使用ggplot2热图直观显示每列中的NAs数量
ggplot2是一个用于数据可视化的R语言包。它提供了丰富的图形语法，可以轻松创建各种类型的图表，包括热图。
热图是一种用颜色编码数据的图表，可以直观地显示每列中的NAs数量。在ggplot2中，可以使用geom_tile函数创建热图。以下是创建热图的步骤：
- 导入ggplot2包：在R中，首先需要导入ggplot2包，可以使用以下命令进行导入：library(ggplot2)
- 准备数据：将数据准备为一个数据框，确保每列包含NAs值。例如，假设我们有一个名为data的数据框，其中包含多列数据，可以使用以下命令创建一个包含NAs的列：data$column_with_NAs <- c(1, 2, NA, 4, NA)
- 创建热图：使用ggplot函数创建一个基本的图形对象，并使用geom_tile函数添加热图层。在geom_tile函数中，可以使用is.na函数检查每个单元格是否为NA，并使用fill参数设置颜色编码。以下是创建热图的代码示例：ggplot(data, aes(x = 1, y = 1)) + geom_tile(aes(fill = is.na(column_with_NAs))) + scale_fill_manual(values = c("TRUE" = "red", "FALSE" = "green")) + theme_void()
在上述代码中，x和y参数设置热图的位置，fill参数根据is.na(column_with_NAs)的结果设置颜色编码。scale_fill_manual函数用于设置颜色映射，"TRUE"表示NA值，使用红色表示，"FALSE"表示非NA值，使用绿色表示。theme_void函数用于去除默认的坐标轴和背景。
热图的应用场景包括数据缺失值的可视化、数据质量分析等。通过热图，可以直观地了解每列中的NAs数量，帮助数据分析人员进行数据清洗和处理。
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需要使用NA-only数据创建ggplot热图，但得到“错误:必须从色调调色板中请求至少一种颜色”。
r、ggplot2、heatmap
我需要创建单行热图，它偶尔会从NA-only列派生，但无论如何都必须显示。在下面的示例中，从p2列生成热图将呈现“错误:必须从色调调色板请求至少一种颜色。”有没有办法强制ggplot显示一个“空的”热图？
library(ggplot2)
id <- letters[1:5]
p1 <- factor(c(1,NA,2,NA,3))
p2 <- factor(c(NA,NA,NA,NA,NA))
dat <- data.frame(id=id, p1=p1, p2=p2)
ggplot(dat, aes(x=id,y="identity")) + ge
浏览 1提问于2020-01-03得票数 3
1回答
R ggplot2热图，使用自定义范围强制离散比例尺，添加网格到地图。
r、ggplot2
我在热图下面创建了
为此，我使用了以下代码：
library(ggplot2)
library(reshape2)
winners_min_expd0 <- matrix(c(NA, 2, 2, 3, NA, 3, 2, 2, NA), nrow=3, ncol=3, byrow = T)
colnames(winners_min_expd0) <- c("homophily","heterophily","preferential")
rownames(winners_min_expd0) <- c("ho
浏览 1提问于2015-07-03得票数 1
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2回答
：将颜色分配给值
r、heatmap、geom-tile
我在R图库()中找到了以下热图的R代码，并对其做了一些修改：
# Library
library(ggplot2)
set.seed(10)
# Dummy data
x <- LETTERS[1:20]
y <- paste0("var", seq(1,20))
data <- expand.grid(X=x, Y=y)
data$Z <- runif(400, -1, 2)
print (data)
# Heatmap
ggplot(data, aes(X, Y, fill= Z)) +
geom_tile(color = "
浏览 5提问于2021-07-08得票数 1
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在X轴下方添加追踪颜色
r、ggplot2
我想在x轴下面添加一条线，它的颜色取决于未绘制的因子。
在这个例子中，我创建了一个箱形图，并想添加一条线来表示另一个变量。
使用汽车数据集作为示例，然后实际地了解我正在尝试做的事情：
ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg, fill=factor(am))) +
geom_boxplot()
我的想法是创建一个条形图、柱状图或geom_tile图，然后将其排列在箱形图的下方。这就是我在base R中的做法。有没有一种方法可以在ggplot2中添加这些颜色标签？
浏览 7提问于2018-08-15得票数 2
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1回答
基于因子的不同高填充颜色geom_tile热图
r、ggplot2、heatmap
我对使用geom_tile in ggplot2构建一个热图感兴趣，它基于一个因子使用了不同的高梯度颜色。
下面的图创建了基于xy_type的单个瓷砖颜色为蓝色或红色的地块，但没有渐变。
ggplot() +
geom_tile(data=mydata, aes(x=factor(myx), y=myy, fill=factor(xy_type))) +
scale_fill_manual(values=c("blue", "red"))
下面的图没有使用xy_type因子来选择颜色，但是我得到了基于xy_avg_value的单个组梯度。
ggplo
浏览 1提问于2012-04-19得票数 15
