x和y条件概率分布对于z每一个值都可以写成乘积形式,那么这两个随机变量x和y在给定随机变量z时是条件独立。表示为: ?...指数分布(exponential distribution):在深度学习,我们经常需要在x=0处,取得边界点分布。可以使用指数分布。 ?...KL散度(Kullback-Leibler (KL) divergence):对于同一个随机变量x,有两个单独概率分布P(x)和 Q(x),使用KL散度来描述这两个分布差异。

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不得不学统计学基础知识(一)

2.协方差 协方差通俗理解就是两个变量在变化过程是同向还是反向?同向或反向程度如何?...你变大,同时我也变大,说明两个变量是同向变化,这时协方差就为正; 你变大,同时我变小,说明两个变量是反向变化,这时协方差为负 协方差计算公式: 如果有X,Y两个变量,每个时刻X与其均值之差’乘以‘...Y与其均值之差’得到一个乘积,在对这时刻乘积求和并求出均值。...解释:自变量X和因变量Y协方差/标准差乘积。 *协方差:两个变量变化是同方向还是异方向。X高Y也高,协方差就是正,相反,则是负。 *为什么要除标准差:标准化。...4、区别 (1)随机变量分布 大数定律:揭示了大量随机变量平均结果,但没有涉及到随机变量分布问题。 中心极限定理:说明是在一定条件下,大量独立随机变量平均数是以正态分布为极限

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概率论05 离散分布

伯努利分布 伯努利分布(Bernoulli distribution)是很简单离散分布。在伯努利分布下,随机变量只有两个可能取值: 1和0。随机变量取值1概率为p。...,并计算随机变量在不同点累积分布函数(CDF)。...在连续r次测试时,我们只需要保证最后一次测试是成功,而之前k-1次,有r-1次成功。这r-1次成功测试,可以任意存在于k-1次测试。...因此,负二项分布表达式为: image.png 练习: (可以使用scipy.statsngeom函数来表示负二项分布) 假设我们进行产品检验。产品合格率为0.65。...超几何分布 一个袋子中有n个球,其中r个是黑球,n-r是白球,从袋取出m个球,让X表示取出球黑球个数,那么X是一个符合超几何分布(hypergeometric distribution)随机变量

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详解Box-Muller方法生成正态分布

此时,其 PDF 可以写成两个一维正态分布 PDF 乘积。 ? 这种写法表明,二维正态分布仅用一个 r 向量就可以充分表达。注意,r 是向量,不仅有大小还有角度,有两个分量。...这两个分量本质上是独立,这就是 Box-Muller 方法巧妙之处。也就是,Box-Muller 通过角度和半径大小两个分量独立性分别单独生成并转换成 (x, y) 对。...我们视二维正态分布PDF为独立两部分乘积,第一部分是在 范围均匀分布,代表了二维平面角度 ,第二部分为 指数分布,代表半径大小。 ?...同时,根据下图, 和 可以直接用 u, v, R 表示出来,并不需要通过三角函数显示计算出 。有了半径, 和 ,则可以直接计算出 x, y 坐标,(下面用 代替 )。 ?...因此,它会丢弃一些生成随机数,但可能比基本方法更快,因为它计算更简单:避免使用昂贵三角函数,并且在数值上更稳健。

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决策树和机器学习算法贝叶斯解释

考虑一个需要使用决策树来解决二元分类问题。我们挑战是通过在决策过程包括所有树来对新数据实例x进行分类。您将如何进行呢?...如前所述,您必须使用贝叶斯来处理这个问题,它计算x属于特定类Y (y1或y2)概率。利用这个概率,您可以决定合适类。注意,从现在开始,我们将把X和Y看作随机变量(RV)。但你只需要这些RV吗?...这取决于训练数据集,因为对于不同数据集,树将进行修改。R.H.S建议在决策过程包括所有树,我们应将x属于树ty1概率乘以树是理想候选者概率,然后将所有乘积求和。...您可以使用不同分类或回归模型(ML算法)来代替几棵树,并计算其概率预言加权平均值以做出最终决定。在这里,您只需要用另一个随机变量M替换随机变量T,该随机变量M包含各种模型(算法)数组。 ?...我故意没有讨论过如何计算所讨论方程式每个项。这将花费很长时间,并且还涉及其他一些数学概念,例如Beta分布等。虽然本问主要说贝叶斯理论但是,决策树是很重要这个是肯定

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条件随机场(CRF)详细解释

变量非归一化联合概率是所有因子函数乘积,即 对于上面显示 V = (A, B, C, D) MRF,联合概率可以写为: 分母是每个变量可能取所有可能因子乘积总和。...条件随机场是马尔可夫随机场一个特例,其中图满足以下属性:“当我们在 X 全局条件下,即 当X随机变量值固定或给定时,集合Y所有随机变量都遵循马尔可夫性质p(Yᵤ/X,Yᵥ,u≠v)=p(Yᵤ/...Evidence structure and domain:假设集合 X 随机变量是大小为 F 实值向量,即∀ Xᵢ ϵ X, Xᵢ ϵ Rˢ。...表示点积,即W’c ε Rˢ。...可以使用上面提到方程进行编码,使用置信传播来计算边际并计算出导数,然后使用现成优化算法(如 L-BFGS)优化。

