首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

只从PDB文件中提取我们需要的链

PDB文件是蛋白质数据银行(Protein Data Bank)的文件格式,用于存储蛋白质的结构信息。在云计算领域中,提取需要的链是指从PDB文件中获取特定蛋白质链的信息。

蛋白质链是由氨基酸残基组成的线性多肽链,在PDB文件中,每个链都有一个唯一的标识符,通常以字母表示(如A、B、C等)。提取需要的链可以通过解析PDB文件并根据标识符筛选出目标链的信息。

以下是一种可能的实现方法:

  1. 解析PDB文件:使用编程语言(如Python)中的相应库(如Biopython)来读取PDB文件的内容。
  2. 遍历链信息:遍历PDB文件中的所有原子信息,并提取每个原子所属的链的标识符。
  3. 筛选目标链:根据需求,选择目标链的标识符进行筛选,可以是单个链或多个链。
  4. 提取链信息:将目标链的原子信息提取出来,包括原子坐标、残基类型、氨基酸序列等。
  5. 可选的进一步处理:根据需求,可以对提取的链信息进行进一步处理,如计算二级结构、分析结构特征等。

在云计算领域中,可以利用云计算平台提供的弹性计算能力和存储服务来处理大规模的PDB文件和蛋白质结构数据。以下是腾讯云相关产品和服务的推荐:

  1. 云服务器(Elastic Compute Cloud,ECS):提供可弹性伸缩的虚拟服务器实例,可用于运行解析PDB文件和提取链信息的程序。
  2. 云数据库(Cloud Database):提供高性能、可扩展的数据库服务,可用于存储和管理提取的链信息。
  3. 云存储(Cloud Storage):提供安全可靠的对象存储服务,可用于存储PDB文件和提取的链信息。
  4. 人工智能平台(AI Platform):提供丰富的人工智能算法和工具,可用于进一步处理和分析提取的链信息。

请注意,以上推荐的腾讯云产品和服务仅供参考,具体选择应根据实际需求和预算来决定。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

ceph对象中提取RBD指定文件

前言 之前有个想法,是不是有办法找到rbd文件与对象关系,想了很久但是一直觉得文件系统比较复杂,在fs 层东西对ceph来说是透明,并且对象大小是4M,而文件很小,可能在fs层进行了合并,应该很难找到对应关系...,最近看到小胖有提出这个问题,那么就再次尝试了,现在就是把这个实现方法记录下来 这个提取作用个人觉得最大好处就是一个rbd设备,在文件系统层被破坏以后,还能够rbd提取文件我们知道很多情况下设备文件系统一旦破坏...,所以在rbd层进行提取时候是需要得到是分区当中文件相对整个磁盘一个sector偏移量 rbd对象结构 [root@lab8106 ~]# rados -p rbd ls|grep datarbd_data...,大小为10G分成两个5G分区,现在我们在两个分区里面分别写入两个测试文件,然后经过计算后,后台对象文件读出 mount /dev/rbd0p1 /mnt1 mount /dev/rbd0p2...单位就是512b 这样就把刚刚fstab文件读取出来了,skip就是文件sector相对磁盘起始位置,count就是文件所占block数目 继续我们对象提取方式,上面的(10177..10184

4.7K20

如何 Debian 系统 DEB 包中提取文件

DEB 包是 Debian 系统中常见软件包格式,用于安装和管理软件。有时候,您可能需要从 DEB 包中提取特定文件,以便查看其内容、修改或进行其他操作。...本文将详细介绍如何 Debian 系统 DEB 包中提取文件,并提供相应示例。图片使用 dpkg 命令提取文件在 Debian 系统,可以使用 dpkg 命令来管理软件包。...该命令提供了 -x 选项,可以用于 DEB 包中提取文件。...示例 2: 提取 DEB 包特定文件dpkg -x package.deb /path/to/extract/file.txt这条命令将提取 package.deb 名为 file.txt 文件...提取文件后,您可以对其进行任何所需操作,如查看、编辑、移动或复制。结论使用 dpkg 命令可以方便地 Debian 系统 DEB 包中提取文件