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1回答
如何在交互式ggplot2热图上放置图解
r、ggplot2
library(dplyr)
#>
#> Attaching package: 'dplyr'
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#>
#> filter, lag
#> The following objects are masked from 'package:base':
#>
#> intersect, setdiff, setequal, union
Apartment_no <-
浏览 1提问于2019-11-27得票数 1
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基于变量关系创建二进制热图
r、ggplot2、heatmap
我有下面的数据框 DrugName <- c("as","df","fg","gh","jk")
value <- c("AD","AD","AD","AD","SEL")
MELT <- data.frame(DrugName, value) 我想创建一个热图，它将药物名称作为行，目标符号作为列(在热图下面)，如果药物和目标之间没有关联，网格方块应该是白色的，如果药物和目标之间有关联，网格方块应该是黑色的。我使用：
浏览 22提问于2019-06-09得票数 1
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在r中具有重叠圆(填充和大小)的行列热图绘图
r、plot、ggplot2、heatmap
这是我正在尝试开发的一个图表：
我有行和列坐标变量，还有三个定量变量(rectheat =填充矩形热图，circlesize =圆的大小，circlefill =填充颜色热图)。NA应由不同的颜色(例如灰色)表示。
以下是数据：
set.seed (1234)
rectheat = sample(c(rnorm (10, 5,1), NA, NA), 7*14, replace = T)
dataf <- data.frame (rowv = rep (1:7, 14), columnv = rep(1:14, each = 7),
rectheat, c
浏览 2提问于2012-12-31得票数 5
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R ggplot热图手动装箱和选择中间箱颜色
r、ggplot2、heatmap、binning
我正在尝试生成具有不同颜色(红色、白色、蓝色)的热图，但白色位于选定的值(或改变比例)，而不是数据的自动拟合/居中。 样本数据集： set.seed(5)
demo <- data.frame(x = seq(from = -40, to = 40, by = 5), y = 0:5, data = runif(102, min = 0, max = 1)) 我生成热图的尝试基于以下几点： library(ggplot2)
library(ggsci)
ggplot(demo) + geom_tile(aes(x = x, y = y, fill = data), color = NA
浏览 12提问于2019-10-09得票数 2
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显示NA值+更改R中的颜色范围\ ggplot2
r、ggplot2、colors、grid、heatmap
我有一个输入文件file1.txt
rs113565588 SIFT 0.306
rs113565588 Polyphen2 0
rs113565588 MutationAssessor 0.345
rs61729896 SIFT NA
rs61729896 Polyphen2 NA
rs61729896 MutationAssessor NA
rs61755283 SIFT NA
rs61755283 Polyphen2 NA
rs61755283 MutationAssessor NA
rs777439738 SIFT NA
浏览 0提问于2018-08-18得票数 0
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绘制网格并根据R中的条件填充单元
r、ggplot2、plot
我有一个由0和1组成的数据框架(下面的例子)，我想要创建一个图:1方框=1年，如果值= 0，框是空的，如果它等于1，则用颜色填充。
我搜索了ggplot2，并试图做一个热图，但它只适用于连续变量，因此它不起作用。我认为这种类型的情节是不可能的基本R，所以，如果你有任何想法！
结果可能是这样的(用excel制作)：
An Qobs Q_mm Ptot Temp PE
1 1958 0 0 0 0 0
2 1959 1 1 1 1 1
3 1960 1 1 1 1 1
4 1961 1
浏览 2提问于2018-08-09得票数 0
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如何基于包含NAs的组值创建2D-网格、栅格或热图？
r、heatmap、r-raster
下列数据：
df <- data.frame(cbind("Group_ID" = c(1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4, 4, 4), "WBHO" = runif(20, 1.0, 7.0), "SI" = runif(20, 1.0, 7.0), "OORT" = c(2.34, 4.64, NA, 5.32, 3.23, 6.01, 5.43, 4.78, 3.98, 3.80, 4.45, NA, NA, 3.18, 4.87, NA, NA,
浏览 0提问于2018-06-13得票数 0
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新手:图对计数
r、plot、heatmap
