1、输出数据格式不同。is.na按照数据框格式形成一个(FALSE,FALSE,TURE)列,而complete.cases形成是一个数列向量,不再是按照数据框格式;
有三种方法描述基于一些特定变量的分组数据,然后对每一组使用总结函数(像均值、标准差等等)。
前言 这个笔记的起因是在学习DataExplorer 包的时候,发现: 📷 这我乍一看,牛批啊。这语法还挺长见识的。 转念思考了一下🤔,其实目的也就是将数据框中的指定列转换为因子。换句话说,就是如何可以批量的对数据框的指定行或者列进行某种操作。(这里更多强调的是对原始数据框的直接操作,如果是统计计算直接找summarise 和它的小伙伴们,其他的玩意儿也各有不同,掉头左转: 34. R 数据整理(六:根据分类新增列的种种方法 1.0) 其实按照我的思路,还是惯用的循环了,对数据框的列名判断一下,如果所取的
我们不建议使用这种方式,因为一个无效测量不代表所有测量都是无效的。此外,如果数据质量不高,若对每个变量都采取这种做法,那么你最后可能会发现数据已经所剩无几!
R语言是为统计分析而生的,它提供了大量灵活而使用的统计功能,其中最基础的就是一些描述性统计量,主要包括求和、均值、最值、方差、标准差、分位数和范围。下面我们将在R语言中逐一学习一遍:
因为最近事情略多,最近更新的不勤了,但是学习的脚步不能停,一旦停下来,有些路就白走了,今天就盘点一下R语言和Python中常用于处理重复值、缺失值的函数。 在R语言中,涉及到数据去重与缺失值处理的函数一共有下面这么几个: unique distinct intersect union duplicated #布尔判断 is.na()/!is.na() #缺/非缺失值 na.rm=TRUE/FALSE #移除缺失值 na.omit(lc) #忽略缺失值 complete.
之前写过一篇博文(汇总统计?一个函数全部搞定!),介绍R中编写一个函数,进行汇总统计。效果很不错。今天用tidyverse包实现一下,多角度尝试,然后尝试中学习。
采用如下函数进行计算,其中x、y均为向量: mean(x) median(x) sd(x) var(x) cor(x, y) cov(x, y)
刚遇到一个有意思的问题,如何用R计算几何平均数。如果数字少,简单,计算很容易,直观上,先用prod函数连乘,然后开方即可。
A. 事实上,我们在实验中或者调查之后的分析往往希望通过分组比较来获得有统计学意义的结果,因此分组数据在我们平常的工作中更加常见,也更加科学严谨,那么我们就来了解下分组数据的描述。
我想,这个很容易,Excel就可以计算啊,但是作为R语言的用户,一定要用R语言解决才可以,所以我就写了一个函数,可以批量去生成多个性状的结果。
所有的数据集合可以分为三类,连续型,名义型和有序型。连续型例如1 2 3 4 5 8 9 10,名义型如sample1 sample2 sample3 ,而有序型 good better best;周一,周二,周三……等。在R中名义型变量和有序性变量称为因子,factor。这些分类变量的可能值称为一个水平level,由这些水平值构成的向量就称为因子。因子主要用于计算频数,可以用来分组。可以通过factor()函数中的labels选项对因子的值进行批量修改。
Hello亲爱的小伙伴们,大猫课堂又回来啦。从今天开始大猫会选择一些Stackoverflow.com上有关R数据处理的问答摘录给大家。这些问题都是在平日的工作中有很高可能性出现并且看似容易实则让人抓狂的问题,在Stackoverflow上他们有着很高的人气。事实上,这些问题也就是你在“看懂一本R的教材”和“成为R大神”之间的距离。大猫除了进行翻译,也会在其中增加一些相关知识点,相信掌握了这些问题,一定会对你的研究工作大有裨益。