3K20

如何使用IPGeo捕捉网络流量文件快速提取IP地址

关于IPGeo  IPGeo是一款功能强大IP地址提取工具,该工具基于Python 3开发,可以帮助广大研究人员捕捉到网络流量文件(pcap/pcapng)中提取出IP地址,并生成CSV格式报告...在生成报告文件,将提供每一个数据包每一个IP地址地理位置信息详情。  ...报告包含内容  该工具生成CSV格式报告中将包含下列与目标IP地址相关内容: 1、国家; 2、国家码; 3、地区; 4、地区名称; 5、城市; 6、邮编; 7、经度;...8、纬度; 9、时区、 10、互联网服务提供商; 11、组织机构信息; 12、IP地址;  依赖组件  在使用该工具之前,我们首先需要使用pip3包管理器来安装该工具所需依赖组件...,你还需要手动安装Tshark: sudo apt install tshark  工具安装  由于该工具基于Python 3开发,因此我们首先需要在本地设备上安装并配置好Python 3环境。

6.6K30

生物信息Python 05 | Genbank 文件提取 CDS 等其他特征序列

而NCBI 基因库已经包含有这些信息,但是只有一部分是整理可下载。而剩下一部分可以通过 genbank给出位点信息来提取,个人能力有限,这里做抛转之用。...下面以提取 CDS 为例,记录提取序列过程,其他特征序列类似。 2 结构目录 ?...3 Python代码 序列自动下载可以通过 Biopython Entrez.efetch 方法来实现,这里以本地文件为例 #!...genbank 文件提取 cds 序列及其完整序列 :param gb_file: genbank文件路径 :param f_cds: 是否获取一个 CDS 序列 :return...: fasta 格式 CDS 序列, fasta 格式完整序列 """ # 提取完整序列并格式为 fasta gb_seq = SeqIO.read(gb_file, "genbank

4.5K10

使用Python分析蛋白质pdb文件

今天我们使用python一个处理pdb库: Bio.pdb 就可以通过pdb文件获取蛋白质各种有用信息了: 首先我们今天实验目标是: 随机pdb bank抽取一个小蛋白质, pdb id...是1mh1 首先第一个很重要函数,通过pdb文件加载蛋白质结构,我们接下来操作都将基于此函数返回进行操作: def load_structure(pdb_file): parser =...在形成肽键过程,每个氨基酸失去了一个水分子(一个羧基-OH和另一个氨基-H)。失去这些原子组成水分子后,氨基酸在蛋白质部分被称为“氨基酸残基”。...简而言之,氨基酸残基是氨基酸在脱水缩合成蛋白质形式。 总结来说,氨基酸是单独存在时形态,而当它们通过肽键连接成蛋白质时,每个氨基酸成为蛋白质一部分,这时它们被称为氨基酸残基。...氨基酸残基保留了氨基酸和与肽键相关部分,但失去了参与形成肽键一些原子。

32210

分子对接教程 | (4) 蛋白受体文件预处理

我用是2.4版本,有点喜新厌旧啦。 首先我们打开pyMOL这个软件 ? 我们这里可以直接打开我们下载pdb格式分子结构文件,如果是PDB数据库蛋白,我们可以通过命令fetch 1e8y下载。...如果窗口中不显示该结构信息,我们在软件右下角点一下S,就出来了。或者菜单栏Display里勾选Sequence ?...如果我们去掉组分比较多,比如有多条,去掉了其中一些,把不需要水分子,离子,溶剂分子去掉,保留对对接需要部分,对剩下结构我们需要进行一个修复。...我这里修复后文件继续保存为:1E8Y_PYMOL.pdb,也就是覆盖了上面的那个文件。 接下来我们打开AutoDockTools(ADT),打开我们前面保存文件1E8Y_PYMOL.pdb。 ?...我们这里已经去掉水分子了,所以这一步省略。 ? 接下来就是加氢,因为pdb数据库中下载蛋白质晶体结构是没有氢原子(除了很少分辨率小于1A蛋白质有H),这是一个技术问题。