我需要创建一个显示不同(charCount，wordCount)对计数的热图(其中charCount是许多字符，wordCount是文本摘要中的许多单词)。作为输入，我有一个csv文件，其中每一行都有两个数字：charCount和wordCount。我可以将它读到矩阵中，然后绘制热图：
data = read.csv("chars_words.txt", sep=",", header=FALSE)
mtx <- as.matrix(data)
heatmap(mtx)
然而，关于下列数据：
charCount, wordCount
1000,100
10
浏览 2提问于2016-01-12得票数 1
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创建多个颜色相同的饼图
r、ggplot2、pie-chart
我正在创建两个饼图使用ggplot。一张饼图有2000年的信息，另一张是2010年的。我的数据框架如下所示：
dat <- data.frame(consumer = c("A","A","A","A","A","A"),
producer = c("B","C","D","B","C","D"),
value = c(15,2
浏览 3提问于2022-09-06得票数 1
6回答
将NAs从ggplot中剔除
r、ggplot2
这是一个非常基本的问题，因为我刚刚开始使用R，但是我试图在ggplot2中创建一个因子计数的条形图，在绘图时，得到14个表示我实际水平的小彩色点，然后在最后得到一个巨大的灰色条，代表样本中的5000多个NAs (这是一个只适用于大约5%样本的问题的调查数据)。我尝试了以下代码，但没有结果：
ggplot(data = MyData,aes(x= the_variable, fill=the_variable, na.rm = TRUE)) +
geom_bar(stat="bin")
这里添加的na.rm参数没有明显的效果。
同时
ggplot(data = na.o
浏览 8提问于2013-06-20得票数 43
2回答
如何用ggplot2绘制NA条
r、ggplot2
我想画一张条形图，上面显示的是男性、女性和NAs的数量。问题是，当我添加选项fill=gender对条形图着色时，就失去了NA条。我应该使用什么选择来保持NA酒吧也有颜色？
name <- c("Paul","Clare","John","What","Are","Robert","Alice","Jake")
gender <- c("male","female","male",NA,NA,"mal
浏览 3提问于2013-09-23得票数 8
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2回答
具有范围值颜色的ggplot2热图
r、ggplot2、heatmap
我想在ggplot2中制作一个热图。我的玩具数据和代码是：
set.seed(12345)
dat <-
data.frame(
Row = rep(x = LETTERS[1:5], times = 10)
, Col = rep(x = LETTERS[1:10], each = 5)
, Y = rnorm(n = 50, mean = 0, sd = 1)
)
library(ggplot2)
p <- ggplot(data = dat, aes(x = Row, y = Col)) +
geom_tile(aes
浏览 1提问于2012-06-11得票数 31
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1回答
旋转方格图的上三角形
r、ggplot2、bioinformatics、heatmap
我画了一个这样的热图：
ggplot(test, aes(start1, start2)) +
geom_tile(aes(fill = logFC), colour = "gray", size=0.05) +
scale_fill_gradientn(colours=c("#0000FF","white","#FF0000"), na.value="#DAD7D3")
这画了一个热图的上三角形。我想要画的是完全相同的三角形，但有低音作为x-axis。
我该怎么做？
编辑：添加了可重复的例子
浏览 2提问于2016-12-12得票数 4
1回答
在热图上设置连续发散色标度的中点
r、ggplot2、heatmap
我需要通过ggplot2调整热图的中点位置。我在谷歌上搜索过，并看到scale_fill_gradient2是一个很好的适合，但颜色似乎不符合我正在寻找的。我知道z需要从0到1的范围。示例数据集生成如下：
library(ggplot2)
library(tibble)
library(RColorBrewer)
set.seed(5)
df <- as_tibble(expand.grid(x = -5:5, y = 0:5, z = NA))
df$z <- runif(length(df$z), min = 0, max = 1)
我试着用scale_fill_gradie
浏览 2提问于2019-11-05得票数 4
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1回答
ggplot2 y-轴顺序在减法后的变化
r、ggplot2、r-factor
我有一个函数按照预期工作，直到我子集它。函数plotCalendar()是我尝试使用带facet的ggplot2来绘制日历热图。Y轴顺序很重要，因为它是用于"WeekOfMonth“的--当顺序颠倒时，数据即不像日历。
代码如下，首先是调用代码，然后是生成某些数据的函数- generateData()，然后是绘图函数- plotCalendar()
当我对数据使用df时，代码按照预期的方式工作，但是当我使用df2 (子设置的数据)时，WeekOfMonth的顺序沿着y轴颠倒。
library(ggplot2)
library(ProgGUIinR)
library(chron)
df
浏览 1提问于2014-05-05得票数 1
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