如果不想安装额外包,用ifelse;如果是单个条件,用dplyr::if_else;如果多个条件,用dplyr::case_when (更可读)
我们不建议使用这种方式,因为一个无效测量不代表所有测量都是无效的。此外,如果数据质量不高,若对每个变量都采取这种做法,那么你最后可能会发现数据已经所剩无几!
数据框函数- 排序arrange()和desc参数、distinct()去重复、mutate()数据框新增列
分支语句的作用是在某些条件控制下有选择的执行实现一定功能语句块。if 分支语句则是当if后的条件满足时,if 下的语句块被执行,语法格式如下所示:
承接R&Python Data Science 系列:数据处理(1)继续介绍剩余的函数。
如何找到somatic的突变信息的maf文件,仍然是从UCSC的XENA浏览器里面选择NSCLC的里面的LUAD数据集即可,这个是网页里面的鼠标点击操作。值得注意的是网页里面关于同一个癌症有两个跳转链接哦(其中一个带有GDC的前缀):
arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小 desc()
可以看到,分支条件已经到了9个,在Service层直接调用了持久层(Mybatis)提供的接口,也还算清晰。不过代码量太大,增加个状态就要修改这个类,难以维护。 那么我们该如何优化呢? 核心思想:使用多态代替判断条件
本杂志开源(GitHub: ShixiangWang/weekly[1]),欢迎提交 issue,投稿或推荐生信相关内容。
David Salazar 发布了一系列博客介绍因果关系。在之前的文章中,他将因果关系定义为干预分布(interventional distribution),并介绍了两种识别因果关系的策略:后门准则和前门准则。然而,这些准则并不适用于所有因果关系。
博客原文:https://suzan.rbind.io/2018/01/dplyr-tutorial-1/ 作者:Suzan Baert
哈喽,我是学习生物信息学的阿榜!非常感谢您能够点击进来查看我的笔记。我致力于通过笔记,将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误,欢迎指正。让我们一起加油,一起学习进步鸭? 这份学习目录可以
《R for Data Science》: http://r4ds.had.co.nz/
例如 y=c("nihaoa 11","niyehaoa 22","zhangsongwen 33")
1.字符串图片1.str_length图片x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."x### 1.检测字符串长度str_length(x)length(x) #返回字符串的个数2.str_splitsplit返回列表,但是列表不能进行计算,对列表进行取子集### 2.字符串拆分str_split(x," ")x2 = str_split(x," ")[[1]];x2y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152")st
-(3)注意:之前提到过,矩阵的某一列不能单独转换数据类型,需要把矩阵转换成数据框再转换某列的数据类型;或者把这列单独提取出来再转换其数据类型;
单核苷酸多态性主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种,占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在,平均每300个碱基对中就有1个,估计其总数可达300万个甚至更多。SNP是一种二态的标记,由单个碱基的转换或颠换所引起,也可由碱基的插入或缺失所致。SNP既可能在基因序列内,也可能在基因以外的非编码序列上。
机器学习的研究领域是发明计算机算法,把数据转变为智能行为。机器学习和数据挖掘的区别可能是机器学习侧重于执行一个已知的任务,而数据发掘是在大数据中寻找有价值的东西。 机器学习一般步骤 收集数据,将数据转化为适合分析的电子数据 探索和准备数据,机器学习中许多时间花费在数据探索中,它要学习更多的数据信息,识别它们的微小差异 基于数据训练模型,根据你要学习什么的设想,选择你要使用的一种或多种算法 评价模型的性能,需要依据一定的检验标准 改进模型的性能,有时候需要利用更高级的方法,有时候需要更换模型 机器学习算法
行列引用、条件筛选等可以简单的数据管理,但其在无法有效处理多次、多重、有规律的循环和判断问题,而控制流却可以通过循环、判断、跳错等等操作轻松处理此类问题。
在这个例子中,IfElse op比起Switch花费更少的时间(大约一半),因为它只计算两个变量中的一个。
创建对象的3种方法 使用构造器创建对象 使用构造器创建对象.png 直接创建对象 直接创建对象.png 使用字面量创建对象 使用字面量创建对象.png 循环 if else if_else判断.p
[1] "The birch canoe slid on the smooth planks."