5.2K61

Alphafold预测后小工具

例如这个样子: 首先是预测: 然后是下载下来压缩包: 然后选择其中一个解压打开看一下: 会有这样一个子文件夹 然后就是这亚子: 那么每次使用pymol查看蛋白质三级结构都是需要打开那五个pdb文件一个...先理清楚思路: 首先我们需要解压这个文件夹下所有的压缩文件,因为这些都是预测出来蛋白质结构压缩包。...然后我们需要提取或者把其中一个文件夹里某个pdb结尾文件复制出来,或者说复制到我们指定某个系统文件下,然后使用代码来展示这个pdb结构。...ok,我们来看一下花了多久? 没错,花了一秒时间,帮我们省了很多时间。...然后就是对应展示了,直接使用py3dmol就可以了: 首先还是遍历pdb文件,因为我们已经把21个pdb文件复制到了某一个目录下: os.chdir('D:\pdbCopy') # 获取当前文件所有文件文件夹名

20110

PDB文件说明

在每个聚合末端都必须有TER记录, 但因序列无序造成中断处不需要该记录. 例如, 一个血红蛋白分子包含四个亚. 彼此之间并不相连....原子元素符号在13-14列右对齐 一般14列开始写, 占四个字符原子名称才会13列开始写....如果你使用其他程序语言, 可根据上面的格式说明转换为相应形式. PDB文件示例 单蛋白 胰升血糖素(Glucagon)是一个小蛋白, 29个残基处于单条....根据PDB标准, TER记录标识了分子结束. 文件如果缺失了TER记录, 应该插入它们. 或者, 作为替代方法, 对每条使用不同标识符....序列之外残基 在下面的例子, 出现于文件第二个残基(SER)被错误地编号为残基5. 许多可视化程序会显示残基5与残基1和3相连, 但只有当初确实需要这样时才正确.

1.5K10

分子对接简明教程 (一)

显示与蛋白结合小分子化合物和水分子 蛋白结构PDB文件(PDB文件格式解析见后面)或PDB官网信息(如下图所示)可以看到,1hsg结构包含配体药物indinavir,其残基名字为MK1。...准备docking需要受体(蛋白)和配体(化合物) Docking算法需要每个原子带有电荷并且需要标记原子属性。这些信息通常未包含在PDB文件。...我们需要在对蛋白和小分子PDB文件预处理,生成PDBQT文件同时包含以上信息和PDB文件原子坐标信息。进一步地对于“柔性配体docking”,我们需要定义配体柔性部分和刚性部分。...准备受体蛋白 PDB文件(1hsg.pdb)包含了蛋白、配体和水分子;首先提取出蛋白坐标,即以关键字ATOM和TER开头行 (具体解释和例子见后面PDB格式解析)存储到文件1hsg_prot.pdb...准备配体 与蛋白结构类似,配体结构也缺少氢原子,我们需要添加氢原子并且定义哪些键是可以旋转以用于柔性docking。 PDB结构中提取配体原子位置。

13.9K158

.| 使用图卷积网络基于结构蛋白质功能预测

作者使用类似的方法序列中提取特征和学习蛋白质表示。我们方法第一阶段是一个具有使用长短期记忆(LSTM-LM)递归神经网络结构自监督语言模型。...该语言模型对蛋白质家族数据库(Pfam)一组蛋白质结构域序列进行预训练,用于PDB序列中提取残基水平特征(见图1a)。...序列构建残基级特征,与接触图一起,被用作方法第二阶段输入。图卷积阶段每一层都需要一个邻接矩阵和上面描述残差层特征,并在下一层输出残差层特征。 图1. 方法概述。...作者通过比较SWISS-MODEL和其他新结构预测协议获得模型上性能,探讨了在PDB结构上训练DeepFRI如何容忍建模错误。其次,作者研究了在DeepFRI训练程序包含同源性模型。...蛋白质结构上对于位点功能预测自动定位 实验结果 为了比较此方法与以前发表方法性能,作者使用了一个带有实验确认过功能注释PDB测试集,由与训练集具有不同程度序列同一性PDB链子集组成。