假设数据以 tibble 格式保存。数据集如果用于统计与绘图,需要满足一定的格式要求,(Wickham, 2014) 称之为 整洁数据 (tidy data),基本要求是每行一个观测,每列一个变量,每个单元格恰好有一个数据值。这些变量应该是真正的属性,而不是同一属性在不同年、月等时间的值分别放到单独的列。
R中的统计分析通过使用许多内置函数来执行的,这些函数大部分是R基础包的一部分,并且它们将R向量与参数一起作为输入,并在执行计算后给出结果。
在实际的数据分析中,缺失数据是常常遇到的。缺失值(missing values)通常是由于没有收集到数据或者没有录入数据。
rlang v0.4.0引入了新的非标准计算操作符 {{。这大大方便了dplyr重编程。
异常值outlier:指样本中的个别值,其数值明显偏离它(或他们)所属样本的其余观测值,也称异常数据,离群值。当遇到一组数据中有少量outliers,一般是需要剔除,避免对正确的结果造成干扰。我们可以通过箱线图来检测并去除outliers. 箱线图可以通过5个数来概括:最小值,最大值,下四分位(Q1,在25%位置),上四分位(Q3,在75%位置),中位值(50%位置)。箱线图能够显示离群点,可以通过IQR(InterQuartile Range,四分位距即Q3-Q1)计算得到。该离群点定义为异常值被定义为小于Q1-1.5IQR或大于Q3+1.5IQR的值。 UpperLimit=Q3+1.5IQR=75%分位数+1.5(75%分位数-25%分位数) LowerLimit=Q1-1.5IQR=25%分位数 - 1.5(75%分位数-25%分位数) 即在UpperLimit与LowerLimit之外的值为outlier。
学习R会慢慢的发现,数据的前期准备通常会花费很多的时间,从最基础的开始学,后面逐渐使用更便利的工具(R包)解决实际的问题。
描述性统计是借助图表或者总结性的数值来描述数据的统计手段。数据挖掘工作的数据分析阶段,可以借助描述性统计来描述或总结数据的基本情况。
虽然ggplot2 和它的朋友们[[xx-R可视化30-ggplot又一拓展包之ggforce]], [[xx-R可视化xx-用ggalt体验ggplot新版DLC(拓展)]] 给我们提供了大量绘图的选项。比如通过操纵 geom_** 和stat_** 函数。
前文介绍了脏数据中缺失值数据分析|R-缺失值处理和异常值数据分析|R-异常值处理的常规处理方法,之后就可以对数据进行简单的描述性统计,方便我们对数据有一个整体的认识。
本文介绍基于R语言中的raster包,读取单张或批量读取多张栅格图像,并对栅格图像数据加以基本处理的方法。
https://r4ds.had.co.nz/transform.html#grouped-summaries-with-summarise
介绍tidyr包中五个基本函数的简单用法:长转宽,宽转长,合并,分割,NA简单填充。
本文介绍基于R语言中的raster包,批量读取多张栅格图像,对多个栅格图像计算平均值、标准差,并将所得新的栅格结果图像保存的方法。
太忙了,没空学习,晚上在群里看有比我还新的新人在问关于函数用法的问题,正好分享一下自己在学习中的一点小经验,其实是很简单的了:
同时对数据框的多列执行相同的函数操作经常有用,但是通过拷贝和粘贴的方式进行的话既枯燥就容易产生错误。
用R画带ErrorBar的分组条形图 本文介绍了如何用R画出带error bar的分组条形图。 笔者近期画了一张带error bar的分组条形图,将相关的代码分享一下。 感谢知乎网友青山屋主的建议,提示笔者要严谨区分技术重复和生物学重复,所以笔者对文章做修改后重发。如果各位有任何建议,欢迎指正。 本文旨在给出一种利用R对生物学重复数据画带error bar的分组条形图的方法。 所用数据是模拟生成的:分成三个组,每个组进行了若干次生物学重复;测量的是3种基因的表达量。数据的部分内容如下: ## g
昨天我在公众号推文中提了一个非常有意思的问题:mean() 和 sum() / length() 哪一个更快?