专题一:玩转字符串1.检测字符串长度x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."xstr_length(x)#检测字符串内的字符数,空格也算length(x)#向量里面元素的个数2.字符串拆分str_split(x," ")#以空格为分隔符号将字符串拆分开x2 = str_split(x," ")[[1]];x2y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152")str_split(y," ")str_split(y,"
一、玩转字符串 stringr包 图片 1.str_length() 检测字符串长度 x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x ### 1.检测字符串长度 str_length(x) #计算字符串中有多少字符 length(x) #计算向量中元素的个数 图片 图片 2. str_split 字符串拆分 x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x ### 2.字符串拆分 str_sp
ctrl+shift+m,把上一个运算的结果输入为下一个函数的第一个参数,可以省略很多中间变量
其中里面的普通转录组数据集链接是:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE243245
semi_join anti_join实际上没有发生过两个数据框的连接,其实是对左边的数据框取子集
step1 对matrix进行转置:使gene名变为列名,将样本名转化为data.frame中的第一列
当然了,如何提问,就需要一点点背景知识啦, 比如知道什么是变异位点,什么是过滤,然后就可以很简单的两个提问即可:
在构建预测模型的开始可以使用数据分割构建训练集和测试集,也可以在训练集中用于执行交叉验证或自举(bootstrapping),以评估模型。
⚠️注意:str_spilt的第二个参数,写你想分割的符号,上面代码“hello world”的分割是空格,因此输入“ ”,同样也可以是其他符号。
转载于36大数据,原文作者:Selva Prabhakaran 译者:fibears
众所周知,当我们利用R语言处理大型数据集时,for循环语句的运算效率非常低。有许多种方法可以提升你的代码运算效率,但或许你更想了解运算效率能得到多大的提升。本文将介绍几种适用于大数据领域的方法,包括简
小程序里面也是有条件判断的,我相信大家在开发java if和jstl c:if c:when。有人说在程序员眼里只有if else,可见重要性。一起了解下微信小程序额的条件判断吧。源码:https://github.com/limingios/wxProgram.git 中的No.8 小程序的条件判断 view wx:if={{condition}} block wx:if={{condition}} 官方的阐述 https://developers.weixin.qq.com/miniprogram/de
单细胞数据完成差异分析后,可以根据结果进行后续的GO ,KEGG,GSEA富集分析,推荐使用clusterProfiler-R包,可参考 R|clusterProfiler-富集分析 clusterProfiler|GSEA富集分析及可视化 。
的编号开头是? •GSM
ABBA BABA 统计(也称为 D 统计)为偏离严格的分叉进化历史提供了简单而有力的检验。因此,它们经常用于使用基因组规模的 SNP 数据测试基因渗入。
最近我们被客户要求撰写关于混合效应广义线性模型的研究报告,包括一些图形和统计输出。本教程为读者提供了使用频率学派的广义线性模型(GLM)的基本介绍。具体来说,本教程重点介绍逻辑回归在二元结果和计数/比例结果情况下的使用,以及模型评估的方法
1写在前面 作为现在最火的scRNAseq分析包,Seurat当之无愧。😘 本期开始我们介绍一下Seurat包的用法,先从基础质控和过滤开始吧。🥳 2用到的包 rm(list = ls()) library(Seurat) library(tidyverse) library(SingleR) library(celldex) library(RColorBrewer) library(SingleCellExperiment) 3示例数据 3.1 读取10X文件 这里我们提供一个转成gene symbo
碎碎念:这个没啥好仔细展示的,含义也很直观,主要是要记住有这个函数,等需要用的时候回来找
❝本节再来介绍使用「ggsankey」绘制桑基图,下面小编就通过一个具体案例来介绍如何绘制此图; library(tidyverse) library(ggsankey) library(wesanderson) 导入数据 records <- read_csv('records.txt') drivers <- read_csv('drivers.txt') 定义调色板 pal <- wes_palette("Zissou1") 设置主题 theme_set( theme_minimal() +
语句(statement)是一条单独的R语句或一组复合语句(包含在花括号{ } 中的一组R语
对于多个if条件判断的情况下,我们使用switch来代替ifelse对于代码来说会更加的清晰明了,那么他们的效率对比呢?从PHP手册中发现有人已经对比过了,自己也用他的代码进行了实验:
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