1.2K40

读懂蛋白质PDB文件

网上搜集了一些文章,结合自己知识来对PDB文件各个参数意义做个解释: REMARK 该记录用来记述结构优化方法和相关统计数据。...在每个聚合末端都必须有TER记录,但是由于无序序列而造成中断处不需要该记录。 MODEL 当一个PDB文件包含多个结构时(例:NMR结构解析),该记录出现在各个模型第一行。...MODEL记录行第11-14列上记入模型序号。序号1开始顺序记入,在11-14列右起写。...ENDMDL 与MODEL记录成对出现,记述在各模型末端TER记录之后。 END 该记录标志PDB文件结束,是必需记录。...在晶体学数据, B 因子一般是以原子为单位给出,我们可以换算成相应残基B 因子,从而分析残基构象稳定性1) .

1.4K20

不是原配也可以-对接非原生配体

图中可以看到这两个蛋白酶体在空间方向不同,因此我们需要重新比对这两个结构,运行PyMOL> align 1OHR, 1hsg_prot,可以看到两个结构完全重合了。...展示PDB文件蛋白结合化合物提取1OHRnelfinavir (残基为1UN),运行PyMOL> select nelfinavir, 1OHR and resn 1UN;在对象面板更改其展示方式...红色为本教程结果(加极性氢)。结果看到second best mode看上去吻合更好,为什么呢?日志结合能量来看,best mode和second best mode只差了0.2。...前面提到,PDB结构不包含原子局部电荷信息,而这对静电力场计算是很重要。因此我们需要PDB文件增加这一数据。...得到这个图之后,我们首先需要看配体是否落在受体”口袋”里;然后检查配体与受体之间原子化学匹配,如配体碳原子应该与受体疏水原子结合, 氮原子和氧原子与其受体相近原子结合;然后看有没有电荷互补;

1.1K81

分子对接简明教程 (三)

图中可以看到这两个蛋白酶体在空间方向不同,因此我们需要重新比对这两个结构,运行PyMOL> align 1OHR, 1hsg_prot,可以看到两个结构完全重合了。...展示PDB文件蛋白结合化合物提取1OHRnelfinavir (残基为1UN),运行PyMOL> select nelfinavir, 1OHR and resn 1UN;在对象面板更改其展示方式...红色为本教程结果(加极性氢)。结果看到second best mode看上去吻合更好,为什么呢?日志结合能量来看,best mode和second best mode只差了0.2。...前面提到,PDB结构不包含原子局部电荷信息,而这对静电力场计算是很重要。因此我们需要PDB文件增加这一数据。...得到这个图之后,我们首先需要看配体是否落在受体”口袋”里;然后检查配体与受体之间原子化学匹配,如配体碳原子应该与受体疏水原子结合, 氮原子和氧原子与其受体相近原子结合;然后看有没有电荷互补;

5.2K91

哈佛、哥大开源1600万组蛋白质序列,解决AlphaFold 2训练数据私有难题!

后续行是根据与查询序列相似性,大型序列数据库检索到进化相关(「同源」) 蛋白质。...这一计数包括截至2022年4月PDB中所有14万个唯一MSAs,以及针对同一数据库为Uniclust30每个序列集群计算1,600万个MSAs。...后一组,研究者确定了270,000个最大多样性代表性集群,比如可以适用于AphaFold2训练过程自我蒸馏集。 对于每个PDB,研究者使用了不同对齐工具和序列数据库计算三个MSAs。...使用OpenFold脚本,可以从公开可用PDBmmCIF文件,检索相应结构。 与用于生成AIphaFold2训练集过程一样,研究者更改了MSA生成工具一些默认选项。...为了创建一个不同、深度MSAs子集,研究者通过迭代去除代表性出现在其他MSAs中最多MSAs。 这样重复,直到每个代表链出现在它自己MSA