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概率图模型笔记(PART I)

在有向图模型,结点之间链接有一个特定方向,表达变量之间因果关系; 在无向图模型,节点之间没有方向限制,用于表达随机变量之间软限制 有向图 VS 无向图 有向图 有向图又可以称作贝叶斯网络、信念网络...在有向图中,有个箭头从x1指向x2,说明是由于x1“导致”x2,表示两者依赖关系。通过使用概率乘积规则,我们可以将这个有向图表示为数学公式: 下面我们通过一个栗子更好地了解有向图。 ?...“草地是湿(grass is wet)"原因可能有两个:洒水器打开(S=true)或下雨(R=true)。...根据上图可以写出三个随机变量联合分布: 接着我们去判断a, b两个节点是否条件独立,有两种情况: 「(1)没有变量是观测变量」 此时我们可以对a,b,c联合分布对c求积分,如果考虑c是离散,可得...将概率无向图模型联合概率概率分布表示为其最大团上随机变量函数乘积形式操作,称为因子分解。

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概率论05 离散分布

伯努利分布 伯努利分布(Bernoulli distribution)是很简单离散分布。在伯努利分布下,随机变量只有两个可能取值: 1和0。随机变量取值1概率为p。...,并计算随机变量在不同点累积分布函数(CDF)。...在连续r次测试时,我们只需要保证最后一次测试是成功,而之前k-1次,有r-1次成功。这r-1次成功测试,可以任意存在于k-1次测试。...k = 1,2,...$$ 练习: (可以使用scipy.statsngeom函数来表示负二项分布) 假设我们进行产品检验。...超几何分布 一个袋子中有n个球,其中r个是黑球,n-r是白球,从袋取出m个球,让X表示取出球黑球个数,那么X是一个符合超几何分布(hypergeometric distribution)随机变量

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PRML读书笔记(1) - 深度理解机器学习之概率论(Probability Theory)

概率基本法则 为了讲清楚概率基本两个法则,可以先考虑两个随机变量 X 和 Y 概率。...总结:给定两个随机变量 X 和 Y,定义 P(X),P(Y) 分别是随机变量 X 概率和随机变量 Y 概率;P(X,Y) 是 X 和 Y 联合概率(joint probability);P(X)...根据贝叶斯定理,要计算一只橘子从红盒子取出概率 p(B = r|F = o),还需要知道从红盒子取出一只橘子概率 p(F = o|B = r),其可以由已知条件直接计算出来为 3/4。...从开头概率基本法则介绍,我们已经知道,两个独立事件联合概率由每个事件边际概率乘积给出。因为我们数据 X 是 i.i.d。...取对数不仅简化了后续数学分析,而且在数值计算上也有帮助,因为大量小概率乘积很容易使计算数值精度下降,而这可以通过计算对数概率总和来解决。对数似然方程可以表示为如下形式: ?

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干货 | 条件随机场详解之模型篇

一般序列分类问题常常采用隐马尔可夫模型(HMM),但隐马尔可夫模型存在两个假设:输出独立性假设和马尔可夫性假设。...概率无向图模型因子分解 团与最大团: 无向图G 任何两个结点均有边连接结点子集称为团。若C是无向图G一个团,并且不能再加进任何一个G结点使其称为一个更大团,则称此C为最大团。...将概率无向图模型联合概率分布表示为其最大团上随机变量函数乘积形式操作,称为概率无向图模型因子分解。给定概率 模型,舍弃无向图为G,C表示G上最大团,Yc表示C对应随机变量。...式w—v表示在图G与结点v有变连接所有节点w,w≠v表示节点v以外所有结点,Yv,Yu与Yw为结点v,u,与w对应随机变量。在定义并没有要求X与Y具有相同结构。...则,条件随机场可以写成向量w与F(y,x)内积形式: ? 其中, ? 为了以后计算方便,下面将给出条件随机场矩阵形式。

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使用NumPy介绍期望值,方差和协方差

平均值(mean)由小写希腊字母mu表示,并且使用观察样本计算得出,而不是使用所有可能计算。...] [1.87082869 1.87082869] 协方差 在概率论,协方差是两个随机变量联合概率度量。它描述了两个变量怎样一起变化。...它表示为函数cov(X,Y),其中X和Y是两个随机变量。 cov(X,Y) 协方差计算为每个随机变量与期望值之差乘积期望值或平均值,其中E [X]是X期望值,E [Y]是y期望值。...r= cov(X, Y)/ sX sY 其中r是X和Y相关系数,cov(X,Y)是X和Y样本协方差,sX和sY分别是X和Y标准差。...协方差矩阵对角线是每个随机变量方差。 协方差矩阵是两个变量协方差泛化,并捕捉数据集中所有变量可以一起变化方式。 协方差矩阵表示为大写希腊字母Sigma。每对随机变量协方差如上计算

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