进行数据初步处理(perl) 统计amplicon的RC(read counts),并且相互overlap大于75%的amplicon合并起来 统计每个amplicon的GC含量,均值, 性别识别并校
我在看过的一些 Nature 文章和 COSMIC 数据库中看到用点图来展示不同癌症类型下 TMB 的分布差异。在 R 包中,我有看到过 maftools 中可以绘制这样的图,用来表示新的数据队列与 TCGA 数据的比较,这也是应用于 TMB 分析。因为研究问题,我最近也想尝试使用改种图形来展示数据。而且,该图可以拓展到任意可以适应的场景下,所以我想基于 ggplot2 来创建一个通用的绘图函数。
继续上回的内容[[108-R可视化32-通过seurat包中的LabelClusters学习ggplot之一]]。
数据分析有一半以上的时间会花在对原始数据的整理及变换上,包括选取特定的分析变量、汇总并筛选满足条件的数据、排序、加工处理原始变量并生成新的变量、以及分组汇总数据等等。这一点,我想大部分使用EXCEL的童鞋都深有体会,写论文时,这么多的数据进行处理,手动汇总、筛选、变换,工作量实在是太大。而本文介绍的dplyr包简直就是Hadley Wickham (ggplot2包的作者,被称作“一个改变R的人”)大神为我们提供的“数据再加工”神器啊。 本文试图通过一个案例,对神奇的dplyr包的一些常用功能做简要介绍
在实际使用中,ggplot中使用的图层是以geom或者stat开头的函数创建的,但是如果查看一下这些图层函数的具体内容可以发现他们都是在封装一个layer函数。
除了选择已存在的列,另一个常见的操作是添加新的列。这就是mutate()函数的工作了。
R语言中有几个常用的函数,可以按组对数据进行处理,apply, lapply, sapply, tapply, mapply,等。这几个函数功能有些类似,下面介绍下这几个函数的用法。
我进行一个小型仿真,以在不同样本量下测试Little的MCAR检验1。我可以研究线性回归中的异方差。我能够找到一些使用Little's MCAR检验的小样本研究人员的例子,因此我进行了仿真。
对于芯片数据而言,在分析之前,需要先进行背景校正background correct。所谓背景校正,其本质上都是一个减法,将总体信号看做由探针特异性的结合信号(真实信号)和非特异性结合(噪声信号)两部分组成,背景校正的工作就是从总体信号中减去噪声信号,从而得到真实信号。
自己没有想法如何实现,搜索引擎搜索关键词 ggplot2 polar and then add straight lines找到参考链接
他认为替换不干净,应该是循环有问题。希望我们帮忙检查,我通常是懒得看其他人写的代码,所以让群里的小伙伴们有空的都尝试写一下。
在先前的内容里:[[66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本(柱状图加计数)]],我们提到过添加文本的方法。但是,对于散点图来说,我们需要找到的是一个坐标,而这个坐标,最好可以反映位置散点的中心或附近区域,对这个坐标进行标识。
用许多条目来表示和比较时间序列,将它们绘制为折线图可能具有挑战性。绘制此类数据集的一种更方便的方法是地平线图,它能够压缩数据但仍保留所有信息。
在之前R语言基础教程——第3章:数据结构——向量中我们介绍过向量的加减乘除运算,在这里介绍一下>,<运算。
无论是前瞻性数据收集还是回顾性数据收集,数据集中通常都会出现离群值或缺失值。对于统计学家来说,离群值和缺失值通常是一个棘手的问题,如果处理不当可能会导致错误。离群值可能会导致我们的结果偏离真实结果,而缺失值造成的信息损失可能会导致建模失败。因此,在执行数据分析之前,正确识别离群值并处理缺失值非常重要。本推文讨论的内容应该在建模之前执行。虽然本推文在整个统计模型系列中较为置后,却至关重要,望警醒。
这几个都是R语言里面的特殊值,都是R的保留字(reserved words)。它们的意义分别为:
这个函数的主要目的是生成每个文本标签在圆上的坐标和角度,以便它们可以围绕圆形排列。它使用以下步骤完成
ABBA BABA 统计(也称为“D 统计”)为偏离严格的分叉进化历史提供了简单而有力的测试。因此,它们经常用于使用基因组规模的 SNP 数据(例如来自全基因组测序或 RADseq)来测试基因渗入。
一般来说可以用CV或者MAD来衡量某基因在某些样本的表达变化情况。 标准差与平均数的比值称为变异系数,记为C.V(Coefficient of Variance)。 变异系数又称“标准差率”,是衡量资料中各观测值变异程度的另一个统计量。 当进行两个或多个资料变异程度的比较时,如果度量单位与平均数相同,可以直接利用标准差来比较。 平均绝对误差(Mean Absolute Deviation),又叫平均绝对离差,它是是所有单个观测值与算术平均值的偏差的绝对值的平均。 用下面的代码可以看看,标准差,平均数,变异系
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