38710

Oracle Database 21c 十大新特性一览 - New Features

相反,我们将所有20c功能都合并到21c版本,并使21c在我们“自制数据库免费层”可用,以便所有人都可以免费试用驱动新功能和增强功能。...,利用区块防篡改和不可否认属性,区块链表使客户可以在需要高度防篡改数据管理,而又无需在多个组织中分布分类帐或依靠分散信任模型时使用Oracle数据库。...在验证区块链表时,数据库需要证书来验证行签名。 下图是区块链表示意图: ? 可以对区块链表进行索引和分区。您可以通过建表时选项控制是否以及何时区块链表删除行。...在21c,Native 数据类型 “JSON ”改进了对JSON支持。在读取或更新操作时不必对JSON进行解析,而在插入时才进行解析,JSON以内部二进制格式保存,这使得访问速度更快。...在 Oracle 19c 授权文件,有这样描述:你可以使用 3 个PDB多租户环境而不需要License,超过 3个 PDB需要额外授权。

1.2K30

OpenMM-组蛋白甲基转移酶分子动力学模拟-TIP3P

步骤 step 1 使用pdbfixer来处理蛋白 获取1O9SPDB文件,除去不是想要(将二体转化为单体,除去配体),加入缺失氨基酸(位于中间),以及一些缺失重原子。...我们将会使用以下水模型:TIP3P, TIP4P-ew, and TIP5P。 对于后两个水模型,我们将会执行一个额外步骤,向晶体水中增加额外水粒子。...接下来我们将会使用来源于Modeller对象topology以及positions来设置LangevinIntegrator以及进行模拟。 在本案例我们将会使用CPU,混合精度。...step 2.2 溶剂化以及使用TIP4P-Ew进行模拟 使用4点水模型TIP4P-Ew,需要我们使用modeller.addExtraParticles来模拟virtual sites 和上面十分相似...step 3 你会得到一个文件trajectory_tip3p.dcd,一个文件trajectory_tip3p.pdb,trajectory_tip3p.csv,这些文件会包含模拟信息

1.3K20

蛋白质基础组成结构

这里我们仅仅介绍一些蛋白质基本组成单元——20种氨基酸种类,以及可以用于蛋白质建模一些工具。...氨基酸种类 这里是参考链接2整理出来数据,以及用xponge和vmd画出来三维结构图,主要是总结记录一下这些基本组成单元。...atom四个层次(一般并不用到chain), 因此此数位限定了一个残基最大原子数为为99999 13-16 name 字符, 左 Atom name 原子名称.原子元素符号在13-14列右对齐一般...14列开始写, 占四个字符原子名称才会13列开始写.如, 铁原子FE写在13-14列, 而碳原子C写在14列. 17 altLoc 字符 Alternate location indicator...实际分子模拟往往重新定义电荷, 故此列往往不用. VMD写出PDB文件无此列. 这个格式里面有一个比较坑点是,atom_name占位符长度会影响对齐位置。

54730

Python每日一谈|No.24.实例.5-PyMol.4-alter-更改

需要rebuild 解释 视觉型学习者这里来 案例蛋白为:1UBQ 1.改变名 alter (chain A),chain='B' sort 更改之后 原始蛋白文件 更改之后蛋白文件 右边...A应该是segid,而左边A则为chainID 所以,alter真实改变了名 2.修改某一条氨基酸编号, 类似于氨基酸14-15变为氨基酸114-115 看下图,可以看到氨基酸0...开始 输入指令 alter (chain A),resi=str(int(resi)+100) sort 编号100开始 看下pdb文件 原始文件 更改之后 1.改变二级结构显示 拿到一个蛋白...1UBQ 蛋白质上40-45位氨基酸,以stick形式显示,C为黄色 重新定义40-45二级结构 命令框输入指令 alter 40-45/, ss='L' rebuild 此时显示为...loop 命令框输入 alter 40-45/, ss='H' rebuild 此时显示为螺旋 可以看到 alter只是影响二级结构显示,并不是真正改变了主原子空间位置 最后,仍然来强制使用

5.1K41
领券